袁绍起初得知曹操去攻打淳于琼时，还自信满满地对长子袁谭说：“就算他去攻打淳于琼等人，我只要攻下他的大营，他就无处可归了！”于是，袁绍派张合、高览前去攻打曹洪。然而，张合、高览听闻淳于琼战败的消息后，深知大势已去，便阵前倒戈，向曹操投降。袁绍的军队见此情形，顿时军心大乱，全线溃败。袁绍和袁谭惊慌失措，弃军而逃，一路渡过黄河。曹操率军追击，但终究没能追上。不过，曹军缴获了袁绍大量的辎重、图书、珍宝，还俘虏了众多袁军士兵。
据《献帝起居注》记载，曹操向朝廷上奏说：“大将军邺侯袁绍，之前与冀州牧韩馥谋划拥立已故大司马刘虞，还刻制金玺，派原任长毕瑜前往刘虞处，宣扬所谓的天命符录。袁绍还曾给我写信说：‘可以把都城定在鄄城，到时候应当有所拥立。’他擅自铸造金银印玺，各地的孝廉、计吏都前往投奔他。他的堂弟济阴太守袁叙在给袁绍的信中说：‘如今天下大乱，天意显然在我们袁家，神灵已经有了征兆，应当落在您兄长身上。南方的臣下想要拥立您兄长即位，您兄长说，论年龄，北方的兄长更大，论地位，北方的兄长更重要。本打算送去玉玺，却被曹操阻断了道路。’袁绍宗族世代蒙受国家的重恩，却做出如此凶逆无道的事。我于是整军备战，与他在官渡交战。凭借着圣朝的威严，我军斩杀了袁绍大将淳于琼等八人，大败袁军。袁绍和他的儿子袁谭只能轻装逃走。此次战役，我军共斩首七万多级，缴获的辎重财物更是不计其数。”
曹操在缴获的袁绍信件中，发现了许多许都和自己军中的人暗中与袁绍勾结的信件。曹操并未追究这些人，而是将信件全部烧毁。《魏氏春秋》记载，曹操说：“当袁绍强盛之时，我自己都难以自保，更何况其他人呢！”经此一役，冀州的许多郡县纷纷举城投降曹操。
想当初，汉桓帝在位的时候，在楚、宋两国的分野之处，有一颗黄星闪耀出现。辽东有个叫殷馗（“馗”，就是古字“逵”，在《三苍》中可查）的人，此人精通天文之术。他曾预言，此后五十年，会有真命天子在梁、沛之间崛起，其锋芒无人能挡。时光悠悠流转，到如今刚好过去了五十年，曹操在官渡大破袁绍，一时间，天下再没有能与他抗衡的人，仿佛真应了当年殷馗的预言。
建安六年夏四月，曹操在黄河之畔整军扬威，向袁绍驻扎在仓亭的军队发起进攻。曹军士气高昂，攻势凌厉，一举击破袁军。袁绍吃了败仗，狼狈退回，却并未就此一蹶不振。他重新收拢那些离散的士兵，又去攻打平定那些背叛他的郡县，试图重振旗鼓。
同年九月，曹操班师回朝，回到许都。在袁绍还未被打败的时候，他曾派遣刘备去攻略汝南。汝南当地的贼寇共都等人纷纷响应刘备，一时间声势浩大。曹操派蔡扬前去攻打共都，然而战事不顺，蔡扬反被共都击败。曹操得知后，决定亲自率军南征刘备。刘备听说曹操亲自前来，心中大惊失色，不敢应战，赶忙逃往刘表处寻求庇护。共都等人见刘备已逃，顿时树倒猢狲散，各自散去。
建安七年春正月，曹操率领军队来到谯县。看着这片曾经熟悉的故土，如今却因战乱变得满目疮痍，曹操心中感慨万千，他下令道：“我兴起义兵，本意是为天下百姓铲除暴乱。可如今，故乡的百姓大多在战乱中死去，我在城中整日行走，却几乎遇不到一个相识之人，心中满是凄凉悲怆。自起义兵以来，那些为国家奋战而断绝后嗣的将士们，我要寻找他们的亲戚，让这些亲戚作为他们的后嗣，赐予他们土地和耕田的牛，还要为他们安排学师进行教导。为那些还在世的将士建立宗庙，让他们能够祭祀自己的先人。若是逝者的灵魂有知，我百年之后也就没有什么遗憾了！”之后，曹操率军来到浚仪，组织人手治理睢阳渠，以保障当地的水利和民生。他还特意派遣使者，用太牢之礼祭祀桥玄。（《褒赏令》中记载了曹操的祭祀文章：“已故的太尉桥公，品德高尚，广施仁爱，胸怀宽广，能包容万物。国家铭记他的英明训诫，士人思念他的良策。如今，他的灵魂已归于幽冥，身体也已化为尘土，令人追思却又遥不可及！我在年幼之时，有幸得以登门拜访，得以与他相识。以我顽劣粗鄙的资质，却能得到桥公这样的大君子接纳。我能增添荣耀、开阔眼界，全都是因为他的鼓励和帮助。就如同孔子称赞自己不如颜渊，李生深切赞叹贾复一样，我对桥公满怀感激。士为知己者死，这份恩情我永远不会忘怀。桥公还曾与我从容交谈，并立下约定：‘我去世之后，你若路过我的墓地，要是不用斗酒只鸡来祭拜我，等你的车过去三步之后，我要是让你肚子疼可别见怪！’虽然这只是当时玩笑般的话语，但若不是关系至亲至厚，又怎会说出这样的话呢？我并非害怕桥公的灵魂会发怒让我生病，只是怀念往昔的情谊，每每想起，心中就满是凄怆。如今我奉命东征，军队驻扎在故乡附近，向北遥望桥公的墓地，心中满是思念。我备下这微薄的祭品，希望桥公能够享用！”）祭祀完毕，曹操又率军进驻官渡，时刻准备应对新的战事。
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