1637年（崇德二年）六月二十七日，皇太极命追论征朝鲜时诸王大臣违犯军纪之过。法司给代善定了六条罪：一、违令多收十二名侍卫；二、诬称系吏部车尔格令其多收；三、明知多收侍卫而说不知；四、以戴翎侍卫充当使令下役；五、违制在朝鲜王京养马；六、妄遣家丁私往造船处。法司拟议革代善亲王爵，罚银一千两，马匹人丁入官。皇太极召集王公贝勒大臣，当众宣布这些罪状，羞辱以后，“悉宥之”，但却斩杀庇护其主的户部参政恩克。
1638年（崇德三年）农历十二月二十七日，代善自行检举说：“我延误了排班，可以送去法司审拟。”法司审理核实定罪，被皇太极赦免。[32]
1639年（崇德四年）农历五月，传来代善的两个儿子岳托和玛占率军征明均殁于军中（死于1638年，崇德三年）。噩耗传来，代善下马倒地痛哭，良久，皇太极命左右扶代善上马，且哭且行的过程中，代善再次哭倒于马下。丧礼过后，因代善家居痛悼，农历十一月十四日，皇太极率诸福晋，和代善以及诸贝勒、文武官员等，去叶赫狩猎，农历十一月十六日，至拜虎地方折回。时值冬至祭天日，打猎来到一个叫盈格的地方，代善骑在马上射獐子，马匹跌倒导致代善脚部受伤，皇太极策马至前，下马亲为代善包扎，以金巵赐酒，饮毕叹道：”朕以为兄长年高不可驰马，兄长奈何不自爱？“于是停止射猎，返回盛京途中，命代善乘舆缓行，日行十五或二十里。[33-34]
拥立顺治
1643年（崇德八年）农历八月九日晚，皇太极突然驾崩。最有可能的继承人有三位，一是皇太极的长子豪格，他有其父拥有的强大的正黄、镶黄二旗作后盾，他自己南征北战二十年，军功卓著，先后荣任和硕贝勒、和硕肃亲王，并统摄六部至中最重要的户部，且豪格在八旗王公大臣中还享有比较高的威望。另一是和硕睿亲王多尔衮，他拥有自己的正白旗和弟弟多铎的镶白旗，人马众多，因长期受到皇太极的宠待，还得到了不少老臣的支持，所以势力相当强大。再一位和多年前一样还是代善，虽然代善虽已退居幕后数年，但他拥有正红、镶红二旗，曾经统兵出征咤叱风云三十年，为后金——清国的建立与强大，建树了不可磨灭的功勋，在八旗王公中，他资历最老，地位最高，又有硕讬、瓦克达、阿达礼、爱新觉罗·罗洛浑、满达海等一批封授王公爵位的儿孙，势力其实是最强大的。在议立新君的过程中，两黄旗的主要大臣欲立豪格为帝，两白旗拥戴多尔衮。
皇太极死后的第五天，即农历八月十四日，代善召集议政王会议，共同议立嗣君。在会议过程中，多铎提出：“不立我，论年纪，应当立礼亲王代善。”
代善说：“睿亲王如果应允，当然是国家之福；否则，豪格是皇帝的长子，当承大统。至于我，年老体衰，难得胜任。”[35]
多尔衮一看自己和豪格都不会得到一致拥护，于是，他提出一个折衷方案，即立皇太极第九子6岁的福临为帝，由济尔哈朗和他自己辅政。当诸王贝勒会议通过折衷方案后，代善立即召集所有文武大臣、王公贵族共立誓书，昭告天地。1643年（崇德八年）农历八月二十五日，6岁的福临正式举行登基典礼，继承了皇位，年号顺治。[36]
因病去世
顺治初年，多尔衮摄政，排斥代善，代善又年事已高，遂在家闲居。1648年11月25日（顺治五年十月十一日），代善在北京的礼亲王府病逝，葬在他的世袭领地：北京西郊香山脚下的正红旗村。[37]
代善的家庭得到一万两两银子的赙仪，朝廷为代善立碑纪功。康熙十年（公元1671年），追赐谥号为“烈”。[38]乾隆十九年（公元1754年），入祀盛京贤王祠，乾隆四十三年（公元1778年）配享太庙。
夏允彝：“东国乃能恪遵成命，推让其弟。又能为之扦御边圉，举止与圣贤何异，其国焉得不兴？”[39]
董崇如：“东国部主岁老，其子某雄鸷非常，才略不出曩霄公之下，将来边警尚未已也。”[39]
李民寏：“奴酋死之后，则贵盈哥必代其父，胡中皆称其宽柔能得众心云。凡得罪奴酋，临杀，贵盈哥多有救解云。其威暴桀骜之势，必不及于奴酋矣。”[40]
康熙帝：“忠冠当时，功昭后世。”[38]
昭梿：“是二人为明臣仆，乃推尊烈王至此，当时神武英略，洵可知矣。”[39]
刘小萌：代善几十年披坚执锐，戮力疆场，立下汗马功劳，在国家政治活动中同样立有安邦定国的勋劳。[38]
朱诚如：代善在□□哈赤去世后，以及皇太极去世后的两次争嗣斗争关键时刻，敢于直言，使入关前两代嗣位得以顺利进行，稳定了清入关前统一的大局。[25]
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