随后，由于穆斯林的叛乱，腓特烈二世摧毁了西西里残存的穆斯林势力，估计有六万人，1221年至1226年间将其迁往阿普利亚（Apulia）的卢切拉（Lucera）。
霍亨斯陶芬王朝与教皇之间的冲突导致1266年教皇英诺森四世（Pope Innocent IV）加冕法国王子查理（Charles），即安茹（Anjou）和普罗旺斯（Provence）的伯爵，成为西西里和那不勒斯（Naples）的国王。
由于法国官员的虐待和征税，西西里的当地人民强烈反对法国统治，导致1282年爆发了被称为西西里晚祷（War of the Sicilian Vespers）的起义，几乎全岛的法国人口都被杀光。
在战争期间，西西里人寻求阿拉贡的彼得三世（Peter III）支持，彼得是最后一位霍亨斯陶芬国王的女婿，但被教皇拒绝。
彼得成功控制了西西里，而法国仍然控制着那不勒斯王国。
1283年8月，教皇马丁四世（Pope Martin IV）发起了针对彼得三世和阿拉贡王国的十字军东征，但失败了。
战争持续到1302年卡尔塔贝洛塔（Caltabellotta）和平协议的签订，该协议承认彼得的儿子腓特烈三世（Frederick III）为西西里岛的国王，而查理二世（Charles II）则被教皇博尼法斯八世（Pope Boniface VIII）承认为那不勒斯的国王。
西西里被霍亨斯陶芬王朝的亲属独立统治直到1409年，之后成为阿拉贡王国的一部分。
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