师资力量的不足也是一大难题。优秀的农业教师不仅需要具备深厚的农业专业知识，还需要有丰富的实践经验和教学能力。然而，由于农业领域的工作环境相对艰苦，待遇不高，难以吸引到顶尖的人才投身农业教育。现有的教师队伍中，部分教师知识结构老化，跟不上农业科技的最新发展，教学方法也较为传统，无法满足培养创新型农业人才的需求。林瑶为了引进和培养优秀的教师，不得不花费大量的时间和精力去寻找合适的人才，并为他们提供培训和发展的机会，但这一过程进展缓慢，效果也不尽如人意。
课程设置的不合理也是一个突出的问题。当前的农业人才培养课程往往侧重于理论知识的传授，而实践教学环节相对薄弱。学生在课堂上学到的知识难以与实际的农业生产相结合，导致他们毕业后在面对实际工作中的问题时往往束手无策。此外，课程内容的更新速度也跟不上农业科技的发展步伐，一些新兴的农业领域如农业物联网、精准农业等在课程中涉及较少，使得学生的知识体系不够完善。林瑶试图对课程进行改革，但这需要协调多个部门和教师的意见，难度较大，而且改革的效果也需要时间来检验。
学生对农业专业的兴趣不高也是一个难以回避的问题。在传统观念中，农业被认为是辛苦、低收入的行业，许多学生在选择专业时更倾向于热门的工科、商科等领域。即使有些学生因为各种原因选择了农业专业，他们中的一部分也缺乏对农业的热情和认同感，学习动力不足。林瑶为了提高学生对农业的兴趣，组织了各种农业实践活动、邀请农业领域的成功人士来校演讲，但效果并不显着，学生的专业思想仍不够稳定。
此外，农业人才培养体系的优化还需要与农业企业和农村基层建立紧密的合作关系，但在实际操作中，这种合作往往面临着诸多障碍。企业和农村基层出于自身利益的考虑，对参与人才培养的积极性不高，合作的形式也较为单一，难以真正实现产学研的深度融合。林瑶在推动校企合作和校地合作的过程中，需要不断地沟通协调各方利益，解决合作中出现的各种问题，这耗费了她大量的精力。
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