苏俄将库页岛北纬 50 度以南割让给倭寇，并同意倭寇在苏俄沿岸的倭寇海、鄂霍次克海、白令海经营渔业。这一规定使倭寇的领土范围得到了扩大，获得了在北太平洋地区的重要渔业资源。
- 苏俄将从清政府取得的旅顺口、大连湾的租界权及其附属特权，转让给倭寇。同时，将其所获之清政府南满铁路及其支路、利权、煤矿等，无偿地转让给倭寇。这使得倭寇获得了清政府东北南部的重要港口和铁路资源，为其在东北的经济扩张提供了便利。
- 倭寇苏俄双方在各自的铁路沿线驻扎护路兵队，每公里不超过 15 名。这一规定为倭寇苏俄两国在东北的军事存在提供了一定的合法性，也为日后的冲突埋下了隐患。
倭寇为了取得更大的权利，又和清政府签订了补充协议
倭寇取得这些权益后，企图通过与清政府签订条约的方式，使其在东三省的特权合法化，并进一步扩大其在东三省的侵略权益。于是，倭寇于 1905 年 11 月派外务大臣小村寿太郎来北平，与清政府进行交涉。
清政府在倭寇和苏俄战争中保持“中立”，但实际上东北是其领土，却无力阻止两国的争夺。战争结束后，面对倭寇的压力，清政府处于弱势地位，不得不与倭寇进行谈判。
《中倭会议东三省事宜正约》的内容：
- 承认倭寇苏俄转让权益，清政府承认《朴茨茅斯和约》中给予倭寇的各项权利，即同意将苏俄政府在旅顺口、大连湾及其附近领土、领水的租借权和长春至旅顺口的铁路以及附属的一切权利财产和煤矿转让给倭寇政府。
清政府允许开放奉天的凤凰城、辽阳、新民屯、铁岭、通江子、法库门、吉林的长春（即宽城子）、吉林省城、哈尔滨、宁古塔（今宁安）、珲春、三姓、黑龙江的齐齐哈尔、海拉尔、瑷珲、满洲里共 16 处为商埠，允许外国人居住。
倭寇得继续经营战时擅自铺设的安东（今丹东）至奉天的军用铁路至 1923 年，届期估价卖给华夏；
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