太阳系中，原本生机勃勃的地球，变成了一片火海和废墟。在一片废墟中，一个漆黑色的巨人屹立在废墟的正中心，手持终极格斗仪，而在他的对面则是以光之国为主的奥特战士们。漆黑的巨人就是曾经令整个光之国陷入绝境的贝利亚奥特曼。
贝利亚在面对一众奥特战士，丝毫不惧，挥舞手上的终极格斗仪释放出终极斩刃，将目光所及的所有奥特战士全部拦腰斩断。赛罗奥特曼急忙切换到终极形态冲上前阻止贝利亚，双方展开激战。双方展开超高速的碰撞，一蓝一黑两道光束在高速运动中不断碰撞，围绕着已经破败不堪的地球，每一次碰撞都会产生一阵空间涟漪。
其余奥特曼则站在一边，看着这场惊天大战，无法加入战局。赛文奥特曼担忧的看着在不断与黑色光束相碰撞的蓝色光束。奥特兄弟们也紧张的看着这场战斗。这是一场持续了无数年的残酷战争。贝利亚纠结了自己曾经的下属，黑暗四天王，以及利用终极格斗仪召唤了无数的怪兽，掀起了一场席卷整个大宇宙的战争。随着战争的持续，贝利亚手下的黑暗四天王全部被奥特战士斩杀，而光之国也是损失惨重，所有奥特战士都已经精疲力尽，外围的战斗还在继续。
在蓝色光束与黑色光束再一次碰撞时，双方分开，光束消失，取而代之的是赛罗奥特曼和贝利亚的身影。双方拉开身形，释放光线对波，赛罗在终极形态的基础上释放集束光线与贝利亚的帝斯修姆光线相撞。红褐色夹杂着电弧的帝斯修姆光线与金黄色的终极集束光线碰撞后产生了巨大的爆炸，爆炸几乎要将本来就已经伤痕累累的地球撕成碎片。地球的表面土地产生了道道裂缝，不断有岩浆冒出。
赛罗和贝利亚被爆炸产生的气浪掀飞出去，双方短暂的愣神之后，再次交手。随着战斗的继续，赛罗逐渐压制住了贝利亚，贝利亚看着自己被逐步的压制，内心骇然。就在这时，在不远的废墟上，一个机器人爬起来，正是黑暗罗普斯，看到这一幕，贝利亚心下一喜，当即通过意念向黑暗罗普斯下达对赛罗的攻击指令。观战的众奥看见这一幕，心中大惊，当即冲上战场，然而为时已晚。黑暗洛普斯使用核心攻击，以消耗机体所有能量为代价，进行瞬发攻击。贝利亚见状，快速与赛罗拉开距离。因为赛罗的注意力都在想着怎么解决贝利亚，没有防备，黑暗罗普斯的核心攻击狠狠的轰在赛罗穿着究极铠甲的后背上，由于究极铠甲强大的防御力，黑暗罗普斯的核心攻击仅仅让赛罗愣了一瞬间，也就是在这一瞬间，刚刚与赛罗拉开身形的贝利亚，已经完成了蓄力，将能量最大化的附着在终极格斗仪上面，施展终极斩击，赛罗来不及反应被斩击狠狠得击中了腹部，终极铠甲瞬间解体，赛罗也重伤倒地。
此时，其余奥特战士纷纷赶到，将赛罗护在身后，警惕得看着贝利亚。而贝利亚由于刚刚的斩击加上之前和赛罗的高强度战斗，自身的能量已经所剩无几。无奈，贝利亚只能高喊：“超时空炸弹启动！”场上所有奥特战士心中警铃大作。只见一个巨大的炸弹从虚空中显出原形，炸弹从虚空中显出原形的同时马上启动爆炸。众奥特曼，以超光速，快速逃离爆炸的中心。而贝利亚则趁着众奥逃离爆炸中心，而进入了提前准备好的虫洞当中。
超时空炸弹所产生的巨大能量，开始以地球为中心，向着宇宙深处，以及多次元宇宙吞噬。就在这时奥特一族的王者，奥特之王使用超瞬移，进入爆炸的中心，施展“王者变革”，随即一股古老而又神圣的能量以爆炸中心为核心向四周快速扩撒，并迅速控制着超时空炸弹，将爆炸范围不断向中心收缩。那股古老而又神圣的力量迅速修复着整个宇宙因为战争所带来的创伤。原本已经千疮百孔的地球也恢复原样。
就在那股力量迅速修复宇宙的时候，由于之前的超时空炸弹爆炸产生了短暂的空间崩塌，形成了时空乱流。由于赛罗本身身受重伤，而时空乱流来得非常突然，赛罗本身无法抵抗时空乱流，被时空乱流卷入其中。赛文奥特曼身为赛罗的父亲，刚想冲过去将赛罗捞起，紧接着那股力量迅速修复着空间的崩塌。赛文无奈大喊：“赛罗！”，可是赛罗已经被卷入了时空乱流当中。众奥见状急忙拉住赛文，并安抚赛文的情绪。
回到光之国，赛文急忙前去查看赛罗的生命实时监控器，看到赛罗生命体征完好，总算放心。奥特之父同时也要求科学技术局尽快以赛罗的光作为媒介，定位赛罗目前的位置。由于时空乱流，导致光之国无法确定赛罗的位置。为此科学技术局的首席，希卡利奥特曼日夜研究，希望能够尽快找回赛罗奥特曼。
另一边的赛罗被时空乱流席卷，使其本身就身受重伤的身体愈发严重。赛罗拖着受伤的身体，强行从时空乱流冲出。赛罗冲出时空乱流后，来到了一片陌生的宇宙。赛罗感受了一下身体状况之后心里一沉，因为自身的身体状况属实不好，必须要尽快找到生命星球，并找到一个宿体寄宿，才能尽快恢复伤势，回到光之国。于是赛罗将自己的念力扩散出去，很快赛罗发现了一颗生命星球。于是赛罗向那颗未知生命星球飞去......
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