随着迁都准备工作推进，北京的中央机构不断完善，其职能和地位逐渐与南京的中央机构等同 ，为迁都后明朝中央政府在北京的正常运转奠定了基础 。
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朱棣迁都并非一蹴而就。1403年，他将北平升为北京，称行在 。1416年开始大规模营建北京宫殿，历时5年完工。
1421年正月初一，明朝正式迁都北京，以北京为京师，南京作为留都。
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朱棣迁都北平存在部分弊端：
- 加重百姓负担：迁都需要大规模建设宫殿、城墙及其他配套设施，工程浩大。
为满足建设需求，朝廷从全国各地征调大量人力、物力和财力。
例如，为获取优质木材，百姓需深入深山老林采伐，运输过程也极为艰难，许多人为此付出生命。
此外，大量物资运往北京，增加了百姓的赋税和徭役负担，致使百姓生活困苦不堪。
- 南北失衡加剧：明朝时期，江南已是经济重心，商业繁荣、人口密集。
迁都北平后，政治中心北移，国家资源大量向北方倾斜，包括资金、人力等。为保障北京物资供应，明朝大力发展漕运，将江南粮食、丝绸等物资源源不断运往北京，这在一定程度上限制了江南地区的进一步发展。
而北方虽因迁都得到发展，但由于自然条件等因素限制，无法完全弥补南北差距，反而在一定程度上加剧了南北经济发展的不平衡。
- 都城安全隐患：北京地处北方，靠近蒙古等边疆势力。
尽管迁都在一定程度上加强了明朝对北方的军事防御，但北方游牧民族的侵扰始终是都城安全的重大威胁。
一旦明朝在北方的军事防御出现漏洞，游牧民族的骑兵便能迅速南下，直逼北京城下，给都城的安全和稳定带来极大的冲击。
例如，“土木堡之变”后，瓦剌军队曾兵临北京城下，给明朝带来了巨大的危机。
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