三年时光匆匆流逝，原本宁静的“绿之家”被怪物全面入侵，居民们被迫背井离乡，踏入充满未知危险的外界。林晚晴望着怀中漆黑如怪物的小女孩，满心都是纠结与痛苦，她曾动过杀念，可终究狠不下心。而沈星河竟奇迹般还活着，这些年他将小女孩悉心抚养长大。林晚晴只能远远守望，内心满是疑惑，为何小女孩出生就似怪物，她怀疑是自己的欲望作祟 。当那群神秘人现身，激活了小女孩体内的怪物力量，从那以后，林晚晴便给小女孩戴上手套，生怕她被坏人利用。
苏念安被救起，惊讶地发现救自己的人是沈星河，才明白之前误以为是苏念晨救自己是个误会。沈星河神情冷漠地转身离开，小女孩无法相信沈星河的态度，她满心厌恶人类，觉得人类就像自己的妈妈一样，总是伤害自己。沈星河得知她们的房子起火，心头涌起不祥预感，急忙朝着船上狂奔而去。小女孩能敏锐感应到林晚晴对自己的不喜，这让她对人类更加难以产生好感。
林晚晴回到船上，却因火势太过凶猛而晕倒。曾经那只小小的怪物出现，一心想要救她，却因体力不支也受了伤。沈星河赶到时，看到她们晕倒在地，赶忙将她们救下。林晚晴醒来后满心自责，她觉得自己想要杀死小女孩的念头被察觉了，实在无法接受自己的孩子是怪物这一事实。
沈星河将昏迷的林晚晴安置在临时搭建的避难所，小女孩蜷缩在角落，漆黑的指尖无意识地抠着地面，留下道道焦痕。突然，避难所外传来金属摩擦的刺耳声响，沈星河警惕地抄起自制长矛，却见一个身披残破机甲的身影缓缓走来——是失踪已久的陆野。
“小心！他身上有神秘人的能量波动！”苏念安突然从暗处冲出，手中的激光切割器直指陆野。陆野摘下头盔，露出半边机械义体，眼中闪烁着诡异的蓝光：“我是来帮你们的。”他扔出一枚数据芯片，里面是神秘人基地的全息地图，“小女孩的怪物形态，是他们用远古基因库改造的实验品。”
林晚晴挣扎着起身，抓住芯片的手微微颤抖：“你怎么知道这些？”陆野沉默片刻，机械义眼投射出一段记忆画面：实验室里，神秘人首领正对着巨大的培养舱狞笑，舱内漂浮的胚胎赫然与小女孩有着相同的黑色纹路。
就在这时，地面突然剧烈震动，无数藤蔓破土而出缠住避难所。小女孩惊恐地尖叫，身上的怪物纹路开始疯狂蔓延。沈星河将她护在身后，却发现藤蔓在接触到小女孩的瞬间，竟转化成散发着恶臭的黑色液体。陆野神色凝重：“是神秘人的追踪孢子，他们知道我们的位置了。”
苏念安迅速启动随身携带的干扰器，可孢子群却像有了智慧般，避开干扰区域继续逼近。林晚晴突然抓住小女孩的手：“试试用你的力量！就像那次保护我一样！”小女孩眼中闪过一丝犹豫，随即周身爆发出耀眼的金光，所有孢子在光芒中化为灰烬。
远处传来神秘人的冷笑，无数飞行器遮蔽了天空。陆野展开机甲的防护罩：“往西南方向跑，那里有个废弃的地下城。”沈星河背起林晚晴，苏念安垫后，一行人在怪物与炮火中拼命奔逃。而小女孩回头望向天空，金色瞳孔中倒映着神秘人的标志，记忆深处似乎有什么正在苏醒……
救援行动与意外冲突，陈勇毅决心去救林宇轩，周明远派许博士与他一同前往，吴嘉城也主动请缨加入。神父组织告解会，林诗瑶在会上尽情发泄心中的不满与压抑，她对神父的故事充满好奇，可神父却沉默不语，没什么可说的。赵队长察觉到事情不对劲，便找林诗瑶帮忙。
陈勇毅一行人出发前往栗岛营救林宇轩，途中许博士去上厕所时惊动了怪物，双方瞬间展开激烈打斗，谁也没注意到许博士偷偷拿走了怪物的东西。与此同时，苏小棠误给宋子谦吃了毒蘑菇，导致他中毒，差点丢了半条命。
张叔一直喜欢林诗瑶，却遭到拒绝。一次偶然，张叔听到奇怪的声音，周明远等人随后发现体育馆内藏着怪物。周明远神色凝重，警告大家不要轻易相信任何人，甚至亲手割伤手臂，让大家时刻保持警惕，千万别被怪物吞噬。赵队长对此提出质疑，可关键时刻突然停电了，大家都没看到，周明远割伤的手臂竟自动愈合了。
栗岛的密林中，陈勇毅一行人与怪物的打斗声惊起无数飞鸟。吴嘉城举着自制火把挡在前方，火光映照出许博士藏在背包里的神秘物体——那是一枚散发着幽绿色光芒的晶体，表面纹路如同活物般蠕动。“快跟上！”陈勇毅斩断缠来的藤蔓，却没发现许博士悄悄将晶体揣进怀中，眼中闪过一丝阴鸷。
另一边，基地内气氛愈发诡异。林诗瑶在停电瞬间摸到了周明远愈合的手臂，冰凉的触感让她毛骨悚然。恢复供电后，她将此事告知赵队长，两人决定暗中监视周明远。而张叔仍不死心地跟在林诗瑶身后，无意中听到周明远在废弃储物间与神秘人通话：“实验体即将苏醒，该执行B计划了......”
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