有的比丘尼则遭受侵扰和追捕。永乐十八年，明成祖朱棣突然下令，将全国所有的比丘尼以及女道士，统统逮捕送到京师逐一审问，验明真实身份。这场史无前例的大索天下比丘尼案，既打破了佛门千年来与世无争的静雅，也让后人感到莫可名状的疑惑。那么，朱棣为什么要捕捉天下比丘尼呢？
而事情的起因，却是一场发生在山东境内，由唐赛儿(女)领导的农民起义运动。据《明史》及清代有关野史杂钞记载:唐赛儿于永乐十八年二月，在家乡蒲台(聚集数千白莲教徒，以红白旗为号，揭竿而起，对抗朝廷。
这场发生在山东境内的农民起义，因为规模小、持续时间短，且没有震动明朝政权，所以连历史教科书上没有记述，但当时的皇帝朱棣却“甚为震惊”，不但派出了“京营”五千精锐人马，还把正在山东沿海“抗倭”的军队，也用在了镇压这场农民起义上面，很有股子“攘外必先安内”的架势。
朱棣为何如此兴师动众?据分析有以下原因。其一，起义发生在“迁都北京”前夕，直接影响到皇帝的“形象工程”和“政绩工程”，朱棣决不允许在这种时候出任何乱子;其二，起义军以“白莲教”为依托，教徒对唐赛儿死心塌地，惟命是从，朱棣决不允许“邪教”蛊惑民众;其三，起义军队伍不断壮大，屡败官军，且唐赛儿对于朝廷的招安不理不睬，使朝廷和朱棣颜面扫地。种种原因，使朱棣对唐赛儿分外仇恨，对起义军进行疯狂镇压。
因为寡不敌众，腹背受敌，起义军只坚持了三个月就失败了，但唐赛儿却下落不明。
为了消除心中忿恨，为了防止死灰复燃，为了能够杀一儆百，朱棣下令严察唐赛儿的行踪，但搜捕工作没有任何进展。民间搜不到，朱棣决定调整工作重心，把搜捕唐赛儿的重点放到了佛门。
朱棣之所以这么做，也有以下原因:一者，搜捕人员为了推卸搜查不利的责任，有可能以唐赛儿入佛门来搪塞朱棣。二者，佛门弟子远离世俗，官府一般不介入，唐赛儿兵败后极有可能混入佛门避难;三者，唐赛儿起义时，曾自称“佛母”，朱棣以此认为唐赛儿与佛门有着某种关联。史料中也有相关记载，朱棣因“唐赛儿久不获，虑削发为尼或处混女道士中，遂命法司，凡北京、山东境内尼及道站，逮之京诘之”。
于是，朱棣下令将北京、山东的比丘尼、女道士统统逮捕，押送朝廷审讯。同年七月，朱棣又命段明为山东左参政，继续搜索唐赛儿。段明为了完成这一任务，不仅把山东、北京的比丘尼逐一搜查，全部捕捉，甚至还逮拿了全国范围内的数万名出家妇女。
关于此事，《明史》也有简单记载:永乐十八年二月，山东蒲台唐赛儿反，唐赛儿不获，溟逮天下出家比丘尼万人。
一直到朱棣病逝，他一心想捉拿到唐赛儿的愿望也没能实现。明朝强大而又严密的特务、巡察机构，在捉拿唐赛儿的问题上，因为不得民心，即使想出通过捕捉天下尼姑的荒唐、极端的办法，最终也无济于事，得到的结果是“赛儿卒不获，不知所终”。唐赛儿究竟哪儿去了?多少年来，不少历代史学家，为了寻觅这位巾帼英雄的最后归宿，穷经皓首，至今仍无定论。
“施主，老尼来此，是想向二位所寻一物？”她的嘴唇蠕动着，唇边的皱纹化成了一朵菊花……
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