不过等他们进入江南，却听说大魔国的李靖出敌不意，以水军逆江而上，直捣腹心，一举击灭萧铣。
这个变化让二人大吃了一惊，他们派人道江陵一打听，却知道李靖根本没有在江陵停留，让高士廉留守江陵，并且看守萧铣，好像完全放弃了江陵一样。
二人百思不得其解，不过还是大军顺流直下，一下子来到了江陵城下。高士廉是李世民的妻舅，也没有多抵抗就开城投降。
就这样江陵神奇的在数月内三易其主。唐军进江陵后，李孝恭接受李世绩的建议，严明军纪，对萧铣的降将家眷予以保护。影响所及，南方州郡都望风归附；不过唐军再想度过岭南却被大魔国阻止。
李孝恭一是认为岭南蛮荒之地没有什么意义，二是也不敢激怒大魔国就停止行动，自顾自的经营自己的占领地区。
萧铣投降后被李孝恭送到京师。李渊亲自提审萧铣，斥责其罪。
萧铣回答说：“隋失其鹿，英雄竞逐，萧铣无天命护佑，故被陛下擒获，正如田横南面称王，难道对不起汉朝吗？”唐高祖因其言不屈而大怒，下诏斩于都市，时年三十九岁。
就在李渊以为天下平定，敌手只剩下一个大魔国的时候，河北的刘黑闼被人推举为为首领，带领着一百多人一举袭破漳南县城。后又大败贝州刺史戴元详、魏州刺史权威，尽收其器械及余众二千人。七月十九日，刘黑闼在贝州漳南设坛，祭奠窦建德，自称大将军，正式大举起兵。
八月二十二日，刘黑闼攻陷历亭，屯卫将军王行敏战死。窦建德故将旧吏纷纷杀死唐朝官吏，响应起义。八月二十六日，深州人崔元逊杀其刺史裴晞，叛附于刘黑闼。兵败蛰伏的徐圆朗也起兵响应。
九月，刘黑闼大败淮安王李神通、幽州总管罗艺联军。十月初六日，刘黑闼攻陷瀛州，抓获刺史卢士睿，又攻陷观州。
十一月十九日，刘黑闼攻陷定州，杀死总管李玄通。十一月二十七日，杞州人周文举杀其刺史王孝矩，投降刘黑闼。
十二月初三日，刘黑闼攻陷冀州，杀总管麹棱。十二月十二日，刘黑闼在宋州击败初来乍到的左武候将军李世绩，生擒薛万均兄弟，兵势大盛。突厥颉利可汗也派人马来援。
其后刘黑闼兵锋不减，三天之内又接连攻陷怀州、卫州、相州，杀卫州总管潘道毅。半年之间便几乎占领完了河北四十余座州府的大部分，全部恢复了窦建德原先的地盘。
大唐朝廷为之震动，十二月十五日，李渊再次派秦王李世民、齐王李元吉带大军前去征讨刘黑闼。
李世民到了河北之后一改以往谋后而动，后发制人的作风，对刘黑闼进行穷追猛打，一举攻破卫州；刘黑闼抵挡不住放弃放弃了相州退回自己的老窝洺州和李世民隔着洺水相持。
李世民一纸书信传喻幽州的罗艺，让他发兵从后面攻打刘黑闼。自从窦建德死后窦线娘就被程知节救到了山东，罗成闻信也找了个借口跑到了大魔国。
罗艺手下的精兵几乎被程知节骗了个精光，不得已只好把瓦口关的秦用调了回来，派张公瑾为总管，带领着两万大军出幽州前去攻打刘黑闼。
刘黑闼兵力有限，后方空虚，很快就被张公瑾和秦用一路冲杀攻破了定州、滦州、廉州、赵州；从后面威胁到了洺州。
刘黑闼这才知道不好，他见李世民没有动静，就像带领大军回去阻挡张公瑾，没有想到他的车骑将军，骠骑将军洺水人李去惑，李开弼，李潘买等人，乘黑闼不在，溜回洺水县，声称黑闼已经失败，他们是逃回来的，聚集了二百多宗族人，占领了该城。并派人走小路向李世民投降。
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