到天启九年三月，南直隶、浙江、福建、广东的官府陆续发布招安海盗的通告，对仍然负隅顽抗、不愿归降的，当即派遣南海水师进行剿灭。
为了配合南居益工作，防止东海水师的组建工作受到影响，郑芝龙第一战就是北上剿灭浙江沿海的海盗。
此时，在南海水师旗舰上，郑芝龙侧后坐着南海水师指挥使司监军处的人，郑家一行人对他们是怎么看就怎么不顺眼。
特别是郑芝虎：“大哥，皇帝派这些人来不就是监视我们吗？我们在海上所得还要跟皇帝五五分，这还不如不投朝廷呢！”
郑芝龙瞪着他，说：“我们现在是不是都可以回南安，家人都不用在海上冒着危险风雨漂泊了？我们兄弟是不是都当了官，名正言顺，衣锦还乡了？还记不记得当年父亲把你我兄弟二人赶出家门了？那天我们回去的时候那些父老乡亲是怎么打着锣鼓、放着鞭炮欢迎我们的？”
“如果现在你还是海盗，回一趟老家是不是得偷偷摸摸？拿着钱财回家还要被父亲嫌弃？如果不是圣上，不是朝廷，你能有今天这样的风光吗？那朝廷给我们这些荣誉地位了，派人看着我们正常吧？要点好处不过分吧？现在不是还能名正言顺拿那些不法商人的一半吗？你嫌弃什么？”
郑芝虎被训了一顿，摸摸头：“好像也是这个理，那我听大哥的！”
郑芝龙道：“我们现在都是将领了，要指挥调度手下的兄弟战斗，不许轻易亲自上阵了，知道吗？这可是在京师时圣上特意让我告诫你的。”
郑芝虎惊奇地瞪大一双虎目：“这是皇帝特意说的？皇帝怎么还会特意关心我来着？”
“那就不知道了，反正是和圣上闲聊时，他亲口说的。”
郑芝虎点点头，沉默着思索起来。
郑芝龙的队伍原本就是东南海域最强的一支船队，拥有大大小小数百条船，组建为南海水师，也是大明实力最强的一支水师。
进入浙江水域后，海盗纷纷来投，在本地人的带路下，少数还搞不清状况、负隅顽抗的海盗很快被郑芝龙消灭或兼并，其余一些不愿投官府的海盗只好离开大明海域到别处谋生去了。仅仅十余天，浙江和南直隶沿海就一片清朗。
航行路上，发现远处出现一支船队，马上追上去截停下来。
郑芝虎带着船队的人来到旗舰上面见郑芝龙。
郑芝龙看着这些人问道：“你们可有朝廷颁给的出海凭证？”
有两位船家马上摸出一个本本交给郑芝龙，郑芝龙看完，问道：“你们是要去往何处？”
船家道：“去往日本。”
郑芝龙对手下道：“甘辉，你带一个小队护送他们两人的船去日本。”又回头对船家道：“你们有朝廷颁发的凭证，是合法商人，我自会尽力保你们平安，但是出了钓鱼岛、赤尾屿之后那就不是大明海域了，我的人也就不能再保护你们了，可明白？”
“我等明白，多谢指挥使大人！”
“属下领命！”
郑芝龙看向其他船家：“你们没有出海凭证，就是非法出海，根据大明律例，没收全部货物，全部人员关入大牢。”
其中一名船家怒道：“郑芝龙！你是郑芝龙！我可是交了三千两给你郑家，说好保我的船出海，我那船上还挂着你郑家的旗帜，现在你还要打劫我，你郑家背信弃义！”
郑芝龙看向那条海船，果然还挂着他家的郑字旗，顿时尴尬了，于是和手下一番商议。
郑芝龙对那船家说道：“我郑芝龙不是背信弃义之人，只是以前我郑家在海上行走，那是江湖规矩，现在我们已经是朝廷命官，自然要遵守朝廷律例。”
“这样，以前我收了你三千两，我们郑家也在海上保了你平安。现在朝廷的出海凭证最低也是三千两。我帮你出一半一千五百两，你自己补足另一半一千五百两，取得朝廷的出海凭证，如何？”
船家思索了一会儿，拱手道：“可以，还是郑大家讲信义！”
其他的船家一听，纷纷道：“我们也愿意出钱补办出海凭证！”
郑芝龙道：“我这是水师，不是海关，无权给你们颁发出海凭证，我给你们修书一封，盖上南海水师指挥使的印信，你们先回浙江海关去办理好凭证再出海。如果下次还让我抓到谁没有出海凭证，那就没这么好过的了。”
船家们纷纷答应。
郑芝龙一番诚实守信、讲究情义的操作很快就传开，让东南沿海商人对朝廷的信任大增，一时之间到海关办理政务的人络绎不绝。
就这样过了一段时间，南直隶、浙江、福建沿海的航海情况逐渐平稳下来，海上商务也得到有效管理，浙江海关、福建海关的税收得到极大提升。
就在郑芝龙还在浙江巡海时，刘香突然率大批船队北上攻击金门岛。留守的郑芝凤和郑芝莞坚守水寨和路上，一时间刘香也奈何不得。于是刘香派李魁奇攻击郑芝龙在台湾岛南社屯垦的人。
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