但是波风水门却没有这么做，而是选择和妻子一块将九尾封印。主要有几个方面的原因。第一个原因是因为当时的木叶众人已经受到了九尾的侵袭，如果波风水门将尾兽玉引导向九尾，势必导致更大的毁灭。就算能够干掉九尾，木叶也因此毁了。然后，第二个原因就是动漫中讲的，带土入侵木叶，波风水门和带土一战，看到了带土身上的神奇能力。
因此波风水门已经预测到带土会再一次入侵木叶，当带土再一次入侵木叶的时候，如果木叶没有相应的抵挡措施，将会直接毁灭，无论偷袭还是运用武力，水门觉得带土应该都有这个能力。况且当时的第三次忍界大战刚刚结束，波风水门时刻感受到忍界的不安。为了保障忍界的安全，他选择将九尾封印入自己儿子体内，而不是干掉九尾
不过鸣人依旧是那个鸣人，不管佐助变成什么样，都要把他追回来。一个心如玄铁，一个天真烂漫，结果可想而知，鸣人等人面临了巨大危机。“该结束了！”说完，佐助做了一个麒麟的动作。
这时大蛇丸突然出现在他面前，抓住了他的手。
大蛇丸：“别用那个术，佐助。”
兜：“让木叶的这帮家伙活着，可以帮忙对付晓。”
佐助：“真是个可笑的理由啊。”
不过佐助也没有多说什么，与他们一起离开了。而大蛇丸有着更重要的事要准备，那就是，夺取佐助的身体。
从十年前初次见识鼬的写轮眼，到三年前差点得到佐助的身体，大蛇丸等这一天已经很久了，宇智波的力量与大蛇丸的科技相结合，谁也不知道会产生多大的能量。
可惜事情并未如他所愿，此时的佐助已经不愿献出自己的身体了，“你已经没有什么可以教我的了，大蛇丸。你现在比我还要弱，所以我也没必要把身体给你了！”佐助认为，自己已经有了足够的力量，不需要依赖大蛇丸了，于是先发制人，突袭了大蛇丸的卧室。
的确，此时的大蛇丸油尽灯枯，佐助如日中天，不过老谋深算的大蛇丸又怎会料不到佐助的背叛？他直接化身为白磷大蛇，想要强行进行转生。虽然佐助轻易击碎了白磷大蛇，但蛇的毒液挥发到空气中，被佐助吸入，大蛇丸趁机将他吞噬。可是在转生仪式的最后阶段，大蛇丸体内的异空间里，佐助在即将被吞噬时，凭借bug一样的写轮眼，不讲道理的反噬了大蛇丸。
大蛇丸难以置信的说着：“这不可能！”明明一切都在自己的计划内，结果却如此反转，在绝对的外挂面前，机关算尽仍旧无能为力。或许这里本该是大蛇丸的终点，习惯了背叛，最终却被人背叛；杀了自己的老师，最终也被徒弟杀死；为了科学，不顾一切，最终把自己送上绝路。
过岸本老师却没有让他退场，他的灵魂寄宿在留下的天之咒印中，分别是自己的两个徒弟佐助和红豆。佐助在之后与鼬的决战中，耗尽了全部查克拉，虚弱至极，被吞噬的大蛇丸趁机挣脱出来，直接使出了八岐之术。这应该是大蛇丸正面战斗力最强的一招了，可惜刚一登场，就遇上了须佐能乎。
不过即便如此，大蛇丸依然很自信，扬言要就此侵占佐助的身体，听到这话，鼬怒了，一剑刺向大蛇丸。大蛇丸冷笑着：“这种程度的攻击就想干掉我吗？”不料话音未落，自己与整只八岐大蛇都被吸了进去，这是神器封印剑，十拳剑。鼬的须佐正是大蛇丸的克星。
尽管被封印前，大蛇丸还弄出了一个小蛇分身，但没溜多远，就被天照的余烬烧死，大蛇丸的此次复活没坚持过半集。
之后过了很久很久，200多集后，大蛇丸终于再度复活。这段时间里，药师兜继承了他的一切，不但掌握了他毕生的研究成果，成为了第三个秽土转生的使用者，甚至还吸收了大蛇丸的遗体，进入仙地龙地洞，获得了连大蛇丸都没有开启的白蛇仙人模式。并且搜集到了包括宇智波斑在内众多顶级强者的遗体，制造了一支秽土转生大军，后与晓组织的幕后老大带土做交易，发动了第四次忍界大战。兜所做的这一切，恐怕换做大蛇丸本人也不过如此。
不过兜最终还是失败了，他用秽土转生复活了鼬，但鼬却通过别天神摆脱了控制，用伊邪那美将他击败，五万秽土转生大军顷刻间灰飞烟灭，鼬自己也因秽土转生解除而升天。
鼬离开后，佐助陷入了迷茫，究竟何为家族、何为村子、何为忍者？为什么鼬为了村子，不惜牺牲家族、牺牲自己？他想要弄清这些问题，来决定之后是摧毁木叶，替鼬报仇，还是继承鼬的意志，保护村子。而他想到的途径是直接问木叶村的创始人，初代火影千手柱间。
可是柱间不但已故，而且灵魂被尸鬼封尽封印，有能力解开封印，并使用秽土转生的人，佐助的认知里只有一个，那就是大蛇丸。作为亲身经历，佐助知道大蛇丸的灵魂寄宿在咒印里。恰好另一个天之咒印拥有者，红豆，就躺在这里，而融合了大蛇丸肉身的兜也在此地，条件都已具备。他从兜身上取得了大蛇丸的肉体，解开了红豆的咒印，让大蛇丸的灵魂与肉身结合，一举将其复活。
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