连续两任皇帝在乾清宫驾崩，朱由校对此有点膈应，决定搬至养心殿居住。
养心殿位于乾清宫西侧，始建于嘉靖年间。万历22年，曾修葺养心殿。
养心殿是一组红墙围护的独立院落，南北长约95米，东西宽约82米，占地约7700平方米，总建筑面积约3900平方米。
养心殿是一个办公、起居、会客、宴饮的复合空间。其最南侧是库房，为储存空间，库房北侧为御膳房，为养心殿提供饮食。而北侧的养心殿主殿则有办公、起居、游赏等多种功能。
相对于乾清宫等功能较为单一的宫殿建筑群，养心殿宫殿建筑群由于帝王的起居需要，衍生出了多种功能，帝王也可以在此小天地中完成自己的各项需求。
朱由校一边准备登基事宜，一边守灵尽孝，一边忙活整肃内廷、四卫营、勇士营和锦衣卫。一天忙得晕头转向，皇帝的位置不好坐啊。还好自己经过几年的武术修炼，身体非常好，能够抗住。
紫禁城内的大量太监、宫女陆续迁出，被安置到西苑集中居住整肃。所有外派的太监、宫女被诏令回宫。皇城内一片肃杀之气，空气异常紧张。
四卫营和勇士营在东安门营房整肃时，朱由校亲自视察了一番。四卫营和勇士营不愧为禁军中的禁军，看上去都很不错。朱由校对此很心动，整肃的同时，安排进行优秀官兵的选拔。
考核内容，第一项原地站立一个时辰，第二项三刻钟10公里跑步，第三项两两分组对抗考核武功，第四项政审。经过三项考核，约2000人通过选拔。
四卫营和勇士营的底子确实不错。通过选拔的官兵填写简历，进行政审。只要能够通过政审，皇家卫队将收编一支强悍的骨干力量。
锦衣卫已经烂到骨子里，当年选拔侍卫时，优秀人员已经选拔出来。
锦衣卫约两万多人以及原东厂800人以封闭集训的名义被护送到卧佛寺集训营看押审查，进行全面整肃，锦衣卫的整肃首先从吃空饷入手调查。
锦衣卫进行重建，特勤二师1万余人整编为新锦衣卫。
新锦衣卫服装废除飞鱼服，更换为新式制服，新式制服参考现代警察制服的样式设计制作，武器装备同皇家卫队。
新锦衣卫保留部分飞鱼服、绣春刀，新锦衣卫外出执行任务时，安排几人穿戴飞鱼服、绣春刀带队，必定事半功倍。
锦衣卫200多年的威名，还是很有震慑力，这块招牌可不能随便弃用。
新锦衣卫成立国防部、公安部、国安部、司法部、监察部、宣传部、外交部、人事部、财政部、税务部、文教部、卫生部、民政部、国土部、建设部、农业部、工业部、商务部等部门。
国防部负责国防宣传动员、新兵招募、军属、烈属、退役军人服务等事务；
公安部负责户籍、治安、刑事、消防等事务；
国安部负责监管危害国家安全方面事务；
司法部负责制定法律法规、法院诉讼、执行等事务；
监察部负责监督审查政府各部门和官员等事务，从一开始制定严苛的官员财产申报以及各种反腐廉政制度；
宣传部负责引导社会舆论，部署全局性的思想政治工作任务，进行官员和群众的思想教育工作，管理各种出版刊物；
组织部负责政府人事编制管理；
财政部负责货币管理和政府各部门收支以及政府资产管理等事务；
税务部负责赋税的标准制定，赋税的收取，工商、市场的管理等事务；
文教部负责文化、科技、教育、体育等事务；
卫生部负责医疗、医院、防疫等事务；
民政部负责自然灾害应急管理、困难百姓救助、民族宗教等事务；
国土部负责国土、海洋勘测使用管理、自然资源勘测使用管理、山川地形地图测绘管理等事务；
建设部负责交通建设、水利建设、建筑物建设的规划管理，城市建设、市政建设维护、环卫清洁管理等事务；
农业部负责农业生产、粮油收储统筹等农业事务；
工业部负责工业生产等工业事务；
商务部负责商业流通贸易和对外贸易等事务。
老锦衣卫刺探情报的职能由公安部、国安部、监察部、国防部、皇家卫队情报司，接管。治安、刑事、一般商业犯罪的情报由公安部负责。
叛乱、造反、影响国计民生的重大商业犯罪、国外政治经济的情报由国安部负责。文武官员违法违纪、贪污腐败的情报由监察部负责。军事、军情的情报由国防部和皇家卫队情报司负责。
李若琏调回皇家卫队情报司继续负责情报工作。
陈子壮担任新锦衣卫第一任总指挥，尤君忠担任副总指挥。
赵忠君担任国防部第一任部长，钱忠爱担任公安部第一任部长，孙忠国担任国安部第一任部长，李忠务担任司法部第一任部长，周忠实担任监察部第一任部长，吴忠兴担任宣传部第一任部长，陈子壮兼任外交部第一任部长。
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