孙元化得闻前线大败，张可大单枪匹马逃回登州，他立即作出一个更愚蠢的决定：将禁闭室的耿仲明放出来指挥军队保护登州城。
张焘同孔有德的关系是同袍之谊，耿仲明同孔有德就是同生共死的手足之情，孙元化要耿仲明对付孔有德显然是太阿倒持。耿仲明没有令孙元化失望，悄悄放进来三百奸细，然后半夜三更举火开城门，孔有德率军杀入。登州城中尚有六七千兵马，但在三百有心人散布下他们已经得知新军战友的悲惨遭遇，皆有兔死狐悲之感。听说孔有德占有数城不曾杀死几个人更是心中大安，面对战友这种闹剧似的兵变大都采取看热闹的作法，谁也不上去血战。
孙元化很快发现守军望风而逃，天下坚城登州在新军面前是一座不设防城市。知道大势已去，孙元化决定作最后一搏，死在战场上。他的亲兵都是出自新军，早已经跑得不见踪影，孙元化只得招来西洋雇佣兵教官。那些雇佣兵已有四十人之多，崇尚拿钱办事非常讲原则，他们拿着火枪向昔日的学生射击。新军本不想杀人，现在不杀不行。他们人多势众枪法精准，几轮排枪过后，西洋教官死伤三十余人，剩下的眼见不敌立即撤退逃离登州无一人投降。
孙元化学习李向阳坚决不投降，利用自幼学习的剑术与新军搏斗。他的剑法虽然不错，但是新军战士根本不同他近身。孙元化追他们就退，孙元化退他们就追，远远得用枪指着他。孙元化知道新军战士顾念旧情不向自己开枪，可自己有负皇恩如何还有颜面活在世上，举起长剑抹向脖颈。一声枪响，孙元化手掌如同遭到雷击，酥酥麻麻失去知觉，手中长剑飞到数丈之外。
孔有德收起手铳，道：“孙大哥，何必呢。”
曹绍忠道：“上帝不准他的信徒自杀，凡是自杀者一律不准进入天堂。孙大人，你是在违背上帝的教诲。”
经此一挫，孙元化失去自刎的勇气，被生擒活捉。
张可大不信上帝，他坚守水城，孔有德要他投降，他置之不理，几日后孔有德失去耐心开始攻城。城中士兵皆孔有德训练，他们两声炮响就一哄而散，水城随之陷落。张可大杀死爱妾陈氏，自己上吊身亡。
登州城旧兵六千人、援兵千人、马三千匹、饷银十万两、红夷大炮二十多门，西洋炮三百门，火器和甲仗不可胜数，全都是孔有德的啦，不，不，不，应该是李九成的。
孔有德、曹绍忠将孙元化请回帅府，耿仲明、李应元等人先后赶到。孔家寨尚在之时大家就是挚友，孙元化年龄最长，对孔家寨十分照顾，算得上是众人之兄。今天因为自己造反迫他自刎，曹绍忠等人十分懊恼百分愧责，众人一合计决定推举孙元化当他们的带头大哥，领导大伙兴兵革命共图大业。
孙元化饱受儒家思想毒害，愚忠不悛死不起义。他躺在榻上听曹绍忠他们讲述自己被逼上梁山的经过，心中大叫倒霉：“这么多巧合凑一块，为了一只鸡，我苦心打造的新军居然被地方官府连追带吓造了反，这可能是有史以来最荒唐的兵变。”
读书人心眼多，孙元化总觉哪里不对头：“那个王举人有意激怒新军杀他，纯属没事找事，大违常理。”
孙元化如何能够推想清楚来龙去脉？他哪里想到王春象就是在逼迫新军造反杀人，只是他被孔有德击伤，新军动作太快，根本没有来的及走脱就被李应元捅死。
既然孔有德他们是官逼兵反只为自保，革命意志不坚定，压根没有改朝换代自立为王的想法，一切还有挽回的余地。孙元化决定为新军，为皇上，为中华民族作最后的努力，游说孔有德他们投降中央。
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