实际上，这就等于是将原来的南京五军都督府之前加个行字而已，表示它们是京师五军都督府在南京的代行指挥机构。
其他的并没有什么大的变化，不过是如同京师的五军都督府一样，每个都督府都多了护军与参军之设罢了。
尽管如此，崇祯皇帝担心这样的调整可能某些世家勋贵的利益，为了避免出什么乱子，还是让南京镇守勋臣魏国公徐弘基担任了南京行五军都督府的权行大都督，令南京兵部尚书武之望出任南京行五军都督府的权行上护军，同时让南京镇守太监王之心担任了南京行五军都督府的监军内臣。
好在一两年前，崇祯皇帝曾经痛下决心，将南京勋贵之中掌权的一些害群之马，已经清除掉了一批。
如今坐在南京五军都督府与南京京营高位之上的勋贵，比如怀远侯常延龄、博平侯郭振明、诚意伯刘孔昭和南宁伯毛孟龙这些人，都是当时杀了前一批勋贵之后，由崇祯皇帝亲自扶起来换上去的。
而这些原本边缘化的人物，与南京五军都督府二百多年来形成的盘根错节的利益关系，牵连不大，涉足也不深。
当时整顿南北两京的世家勋贵，其中一个重要的目的，就是为了有朝一日，为重组五军都督府预作准备。
到了这个时候，当时痛下杀手预作的那些准备，终于派上了用场。
说起来，如今这位崇祯皇帝也是忍耐了很久。
在当年整肃了南北两京的当权勋贵之后，他就想要改革大明朝的军事指挥制度，但是终究没有敢于去做。
直到如今近卫军第一镇、第二镇真正成军，直到如今打退了建虏的大举入侵，直到提拔重用一批新晋勋贵，取代了被清除的那些老勋贵，树立起自己在朝中和军中的权威，他才终于敢将这件事情提上日程。
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