等袁崇焕到了通州，见了坐镇通州的军机大臣兼直隶总督孙承宗以后，回辽东任职的想法，更是早就抛开了。正如孙承宗告诉他的，作为臣子，唯有服从皇帝的旨意才是正道，若皇帝的决策是错误的，那么向皇帝进谏，努力改变皇帝的决策，是臣子该做的。
然而如果皇帝的决策并没有错，那么作臣子的，不想着如何去执行，而是只想着如何改变皇帝的心意，想着通过左右皇帝的意志，而达到自己的目的，这绝非臣子所当为。
孙承宗的话，让袁崇焕猝然警醒。天启七年七月宁锦大捷后的袁崇焕，的确有点志得意满、得意忘形了，他之所以敢于愤而辞官，就在于他断定朝廷不敢放他离去，他认为辽东的形势离开他玩儿不转，唯有他才是那个能够挽救辽东危局的人。
也正是因为这一判断，他在辽东为人处世越来越专横跋扈，先是与赵率教闹翻，朝廷不得已将赵率教调至山海镇，后来又与辽东镇总兵官满桂冲突。
历史上，崇祯元年，袁崇焕重回辽东之后不久，就上书朝廷将满桂调任大同，而尤其暴露出他得意忘形的一件事，就是矫诏擅杀东江镇总兵官毛文龙。矫诏的意思，就是假传圣旨，擅杀就是未经请示。
若不是有恃无恐到了一定的程度，他是绝对不敢这么做的，不仅擅杀边帅，而且让皇帝背了个大黑锅。
历史上的崇祯四年，毛文龙旧部的叛乱与投靠后金，与袁崇焕的恣意妄为和让皇帝为他背黑锅，是有着直接关系的。
四月二十八日，崇祯皇帝在乾清宫的东暖阁里，召见了前来陛辞的袁崇焕，陪同召见的有内阁大臣李国鐠、孙承宗和徐光启，也有军机大臣张惟贤。
乾清宫外阳光灿烂，东暖阁内窗明几净，待众人行礼完毕，相继坐定，崇祯皇帝说道：“袁爱卿近日从粤省北上京师，路途遥远，其中艰辛可知，朕原想待卿多休息上几日再行召见，然而如今西北形势一日数变，陕西巡抚洪承畴、延绥巡抚孙传庭，以及户部督理仓场侍郎南居益，皆报去年以来陕西全境干旱无雨，延至今春，三边州府饥荒严重，流民遍地，延绥辖内府谷、白水、安塞等地，如今皆有流贼作乱，更有贼头王二、王嘉胤、高迎祥、王大梁等，在三边之地裹挟流民杀官造反，围攻州县，烧杀抢掠，无恶不作。每念及此，朕实在忧心如焚。袁爱卿既任三边总督，虽然路途辛苦，仍当尽快赴任。”
听皇帝说出这些话，不仅袁崇焕马上离座跪地，就是李国鐠等人也是难安于座，纷纷起身跪地，说道：“臣等有罪，致令陛下忧虑如此。”
崇祯皇帝摆摆手说道：“卿等平身。此非卿等罪责。”
然后待众人坐定，崇祯皇帝又对袁崇焕说道：“袁爱卿对西北乱局可有章程？若卿明日离京赴任，爱卿可有何需求？凡是朝廷能办到的，卿可尽管说来。只要爱卿平了西北贼乱，朕不吝公侯之赏。”
皇帝说完这个话，阁中大臣都是一惊，皇帝对西北贼乱如此重视，倒是他们所没有想到的。
袁崇焕躬身说道：“陛下，臣前来京师的路上，一直在思考稳定西北的策略，陛下有意开拓西北，募流民屯垦于河套，此乃长远之策，然而此策推行非三五年，难见成效。如今贼乱炽烈，惟有以剿为先。臣以为平西北贼乱，无外乎足食足兵两策。臣请陛下授臣以平贼之专权，募民以足兵源，屯垦以足粮饷，如此不出三年，臣定当剿灭三边贼乱，还陛下一个安定之西北。”
说到这里，袁崇焕停顿了一下，看了看皇帝，接着说道：“臣闻三边各镇欠饷日久，虽则去年底，陛下已补发部分欠饷，但与欠饷数额相比，仍属杯水车薪，况且如今正是借重三边士卒之时，士卒若是不能饱腹，臣等亦难以驱之使战。请陛下发银三十万与臣，臣携之赴三边，振军心、整军备，半年之内，必有以报陛下。”
袁崇焕说完这话，心里忐忑不安，担心皇帝拒绝或者训斥，毕竟未上任即要饷银，实在有点像是要挟皇帝的意思。
令他没想到的是，他听见皇帝说道：“朕赐爱卿尚方剑与密折奏事之权，三边五镇之军务，皆由卿处置，总兵以下不服调遣作战不力者，卿可先斩后奏。另外与卿银三十万两，爱卿可用以募民屯垦于河套，并可自建总督标营五千。至于三边各镇欠饷尤多的问题，朕再拨五十万两，由卿携至五镇，交由五镇监军御史核实发放。”
袁崇焕听毕，连忙跪地谢恩。接下来君臣之间又计议一番，袁崇焕在李国鐠等大臣引领下陛辞而去。
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