接下来一年内，祁同伟和居间惠感情飞速提升他们不再仅仅是并肩作战的同事，工作中的默契逐渐延伸到生活的细微之处。
一九九八年，在泽京聪一郎、高育良等人的见证下，祁同伟和居间惠步入婚姻的殿堂。
一九九九年，泽井聪一郎提出自己的观念。他认为人类应该进入新时代，为了人类未来考虑，各国应该放下武器，使用和平的手段解决纷争。他开始访问各国的高层，去诉说自己的观点。各国高层反应冷淡，嘲讽他幼稚，理想主义。还有的人笑他是现代社会的堂吉诃德。
泽井聪一郎并未因此气馁，反而更加频繁地穿梭于各大国际会议，用他那略带沙哑却充满力量的声音，一遍遍阐述着“新时代和平理念”的必要性。
二零零年，虽然各国高层都认为泽井聪一郎的理念过于理想，但是很多科学家却赞同他的观念。他们认为为了应对气候异变，地外势力入侵等问题，全世界人类需要超越国界进行合作。
接着：联合国通过决议，各国废止、销毁核武器，并将武器统一归于联合国管理，暂时建立起地球防卫军UNDF。
然而，地球防卫军的建立并未完全消除各国之间的猜忌与博弈。一些军事强国表面上遵守决议，暗地里却保留了部分核心军事技术，甚至秘密开展新型武器的研发。与此同时，祁同伟和居间惠的生活也步入了新的阶段。婚后的他们，在各自的岗位上继续为守护地球而努力。祁同伟凭借其出色的指挥才能和英勇无畏的作风，在地球防卫军中崭露头角，成为备受信赖的中坚力量。
二零零一年，UNDF日本代表吉冈哲司想在外敌入侵时保护日本，开始建立海上基地。各国强烈反对这种增强军备的做法，但是依然得到了执行。
世界出现了更大的自然灾害，各国间合作加强。在泽井聪一郎的指挥下，各国UNDF进行调查。一九九一年华夏捕获地外生命，一九九七年击败钢铁龙古瓦木的事情被披露。
为了应对宇宙时代的到来，两种新航法开始研发。一种是八尾明番带头研发的麦格斯动力。另一种就是基于之前三浦克人死亡的理论上能加速到光速的零式航法。
二零零二年，泽井聪一郎提出将联合国转变为世界和平联合组织。因为越来越多的自然灾害和外星生命来袭，各国危机增加，很多国家都同意了这个计划。
以联合国科学委员会为中心，世界和平联合组织TPC正在筹备成立中。吉冈哲司担任地球防卫军UNDF提督。
与原着不同的是，现在组成TPC的人员中有半数是神秀安排的。比如八尾博士，被神秀带回去之后建立了研究小组，小组成员就是高育良的女儿高芳芳以及她的丈夫。还有暗中支持的正木敬吾。
还有祁同伟手上掌握着一支专门由拥有超古代基因的人组成的战队，这个战队战绩彪炳，解决了多起地外势力引发的事件。在神秀的推动下，祁同伟担任了UNDF的副提督。
二零零三年，各国首脑在克里莫斯诸岛展开会议，通过建立地球和平联合组织，和解散地球防卫军UNDF两项议题。地球和平联合设立之际，泽井提出组建一支以应对今后的超自然现象为主要专精的专家团队的提案，这个提案被通过。
泽井把这个专家团队的前身G机关，委托给了地球外生命体交涉计划班的负责人居间惠。同时，以调查、研究、大规模灾害时的救援活动的利用为前提，一些多功能专用载人机械开始被开发。
居间惠宣称，她开始从UNDF队员、UNDF养成所的生徒、精通语言学、物理学等方面的跨界科学家、计算机专家等多个方面的人才中选拔G机关队员。由于情怀的原因，神秀并没插手第一批队员的选拔。
零式航法进入实用化试验阶段，与G机关将要使用的飞机
二零零四年，地球和平联合的建设计划公开发表。“地球应该是一个更为美丽和平的星球”这是宣布建立地球和平联合组织TPC的标语。在月面，人类第一个宇宙基地卡罗基地建成。
二零零五年，地球防卫军UNDF解散，世界联合和平组织TPC正式成立，取代联合国。泽井聪一郎任初代总监，宇智波神秀任副总监。下设四位总监，分别是：南原正行，主要负责政治、外交方面。吉冈哲司，掌握TPC武力，兼任警务局局长。高育良，负责牵头修订法律，以及内部监督。赵知行，赵蒙生的儿子，高芳芳的丈夫，是一位有名的科学家。
原地球防卫军提督吉冈哲司成为警务局局长，祁同伟成为警务局副局长。但是在神秀的打压下，吉冈哲司的势力主要是在小樱花，而祁同伟掌握的势力遍布整个亚洲。
零式航法二号机，亚光速飞机等离子百世完成。开发本部转移到月球卡罗基地，实验准备正式开始。零式航法实验中，试验机等离子百式飞行方法不明。测试机飞行员飞鸟一马在一道光中消失，留下了消失在光中的飞行员的传说。
零式航法被禁止，八尾博士团队研发的航法成为唯一使用的航法。而神秀知道，飞鸟一马被奇迹之光选中，成为了戴拿奥特曼。此时得飞鸟一马还是处于未觉醒状态下的光之生命体，神秀本打算直觉给吞噬了，但是仿佛被一道意志锁定，并不能吞噬。
二零零六年，G机关内部，新部队入队的最终测验开始实施。经过一番选拔，暂时选出来的几人是宗方诚一、新城哲夫、堀井政巳、七濑丽娜、野瑞八隅。
这些年间神秀偶尔有去找过大古，也有稍微指点他。但是由于大古学的是建筑，所以第一批并没有选上，而是在运输队当司机。在一次调查外星生命体的现场，发生不明飞行物绑架泽井总监的事件。
在这次事件中，大古勇敢的救下了泽井总监，阻止了外星人的计划。就出泽井总监额大古被G机关接收，他在半年时间里，以超人般的学习完各种操作技术。
G机关正式建立，正式名称GUTS（全球无限制任务小队，胜利队）。居间惠担任胜利队队长，宗方诚一担任副队长。
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