匆匆赶来救援的三位城门守将，却发现总督马士英都已经死掉了，他们跟朝廷作对肯定不会有什么好下场。
于是，几人纷纷上前拜见史可法，表达了对皇上、对大明朝廷的忠心。
史可法满意地点了点头，然后命令全城戒严，进行军事管制，并开始搜捕马士英叛贼余党。
将总督府的战场打扫干净，战后事宜安排妥当后，史可法亲自出城，去位于城北的凤阳大营释放刑部尚书张慎言。
看到史可法出现，已经被看守士兵折磨得筋疲力尽的张慎言不甚唏嘘，叹道要不是史可法及时出现相救，恐怕他就要忍不住撞墙自尽了。
张慎言全身是伤，都是被马士英派来的看守折磨的，但还好都是皮外伤，没有内伤，养一段时间就好了。
史可法对他宽慰了一番，道皇上会记得他的功劳的，请他安心养伤，回到南京继续为皇上效忠。
然后，史可法再回到城内，坐镇凤阳府处理军务，安抚民心。
虽然战斗只在总督府一隅之地发生，但城内军队的调动厮杀声还是惊醒了无数睡梦中的凤阳老百姓。大家整个后半夜都没有睡踏实，生怕发生了什么叛乱，让凤阳府陷入战乱，老百姓就没什么好日子过了。
还好，史可法及时派人贴出的告示告知了大家，只是马士英等一小撮人犯上作乱而已。叛乱已经被兵部尚书史可法率领官兵平定了，让大家不要惊慌，照常生活。
天亮后大家打开门，看到街上没有任何混乱，加上史可法贴的告示，也让大家放下了心，开始照常过日子。只是暗地里议论一下马士英堂堂总督，怎么就成了叛贼，被朝廷给剿灭了呢。
六月二十四日早上，史可法亲笔签署的军令向四面八方的传了出去。史可法下命令让凤阳城外的各大军营、辖下各县卫所的主要军官必须于六月二十七日前赶到凤阳城向他报道，并且不得带一兵一卒。逾期不到者，视为马士英叛贼余党，予以剿灭。
三天过后，接到史可法军令的凤阳中都留守司辖下各大军营、卫所的军官都赶到凤阳府向兵部尚书史可法报道了。只有颍川卫指挥使马士岭带着亲人家眷，在数十名亲兵家将的保护下，连夜离开颍川，向北方逃跑，投靠大顺去了。
因为，马士岭是马士英的族房堂弟。听到堂兄马士英被史可法当叛国贼杀了，马士岭自然不敢自投罗网，跑来见史可法。
不仅不敢来见史可法，他反而当机立断，带着亲人家眷连夜逃跑了，生怕被史可法当马士英的同党抓起来。
一个小小的卫所指挥使逃跑，当不得史可法去追捕，只是派了另外一个军官前去接收了颍川卫的指挥使职务，履行颍川卫的防卫工作。
马士英叛党集团的覆灭，给江北其他三镇总兵造成了极大的震慑。
江北四镇总兵手中掌握的军队，加起来有近二十万人，占到南京朝廷现有正规军的一半，实力相当雄厚。高杰、刘泽清、黄得功三人得到马士英的传信，邀他们结成联盟，拥兵自重、共同进退，三人也是有点蠢蠢欲动的。
不料，接到马士英的信还没几天，三人都还没考虑好呢，马士英就被是史可法杀掉，总兵刘良佐也被俘虏，即将押往南京判刑了。
这一下，高杰三人自然不敢再妄动，纷纷上书朝廷，表达了他们对朝廷、对皇上的耿耿忠心。从今往后，三镇总兵唯朝廷之命是从，朝廷让他们干什么，他们就干什么，绝无二话。
这些表面文章，只能去哄小孩子，杨毅和史可法都是不信的。
高杰三人不过是因为局势不明朗，本着小心谨慎的思想暂时向朝廷表示屈服而已。如果朝廷没有当机立断，除掉马士英，表现得软弱可欺的话，这三人恐怕就要跟着造反了。
现在除掉最大的毒瘤马士英，抓到违法乱纪、伙同叛乱的刘良佐，能让其他三镇总兵暂时屈服，也算达到了杨毅的目的了。
凤阳只是因为中都的名义，加上抵抗大顺军南下的原因，临时设置了一个总督的官职。当马士英叛党被剿灭后，总督的设置就可以取消了。
崇祯十七年六月二十九日，崇祯皇帝下达圣旨，任命在剿灭马士英叛党一役中立下大功的金运虎为凤阳总兵，总领凤阳府军务。其他参加平叛的官兵如饶劲衔等人，各有提拔赏赐。
七月初三，史可法将凤阳府所有军务交代给金运虎后，押着刘良佐、黄道权等叛党成员返回了南京。一同返回的，还有伤势养得差不多的刑部尚书张慎言一行。
经过刑部和大理寺几天的审讯，刘良佐和黄道权等人最终承认了违法乱纪、倒卖军粮、跟随马士英谋图叛变的事实。
崇祯十七年七月十四日，南京大理寺宣判刘良佐、黄道权等马士英叛党成员死刑，秋后问斩。
各叛党罪犯的家人，三族以内成年男性发配西南边疆充军；成年女性强制进入工部、户部的国营工厂作坊做工服役；未成年孩童，强制分配给九族以内亲属抚养。
并且，三族以外、九族以内的亲属，要在官府的监督下生活、劳作，不许擅自离开家乡。
这些，都是在杨毅的干涉下形成的判决。
如果按明朝当时处理犯上作乱的叛党反贼的例行做法，刘良佐等人三族以内的亲属就要全部被斩首示众，九族以内亲属全部充军服役，连孩童也不能幸免。
杨毅觉得这种处罚太过残酷，就进行了干涉，只追究了刘良佐等主犯的刑事责任，他们家属的连带责任被大大减轻。虽然还是比后世的刑罚严苛，但对明朝的人来说，杨毅此举就已经当得起“仁慈君主”的评价了。
原来的崇祯帝朱由检大权独揽、独断专横、性格暴虐，经常撤换、斩杀大臣，给人一种“暴君”的感觉。现在杨毅以崇祯帝的身份做出这样的指示，连叛党反贼也不大搞株连了，也算是给崇祯帝挽回了一些名誉。
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