听着军机大臣孙承宗将自己亲自敲定的圣旨逐字逐句地当众宣读出来，崇祯皇帝虽然心中仍有一些激动，但是脸上却仍无表情，等到大殿中再次安静下来，他什么也没有说，只是静静地注视着内阁首辅大臣李国镨。
果然，等到大殿中安静下来，跪在前列的内阁首辅李国镨，站了起来，与军机大臣孙承宗一样，面向跪着的群臣，接过司礼监掌印太监曹化淳躬身奉上的另一封圣旨，然后缓缓展开，读道：
““奉天承运皇帝，诏曰：即日起废止前军、后军、左军、右军、中军五军都督府，原前后左右中五军督府全部职权，移交近卫、边军、内卫、海军及后备等钦命新设之五军督府，另赐五军旗牌关防印信以行军令军法。
“一曰，大明边军各镇督抚总兵、边地行省之都司卫所，旨到之日即刻转归皇明边卫军都督府节制指挥！
“二曰，大明近卫军已编各镇，旨到之日即刻转归皇明近卫军都督府节制指挥！
“三曰，大明南北各地都司卫所，非沿边沿海者，旨到之日即归皇明内卫军都督府节制指挥！
“四曰，大明版图之内自东江、瀛洲乃至东番、琼崖，凡南北沿海之水师舰船、海防卫所，旨到之日即刻转归海军都督府节制指挥！
“五曰，大明版图之内各省督抚辖内之乡兵民勇团练并皇明新军涿州训练大营乃至此后各地训练大营，自今而后悉归皇明后备军都督府节制指挥！
“今有钦定五军都督府新制章程，随旨颁赐天下各地督抚镇臣，咸使与闻！
“钦命此旨刊布中外，昭告天下！旨到之日，令行禁止！敢有迟疑违误、阳奉阴违者，以谋危社稷论罪！钦此！”
内阁首辅李国镨宣读完毕了这道圣旨，与军机大臣宁城伯孙承宗的做法一样，根本不给殿中大臣留下任何讨论的余地，直接转身跪地，高呼陛下圣明、吾皇万岁了。
七月十五日中元节举行的建极殿望日朝会，就这样，在一片万岁声中斩钉截铁一般地结束了。
崇祯皇帝钦定的五军都督府新制章程，在原来五军都督府所有职司的基础上，确定了新设的各个都督府所拥有的辖地、权限以及所属每个二级部门的职权。
五个新设的都督府，其下涵盖的职权机构大同小异，左右都督以及左右护军以下，除了原有的断事司、经历司、镇抚司、照磨所、理问所等等机构之外，这一次，每个都督府里，又都统一新设立了的总务厅、军令司、教导司、考功司、军需司和饷禄司。
与此同时，不同的都督府下面，又有一两个不同的机构，比如边卫军都督府下面，专门设立了边军马政司，专管独属边军自己的军马场。
再比如海军都督府下面，专门设立了海军船政司，专管独属海军自己的购船造船乃至维修船舶的事务。
还有，内卫军都督府下面专门设立了清丈军屯司，而后备军都督府下面则专门设立了新军选募司，专门招募训练兵员，等等。
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