果阿，葡萄牙印度殖民帝国的总督府所在地，被誉为“东方罗马”，是葡萄牙在亚洲财富与权力的象征。这里教堂林立，宫殿奢华，商业繁荣，同时也是天主教在东方传播的重要基地。当“威远舰队”抵达果阿外海时，所引起的震动远比科伦坡更为剧烈和深远。
葡萄牙印度总督路易斯·德·梅内塞斯，一位经验丰富、老谋深算的贵族，早已接到了从马尼拉、马六甲、科伦坡乃至欧洲本土雪片般飞来的警报和报告。他对这支东方舰队的到来，有着比科伦坡总督更复杂的心态：既有深深的忌惮，又不愿在属地和各国使节（果阿常有其他欧洲国家商人）面前失去葡萄牙的威严；既想试探对方的真实意图和底线，又害怕引发不可控的冲突。
因此，梅内塞斯总督采取了比科伦坡更正式、也更谨慎的接待方式。他派出规格较高的迎接船队，鸣放礼炮（符合接待外国使节的惯例），并邀请舰队提督郑成功及主要使节上岸，在总督府举行正式会谈。但同时，果阿港的防御全面加强，所有炮台进入警戒状态，港内战舰也做好应急准备——尽管这些准备在“镇海级”巨舰面前显得如此苍白。
郑强接受了邀请，但同样只带领部分舰只和精锐护卫进入港内锚地，主力舰队依旧在外海虎视眈眈。那几艘拖拽的“战利品”破船，自然也跟随着，如同无法忽视的伤疤，悬挂在果阿港的门面上。
会谈在紧张而客套的气氛中进行。双方交换了国书和礼物。梅内塞斯总督表达了葡萄牙王国对与东方帝国建立友好关系的“诚挚愿望”，并再次对“海盗”袭击事件表示“遗憾”。郑强则重申了帝国和平通商、友好访问的宗旨，并“不经意”地提及，帝国对于维护海上贸易航线安全、打击一切形式的海盗和非法劫掠行为有着坚定的决心和能力，无论这些破坏者来自何方、受谁指使。
话题不可避免地转向贸易和传教。葡萄牙人最关心的是他们在澳门的地位、以及在华贸易特权是否会因这个新兴帝国的崛起而受到冲击。郑强则给出了原则性回答：帝国欢迎所有遵守帝国法律、进行公平贸易的商人，过去的特许（如葡萄牙在澳门的居留权）可在新的框架下重新审议；对于天主教传播，帝国持开放但管理态度，前提是传教士必须尊重帝国法律与文化，不得干预内政，并接受管理。
这些回答让葡萄牙人既看到了一些希望，又感到了更大的不确定性——过去那种凭借几艘炮舰就能获得特权的时代，似乎一去不复返了。
会谈后，梅内塞斯总督私下召集了心腹和主要商人商议。
“诸位，你们都看到了。这支舰队，还有他们身后的那些……证据。”总督面色凝重，“他们的实力远超我们之前的任何想象。科伦坡那边的消息，他们在浓雾中，只用了一小部分力量，就粉碎了那支由……各方‘志愿者’组成的舰队。”他刻意模糊了“志愿者”的来源，但在场所有人都心知肚明。
“总督阁下，难道我们就任凭这些异教徒……这些黄种人在我们的海域耀武扬威吗？”一位激进的年轻军官不满道。
“耀武扬威？”一位老成的商人苦笑，“你觉得我们港内所有的船加起来，能挡住他们三艘巨舰的一次齐射吗？里斯本就算想派援军，也是几个月后的事情，而且……本土现在有更头疼的麻烦（指与荷兰、英国的竞争及国内问题）。和他们硬碰硬，是最愚蠢的选择。”
“可是，他们的要求……”
“他们的要求目前看来并不过分，甚至比我们预想的要克制。”梅内塞斯总督缓缓道，“他们没有提出割地，没有要求巨额赔款（针对海盗袭击），只是要求公平贸易和安全通行。这反而更可怕……说明他们自信有足够的力量，在‘公平’的规则下也能获得他们想要的东西。”
他扫视众人：“我认为，我们现在应该做的，不是对抗，而是适应和观察。尽可能地与他们建立良好关系，获取更多关于他们国家和这支舰队的情报。同时，必须严厉约束我们的人，绝对不能再参与任何针对他们的愚蠢行动！那支‘海盗舰队’的下场，就是榜样！”
“那其他方面呢？荷兰人、英国人……他们可能会认我我们软弱。”
“软弱？”梅内塞斯冷笑，“在绝对的力量面前，审时度势是智慧。荷兰人和英国人也不傻，他们现在恐怕比我们更紧张。我们要做的，是在这场新的格局变动中，为葡萄牙找到最有利的位置，而不是充当别人的炮灰或试探石。”
总督的定调，决定了葡萄牙在果阿对“威远舰队”的态度：保持最高规格的礼貌与尊重，尽可能满足其合理的补给和贸易要求，避免任何摩擦，同时加紧收集情报，并将所见所闻以最紧急的方式送回里斯本。
在果阿停留期间，“威远舰队”的成员被允许在限定区域活动，引发了当地居民（包括葡萄牙人、欧亚混血、印度人）巨大的好奇。华夏水兵的纪律、华夏商品的精美、乃至随船学者展现出的学识（在天文、数学、地理方面与耶稣会传教士进行了有限度的交流），都改变了许多人对“东方”的刻板印象。
而当那几艘被俘的破船（尤其是那艘欧式双桅船的残骸）被有意无意地展示在港口显眼处时，所有明眼人都明白其中蕴含的警告。一些参与过“海盗”计划或与之有牵连的冒险者，开始悄悄逃离果阿，生怕被清算。
十天后，“威远舰队”再次起航，离开果阿，继续向北，前往英国东印度公司在印度西海岸的重要据点——苏拉特。葡萄牙人怀着复杂的心情送走了这支舰队，既松了口气，又对未来充满了忧虑。他们知道，随着这支舰队的西行，整个印度洋乃至欧洲的殖民秩序，都将迎来一场前所未有的冲击波。而果阿的抉择——暂时的隐忍与观察，或许只是这场大变局中，各方势力重新定位的开始。
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