本来西班牙人和葡萄牙人对这样的战利品分成还颇有些不满意，但张玉坤答应让西班牙和葡萄牙在巴达维亚投资建设港口，并根据王新宇事先给他的提议，对西班牙和葡萄牙等国开放开放巴达维亚和新加坡等港口，以优惠价格给他们提供货物。
从长远角度来看，西班牙和葡萄牙获得了明国给予的“贸易最惠国”待遇，有了这个待遇之后，他们能够赚到更多钱。
另外，西班牙和葡萄牙无论是出兵人数还是出动的舰船都不多，能够分到价值六百万两白银的战利品，他们其实也很满意了。这次出来收拾荷兰人，这两个国家基本上没有受到什么损失，还获得了巴达维亚港口的停靠权。
李定国拿到了一千五百万两银子，也很满足了，那么多银子，远超过他之前的想象。尽管他知道张玉坤还偷偷收了一批银子，但他也当成不知道一样没有吱声，拿到战利品之后，李定国就带上三千人马撤回缅甸，留下两千人协助南洋海军驻守巴达维亚。
“晋王离开这里了，接下来我们要做的事情就是加固炮台，增加新的火炮。”张玉坤开始安排加固巴达维亚炮台的工程。
巴达维亚被明军攻占了之后，按照中国人的习惯改名成椰城。至此，南洋海军在东南亚有了三座港口：延平港、狮城港和椰城港。
延平港和狮城港的建设比较早，防御坚固。延平港是以河港出海的港口，在入海口布置水雷，丛林里面布置隐蔽的炮台，荷兰人就无法攻下这座港口，更何况延平港位置隐蔽，荷兰人还不知道这里。至于狮城港，位置十分重要，扼守住马六甲海峡要冲，南洋海军在这里建造了最坚固的炮台，布置了最新锐的重炮。所以说，不管是延平港还是狮城港，荷兰人都不可能拿得下来。
至于明廷所在的兴都港，荷兰人也没那么容易进去。首先那是大金沙江入海的港口，下游三角洲河道复杂，荷兰人无法探明航道水深情况，大型战船不敢贸然进入江口内。而小船进来，兴都的炮台可不是吃素的。
张玉坤比较不放心的就是椰城炮台，原来荷兰人修建的四座炮台，上面虽然设有六十四磅重加农炮和三十二磅重加农炮等重炮，可是这些重炮的数量不多，远距离射击，这些重炮的精度也不高。若是荷兰舰队要强行突破进入港内，仅仅依靠这四座炮台，根本无法挡住拥有大量战列舰的荷兰舰队。
要堵住荷兰人进入椰城港区内，就要对炮台和港湾口重新进行布置。
椰城港湾的入口处比较开阔，并不是很有利于防守，四座炮台难以完全封死港口。因此张玉坤首先要做的是，对港区的航道进行布置。
一些本来就比较浅，但是大船可以进出的航道，派人打下水下暗桩。主航道上，布置了大量水雷。
最早的时候，万历年间使用的水雷是木壳雷，郑成功后来又造出了陶瓷雷。现在王新宇使用的是经过改进的陶瓷水雷。
陶瓷外壳水雷也是一种使用钢轮燧发引信的水雷，这种水雷使用石蜡密封防水，水雷外壳上面开了五个孔，铜管插入孔内。在铜管里面安装有铁制的触角，伸出水雷外面。这种触角其实就是一种用来撞击的引信。当敌舰撞上触角，触角就会被压缩，引发水雷里面的钢轮转动，燧石点火，点燃引药，导致火药爆炸。
这种专门用来对付大型舰船的水雷每一枚都有两百多斤重，看起来就好像小口的大水缸一样，内部装填了一百多斤黑[火]药，只要一枚水雷爆炸，就能在船底炸开一个直径五米的大洞，这样的爆炸威力，足以炸沉七省级战列舰。
水雷底部有铁环，上面挂上铁链，固定在海底，可以避免水雷被海水冲走。
飞剪快帆船从东番枪炮厂运来了一百多枚新式水雷，水雷运到之后，明军水手们就驾驶着布雷的小船，在椰城港湾外围布置水雷。
椰城港口主航道水深比较深，涨潮时可以达到十五米深。如果只是简单的把水雷丢下去，放下锚链，那么锚链可能在水底扎得不稳，而导致水雷被水流带走。为了保证布雷的可靠性，明军在退潮的时候布雷。布雷的水兵都是水性最好的水兵，他们身上捆着绳索，从小船上滑下来，沿着一根粗木潜入水底。
小船上的人把水雷推入水中，因为水雷底部的锚链重量大，原本可以漂浮在海面的水缸被锚链带入水中。
潜入水底的明军水兵嘴里含着一根用来通气的竹管，潜入水底打下木桩。然后把水雷锚链固定在海底的同时，又拉出一条铁链，把锚链拴在木桩上。
布置水雷的同时，在一些水比较浅的次要航道上，明军水手潜入水底，打下水底暗桩。
尽管水雷和水底暗桩无法完全阻拦荷兰舰队进入椰城港内，但是在航道上布置了水雷和水下暗桩之后，再加上岸上炮台的封锁，就能完全阻拦住荷兰人的舰队。因为荷兰人若是要排除水雷，或者是派人去摧毁水下暗桩，他们的舰队就不得不停在雷区前面，那样就落入了炮台火力覆盖范围内。
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