泉州船厂的火灾余烬尚未冷透，一场无声的追索与海上新一轮的紧张对峙，几乎同时展开。
京城，暗影首领“癸”接到太子赵宸的密令后，亲自挑选了数名精于追踪、审讯、伪装的好手，星夜南下，直扑泉州。他们的任务明确：揪出船厂内鬼，理清纵火盗窃背后的网络，并尽可能追回失窃物品。
泉州知府衙门与驻军配合，明面上大张旗鼓地盘查港口、搜查可疑人物，制造紧张气氛，实则为暗影的行动打掩护。“癸”的人则如同融入水中的墨滴，悄无声息地渗透进船厂工匠、附近渔民、码头苦力、乃至城内三教九流之中。
线索很快浮现。首先是那特殊的油渍，经老船工辨认，确认与红毛夷船上所用的一种“猛火油”极为相似，此油并非中土所产，走私进来极难，量也不会大。能弄到并使用它的人，绝非普通蟊贼。
其次，对失窃当夜所有值守人员及近期出入船厂人员的暗中排查中，一个负责夜间看守料场外围的辅兵进入了视线。此人名叫周二狗，本地人，平时老实巴交，但火灾前几日，有人曾见他下值后与一个面生的货郎在码头小酒馆角落低声交谈。而火灾后，周二狗便“恰好”染了风寒，告假回家休养。
暗影没有打草惊蛇，而是暗中盯住了周二狗的家。果然，发现其“病中”竟有闲钱沽酒买肉，其妻还新添了一副银镯子。更关键的是，盯梢的人发现，有个自称是“药材商人”的外乡人，曾深夜摸到周二狗家后门，短暂停留。
“药材商人”的落脚点很快被找到，是港口一家生意清淡的小客栈。暗影在其房间隐秘处，搜出了少量未用完的“猛火油”，以及几张描绘简陋的、关于船厂内部布局和守卫换班时间的草图。人赃并获，“药材商人”和周二狗被同时秘密逮捕，分开连夜突审。
起初二人还企图狡辩，但在老练的暗影审讯手段和确凿证据面前，防线很快崩溃。周二狗供认，是那“药材商人”许以重金（五十两银子，对他而言是巨款），让他那晚在料场特定位置泼洒油料并引火，制造混乱，并趁乱从工棚取走指定的几样东西（工具模具和火药样品）。他并不知道对方具体身份，只以为是想要窃取船厂技术的商业对手。
“药材商人”的嘴更硬些，但在暗影展示出其与某个已被监控的、与红毛夷有走私往来的海商之间的秘密联络证据后，终于吐露实情：他是受命于一个被称为“八爪鱼”的中间人，此人专门为夷人搜集情报、招募内应。此次行动的目标，就是阻挠新船建造，并获取明军火器研发的最新进展。失窃的物品，已通过秘密渠道送往海上，交接给了夷人的接应小船。
“八爪鱼”是谁？藏身何处？“药材商人”也不知道，他们一直是单线联系，在指定地点留下暗号等待指示。
线索似乎又断了。但“癸”并不气馁，他下令沿海暗桩全力搜寻“八爪鱼”的踪迹，同时加强对所有可能与夷人勾连的海商、走私团伙的监控。他相信，只要对方再有动作，就一定能抓住尾巴。
就在陆上暗战进行的同时，海上的对峙也进入了新的阶段。红毛夷在厦门受挫后，并未远离，反而如同盘旋的秃鹫，在远海游弋，不时派出快船袭扰航路，试探明军各港口的防御虚实。冯闯根据朝廷“剿抚并用”的方略，在确保主要港口安全的前提下，更加积极地派出轻型舰队，在外海与夷人玩起了“猫捉老鼠”的游戏。
他不再追求击沉敌舰，而是专注于骚扰、疲惫对方。利用对水文和季风的熟悉，他的快船队神出鬼没，专门袭击夷人的补给船、落单的侦查船，或用火箭骚扰其舰队外围。一旦夷人主力来追，便立刻借助近岸浅滩或复杂水道遁走。
这种战术让红毛夷不胜其烦。他们的战舰高大沉重，在近岸机动性不如明军轻快船只，追又追不上，守又被动挨打。补给线受到威胁，长期海上漂泊的士气也开始出现问题。
冯闯甚至尝试了一次更大胆的行动。他挑选了一批水性极好、悍勇无比的死士，乘着月黑风高之夜，驾驶特制的小舢板，悄悄靠近一艘停泊在相对偏僻海湾休整的夷人大船，用特制的钩索和吸盘攀上船舷，突然发动袭击！虽然未能夺取或击沉该船，但成功纵火焚烧了部分船帆和舱室，造成夷人相当伤亡和恐慌，并在对方援军赶到前迅速撤离。
这次成功的特种袭击，极大鼓舞了水师士气，也让红毛夷意识到，明军并非只会被动防守。他们开始更加谨慎，舰队不敢过于靠近海岸，夜间警戒也加强了许多。
海上僵持的格局，因为明军灵活主动的战术，而悄然发生着微妙的变化。夷人速战速决、摧毁明军水师主力的企图，似乎越来越难以实现。而时间，正在一点点滑向对加速技术研发的明廷有利的一方。
泉州船厂的工匠们，在经历了最初的恐慌和加强戒备后，也重新投入到紧张的工作中。被烧毁的木料迅速补充，新的、更严格的保密和巡检制度开始执行。第一艘“破浪级”战船的骨架，在无数警惕的目光和辛勤的汗水中，继续顽强地生长。
陆上与海上，暗处与明处，两场不同形式的较量，都在为那个即将到来的、决定性的时刻，积蓄着力量，也铺垫着伏笔。
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