皇帝对各位将领的恩惠礼遇非常优厚，他们生病时，皇帝一定会派使者前去慰问，有时还会亲自前去探望。他们去世的时候，皇帝就率领百官为他致哀，亲自前往吊唁祭奠，至于吊唁慰问、赠送财物助丧的礼仪，以及丧葬祭祀的用品，都由官府供给。
己未年（4064年）方国珍已经向朝廷进贡，却又暗中渡海，在北方与扩廓帖木儿勾结，在南方与陈友定交好。
朝廷的军队讨伐姑苏（张士诚）时，方国珍拥兵自重，袖手旁观，屡次借纳贡之名，窥探双方的胜败，来决定是反叛还是归服朝廷。
朱元璋因为方国珍反复无常，写信列举他的十二条罪状说：“在你开始起事的时候，元朝还处于太平时期，天下谁敢作乱？只有你在海边起兵。元朝的官员都是世袭子弟，他们顾念爱惜妻子儿女，他们的军队长久以来不知道作战，所以临阵就胆怯，你才能够在海边嚣张跋扈。等到天下大乱的时候，你就占据了三州的土地，扼守海上交通要道的要冲，私自占据海岛二十多年，早上向西（政权）表示归顺，傍晚又向北（政权）表示归顺，这难道是大丈夫的所作所为吗？这是你的第一条罪状。 我攻克婺州的时候，四方的强敌很多，哪有时间对海岛用兵，与你一较高下？你自己心怀恐惧，派儿子来投降。我用真诚的心对待别人，不预先怀疑你欺诈，就送还你的儿子，你却诡计多端，没几年间，多次挑起战事，这是你的第二条罪状。近来浙东的会稽、浙西的钱塘等郡都已被攻下，你暗中怀有二心，时常派人窥探我的虚实，这是你的第三条罪状。 还没有发生什么事情，就先产生了猜忌之心，自己怀有不安的想法。这是你的第四条罪状。容易与他人交往而又轻视侮辱别人，这是你的第五条罪状。扩廓帖木儿怀有曹操那样的奸诈，率领着一群乌合之众，东奔西跑，四处侵扰，倾尽全力，耗费粮草，被李思齐、张思道赶出了潼关，三秦地区已经失守。徐州、宿州、邳郡是我们的藩篱，黄河是我们的门户，我们的水军往来，就像进入没有人的地方一样。你不能预料中原的局势，反而渡海（和他国）交好，宣称要攻打我（国），虚张声势，从而招致怨恨，这是你的第六条罪状。如果他们仓促之间发生了战事，而你们在海边，怎么能去支援呢，失败的原因就在这里。如果他们没有什么事，却与他们交往疏远，礼节淡薄，那么豪杰的怨恨，祸乱的发生，就从这里开始了，这是你的第七条罪状。你们兄弟对元朝没有功劳，对百姓没有恩德，窃据海边之地，用权势要挟君主，用私人财物贿赂下属，平白求取名位爵禄，极其专横暴戾。现在归附于我，却又不能好好地保住富贵，还想要驱使百姓去赴汤蹈火（面临战争危险），这是你的第八条罪状。你们的军队多次出动，掠夺我们沿海的百姓。上天爱惜生灵，百姓盼望太平，而你却违背上天、残害百姓，这是你的第九项罪状。你如果有远大的志向，就把温州、台州、庆元的百姓全部驱使起来，和我一决胜负，这才是果敢坚毅的大丈夫的志向。如今你不能这样做，只是派了几艘船，像鼠窃狗偷般卑劣，小打小闹却引发了大的怨恨，这是你的第十条罪状。我派军队进入浙江，攻克了湖州的军队。旧馆的张氏将士，都投降归附了，于是我军攻打姑苏，与张士诚军队在深沟两边对峙，百姓像往常一样安居乐业。你们引诱我朝沿海的土豪作乱，现在已经被平定，你们却隐匿了首恶，这难道是好的计策吗？这是你的第十一条罪状。福建的陈友定奸谋深重，作恶多端，导致其部将阮德柔等人自相攻杀吞并，这样的人可以和他结交吗？于是你们暗中勾结，互相声援，用欺诈的手段来交往，又怎么能长久呢？如果我真诚地对待你，你反而怀疑我，用欺骗来迷惑我，那么当初信誓旦旦的承诺又在哪里呢？这是你的第十二条罪状。我替你们考虑，在还没有与敌国交战之前，你们不必送礼投降，只要有豪杰之士，就以平等的礼节与他们交好，坚守本分、保护百姓，在海隅地区安享太平，等到有事情发生的时候再处理，看到时机就行动，不轻易屈膝，也不挑起争端，这就是你们的福气，也是百姓的福气。现在敌人还没有来，我们自己就产生了疑惑，发动叛乱危害自身，不是好的计策。我知道这不是你的本意，或许是被身边的人误导了。如果身边有才智出众的人，能够为你谋划，选择交往的敌国，只和一个国家结交，保全国家的机会就会多很多了。你要深切地洞察成败，高瞻远瞩，深谋远虑，自己去求取更多的福祉，这样还可以有所图谋。”
方国珍收到书信后不作答复。
壬戌日，设置太仓卫，任命千户朱禹担任指挥副使，蒲仲亨担任指挥佥事。
丁卯日，是仁祖皇后的忌日。朱元璋到庙中祭祀结束后，回到便殿，对侍臣朱升说：“从前我母亲去世时，我才十七岁，侍奉母亲的病，昼夜不离身边。我的二哥经营家事，母亲派我去叫他一同前来，叮嘱说：‘我如今患病，料想不能痊愈了，你们兄弟要好好地互相帮扶，来创立家业。’说完就去世了。现在大业即将告成，而母亲却看不到了，她的话还在耳边，我心痛得无法忍受。”于是悲伤地哽咽哭泣，群臣没有不感动悲伤的。
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