辽东地区军队经过整肃，辽东镇、辽东都司花名册编制约人，各地援辽军约16万人，总计花名册编制约24.3万人，实际人数约17万人。
按照军队整肃整编整训条列，约名违法犯罪人员被严厉惩处，原辽东总兵李如柏、李如桢，辽东总兵李光荣，宣府镇援辽总兵刘孔胤，蓟镇援辽总兵李秉诚、朱万良、姜弼，辽东都司指挥使张昌胤、辽东参议李乃兰、开原道佥事韩原善，宁前道佥事王化贞，辽海道佥事阎鸣泰、海盖道佥事康应乾、金复道佥事胡嘉模、广宁兵备副使张凤翼、监军张国儒、梁之垣，辽东参将孙得功、鲍承先、李怀忠、陈官定、安云龙、熊锦、李应诏、杨应宗、李养栋，守备石廷柱、刘泽清、郎绍贞，严正中、顾大训、马雄、孙谭、李茂春、刘定邦、王朝彦、麻承宗、刘世勋、尚志弘、毛凤文、王牧民、刘世勋、陈一元、张良策、高出、韩初命、张慎言、何光先、张士彦、黄进、马光远、王世选、陆国志、石天柱等约1700人被判处绞刑。
抄没家产现银约850万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约450万银元，土地约170万亩。
按照军队整肃整编整训条例，各地援辽、辽东镇、辽东都司以及奴儿干都司及其卫所裁撤编制。军产军资由皇家卫队接管，被挪用侵吞的军产军资进行追讨。
剩下约15万人，其中约4万老弱病残以及不愿意继续从军的官兵，发放退伍费遣返原籍或就地安置为民。
甑选整编1个师名青壮，进行为期半年的封闭军事训练和文化学习。其它10万人整编为工程部队加入中华建筑民工大军。
蓟镇援辽总兵李怀信、山海关援辽总兵柴国柱以及赵率教调入皇家军事大学担任教官。
甘肃援辽总兵祁秉忠、侯世禄，山海关援辽总兵刘渠、山西援辽总兵杨宗业，陕西援辽总兵梁仲善以及贺世贤、何可纲、尤世功、尤世威、尤世禄、马科、曹文诏、邓祖禹、陈于王、黄得功、徐国全等辽东地区优秀官兵推荐到皇家军事大学进行半年的封闭进修学习。
辽东地区成立皇家卫队东北军区，总部沈阳，由皇家卫队总参谋部直接管辖指挥。熊廷弼担任东北军区总指挥，康实忠担任政治委员，伍实君担任参谋长。
东北军区暂编20个师24万人，负责辽东防务，首要任务防御女真。战略目标剑指整个东北，收复辽东都司、奴儿干都司、朵颜三卫失地，进而征服东西伯利亚、朝鲜半岛、日本。
东北军区当前的主要军事任务为维护辖区的稳定，积极开展全军大练兵，进行严格的军事训练，为未来的大战厉兵秣马。
对外采取稳健的防御战略，实行收缩防御战略，集中兵力驻守辽阳、沈阳、广宁、奉集堡、虎皮驿等战略要地。
严格执行只许据城防守，不许进攻的命令。未经命令，擅自出战者，杀无赦。两年内，辽东地区以守为主，能够守住辽沈就是大功。
通过辽东军队的整肃，彻查泰昌皇帝发放的300万银元辽饷的实际支付情况，掌握贪没证据，配合查处京城参与贪腐辽饷的官员。
北直隶、辽东、山西、西北四地军队花名册编制总计约154万人，实际人数约91万人。违法犯罪人员约9.1万人，遣返原籍或就地安置为民的官兵约24万人，工程部队整编49万人，皇家卫队整编6个师人。
抄没家产现银约4550万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约2400万银元，土地约910万亩。
李如柏字子贞，出生于1553年，李成梁第二子。凭借父荫，起家锦衣千户。历任铁岭卫都指挥佥事、密云游击、黄花岭参将、蓟镇副总兵、辽东总兵。
参加萨尔浒之战，兵败逃回北京。天启元年被弹劾，无法承受世人非议自杀。
李如桢，出生于1556年，李成梁第三子。凭借父荫，成为锦衣卫指挥使，执掌南、北镇抚司。萨尔浒之战后，辽东危在旦夕，李如桢被举荐为辽东总兵。铁岭失陷后被罢官。
王化贞字肖乾，万历41年进士，历任户部主事、右参议、辽东巡抚，东林党重要成员。因为党争，王化贞被推到辽东巡抚任上，造成广宁兵败。
阎鸣泰出生于1572年，万历26年进士。历任户部主事、辽东参政、佥事、山东参政、辽东监军、参议、山东按察使司副使、兼右佥都御史、辽东巡抚。
天启5年，担任兵部右侍郎，署协理京营戎政、整饬蓟镇等处边备。天启6年，担任顺天巡抚、蓟辽总督，并任兵部尚书、授太子太保、太子太傅、太子太师。天启7年，授少师。
阎鸣泰实无才略，工谄佞，以虚词罔上而已。阎鸣泰由魏忠贤再起，专事谄谀。每陈边事，必颂功德，于蓟、辽建生祠，多至七所。
张凤翼万历41年进士。历任户部主事、广宁兵备副使。天启初，起右参政，饬遵化兵备。天启6年，巡抚保定。
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