与此同时，
负责清剿，播州土司杨家老巢海龙屯、水西土司安家老巢水西之地、水东土司宋家族老巢马头寨，三家土司势力的王骥所部三路大军，也有重大突破。
经过两年半左右时间的清剿，到天顺七年，公元1457年，十一月底，
三大土司的老巢，基本都被王骥手下的方瑛、石亨、项忠三人，攻破。
自此，西南之地的四大土司，经过两年多得时间，全部被大明朝所剿灭。
同年，十二月初十，
天顺帝朱祁镛，在四川播州土司之地，分别设置了遵义府和平越府；
贵州水东土司之地，设置了开州，
将贵州水西土司之地，改为了大定府，
至此，西南五省之地的之大土司，基本被大明朝所剿灭。
四川、贵州两省之地，在继湖广省之后，设立了郡县制，实现了改土归流，大明朝在三省之地，实现了完全统治。
当然，在这期间，
因实行改土归流，多地也发生了多次的战争。
在川南方面，乌蒙土府、镇雄土府、东川土司、沙马司、建昌土司、凉山土司、雷波土司、阿卢土司多次叛乱，
兵力最多时，达到了三十万。
期间云贵川三省总督王骥，不断动用军队镇压，
最终平定了四川土司之乱。
随后，天顺帝朱祁镛，将东川、乌蒙、镇雄三地划给了云南。
在云南，已经被革除的镇沅土府刁瀚“不肯献所占民田”，并纠集当地少数民族，进攻镇沅府知府刘洪度，并将其杀害。
王骥闻讯后，立即发动大军反攻，平定了叛乱。
随后，明军向西挺进到了滇西，到达了孟养土司。
以前，大明曾经调动12万大军去进攻孟养土司，
但结果明军一来，这里的土司就逃到了缅甸，明军撤退，他们又回到原地，让大明朝十分头疼不已，
这次王骥，则亲自带领大军“深入数千里，无险不搜。”
彻底击溃了滇西的土司势力，实现了云南之地的改土归流。
而贵州的情况又和云南不同，这里地形复杂，少数民族众多。
虽然贵州之地，势力较大的土司都已经被大明朝剿灭，
但却出现了
“土司单弱，不能管辖，苗患坐大”的局面。
这些苗患，用武力是无法根除的，必须要从根本上进行治理。
根据此情况，王骥在贵州的改革就是开拓“苗疆”，开垦荒地，招来苗民耕种。
贵州改土归流的难度，是最大的，
因此此地，用兵最多，战斗也最激烈。
天顺八年，公元1457年，十月底，
明军再次进入贵州雷公山一带，和这里的生苗发生了激烈的战斗，
到天顺十年，公元1459年，
王骥的大军，才基本让生苗归顺。
那时，天顺帝朱祁镛将贵州新开辟的“苗疆”，设置为古州、清江、台拱、丹江、八寨、都江六县。
后，经过五年的大力开发，
到天顺十五年，公元1464年，太子朱见深继位之时，
此地的人口大量增加，当地的经济获得巨大发展，
当然这是后话。
贵州“改土归流”的另一件大事就是划定了贵州省的版图。
在东部地区，将一些之前隶属于湖广的“生苗”地区划给贵州省，
使得贵州省，能够控制更多“苗疆”；
在南部，将广西在南盘江以北的土地也划给了贵州，
解决了广西难以越过南盘江围剿土匪、土司的问题；
在北部，将四川遵义府也重新划给了贵州；
在西部，将威宁等地，也划给了贵州。
经过重新划分，贵州的版图更加完整，饱满，
也更加符合云贵高原的地理特征。
而广西地区，由于土司数量庞大，但势力弱小，
因而“改土归流”进行的比较顺利。
许多土司看到了大明朝的决心后，
特别是剿灭了四大土司和很多叛乱的土司家族后，
明朝大军仍旧驻扎于西南五省之地，
纷纷识时务者为俊杰，主动申请“改土归流”，
根据军机大臣吏部尚书钦差大臣李贤的统计，
本次由天顺帝朱祁镛主导的改土归流，一共废除了233个土司。
整个大明朝，西南四川、湖广、云南、贵州、广西五省之地的土司全部实现了改土归流，
此时，大明朝只剩下青海、甘肃和西藏、西域之地，还有庞大土司家族的存在。
天顺帝朱祁镛，认为大明朝控制下的甘肃地区的土司，没必要改革，
毕竟此时还不是处理西北边疆地区之时，
天顺帝朱祁镛的战略是
“先南后北，先海洋后陆地”
此时，进军西北之地和朱祁镛的战略相违背，也不利于理藩院正在出使的蒙古和哈密卫的马文生的人生安全。
因此，甘肃之地的土司，得以大量保存。
本次天顺帝朱祁镛，在西南五省之地，大规模推行的“改土归流”，
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