武德三年（620年）六月，大唐征剿王世充，无瑕顾及南方。为安抚江淮势力，李渊再次颁诏，令杜伏威总管江淮以南诸军事、扬州刺史、东南道行台尚书令、淮南道安抚使，进封吴王，赐姓李。同时，任命他的生死兄弟辅公祏为行台左仆射、加封舒国公。极尽恩宠之意！
十二月二十一日，李子通渡江攻打沈法兴，夺占京口（江苏镇江）。沈法兴派将领蒋元超迎战，在庱亭（江苏镇江丹阳）被李子通击败，蒋元超战死。沈法兴弃守毗陵（江苏常州），奔逃吴郡（治吴县，今江苏苏州）。
丹扬、毗陵等郡全部归于李子通，李子通任命府掾李百药为内史侍郎、国子祭酒。
杜伏威既然归附了大唐，由割据一方的盗匪转变为总管一方的统帅，那么无论李子通也好、沈法兴也罢，就都成了与朝廷作对的叛逆，自然应当清剿干净。
见到李子通猖狂如此，杜伏威派辅公祏出兵教训李子通，让阚陵、王雄诞两个义子给他做副手。
辅公祏从历阳（安徽马鞍山和县）渡江攻陷建邺（江苏南京），进军溧水（江苏南京溧水区），李子通率军出战。
辅公祏挑选千余精锐，手执长刀做前锋；又安排千余人紧随其后，并交代说：“前锋中有胆敢退后的，格杀勿论”；并亲率大军跟在最后。
李子通摆成方阵迎击，两军相接，前方长刀队知道后退必死，人人殊死搏杀。辅公祏张开左右两翼对李子通形成三面包夹之势，李子通不敌向后退却。辅公祏乘胜追击，却反被李子通打败。撤军退入营寨，坚守不出。
王雄诞说：“李子通营寨未设壁垒，又陶醉于初战即胜的情绪中，我们趁其不备前往进击，一定可以打败他。”辅公祏觉得有些冒险，没有答应。王雄诞带着自己数百亲兵趁夜潜伏至李子通营前顺风纵火，李子通大败，数千人做了俘虏。
没过多久，李子通军中粮尽，只得弃守江都（江苏扬州），退保京口（江苏镇江），杜伏威迁驻丹扬（江苏南京）。
在杜伏威持续压逼下，李子通继续向东退往太湖，在吴郡（治吴县，今江苏苏州）大败沈法兴，沈法兴走投无路，只得撤往会稽（浙江绍兴），沿途溺水而死。
李子通侵吞了沈法兴地盘，迁都余杭（浙江杭州余杭区），声威复振。江淮一带，也由三方角逐变成了双雄争锋！
武德四年（621年）十一月初一，杜伏威义子王雄诞奉命进讨李子通。
李子通亲率精兵驻守在从丹扬至杭州的必经之路—独松岭（浙江杭州余杭西北）上。
王雄诞让将领陈当带千余人登上高处，沿山谷张挂旗帜，夜间将燃烧的火炬绑在树上，远远望去，满山满谷都是星星点点的亮光。李子通以为大军来袭，恐惧之下焚毁营寨想要退入杭州坚持。王雄诞尾随于后穷追不舍，在杭州城下击败李子通。
十一月初七，穷困交迫的李子通出城请降。杜伏威将李子通押送长安受审，李渊释放了他。
匪首汪华盘踞黟、歙（安徽黄山黟县、歙县）称王，王雄诞剿灭李子通后回师攻打，汪华于新安洞（安徽黄山市歙县东南）迎战。
王雄诞提前埋伏精锐于山谷中，亲率数千老弱发起进攻，战不数合佯装不敌，败退营中固守。汪华猛攻，却始终无法攻克。打到日暮汪华撤军返回，新安洞已被王雄诞提前设置的伏兵所占，只得窘迫请降。
王雄诞又乘胜劝降了昆山匪首闻人遂安，于是淮南、江东尽归杜伏威所有。
王雄诞因功被大唐任命为歙州总管，赐爵宜春郡公。
武德五年（622年）七月，李世民荡平刘黑闼，挥师进入山东，接连攻陷徐圆朗十余城，声威震动淮、泗。时刻关注唐军动向的杜伏威当即申请入朝。
七月初八，杜伏威到达长安。
实力决定地位，贡献决定礼遇。面对这个扫荡江东、主动归附的割据首领，李渊大为高兴，让他升坐御塌亲切接见，任命他为太子太保、兼行台尚书令，官位超越了齐王李元吉。
【03】 剿灭萧铣
武德二年（619年）八月，占据江陵（湖北荆州市荆州区故江陵城）自称梁帝的萧铣，派宋王杨道生进犯大唐峡州（治夷陵县，今湖北宜昌西北），被峡州刺史许绍所败。又派大将陈普环率水师乘舟进入三峡，意图夺取巴、蜀。
许绍让儿子许智仁、参军李弘节在西陵（湖北宜昌西北）迎战，大败梁军，生擒陈普环。
两次受挫、见识到唐军厉害的萧铣消停下来，派兵戍守安蜀（湖北宜昌西北西陵峡口南岸）、荆门（湖北宜都市西北长江边），转入防御。
当初，李渊让李靖到夔州（治重庆奉节）谋划夺取萧铣的策略，李靖抵达峡州被萧铣军队所阻，久无进展。本就与李靖有旧怨的李渊以此为由，密令许绍斩了李靖。许绍怜惜李靖才能，上奏为李靖说情，这才得以幸免。
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