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黑流派忍术的修炼，主要分为身体和精神两部分。
身体部分的修炼，除了基本的耐力训练、灵活训练、平衡训练、力量训练、体质训练这五种修炼方式，以及配合念力使用的忍术的体术修行外，还有更为特殊的特殊技巧训练，包括潜水，搏斗，暗器，剑道，化装术，药物术，施毒术，解毒术，隐匿术等等。
其中化妆术和隐匿术是忍者的特长，也是每一个忍者都必须掌握的两门技术。
化装术能制造人皮假脸，改换外貌性别，甚至高矮胖瘦美丑等的变幻也都不在话下，可以说一名足够优秀的忍者，就是一个变幻莫测的易容大师，当得上“千面人”的称号，像是霹雳剧中的服部中将，已经超越了忍术意义上的“化装术”的层次，达到了“变假为真”的惊人造诣。
而隐匿术则是能最大限度的令忍者与四周环境有机融合，哪怕不动用高深的念法和武道修为，也往往能极为巧妙的躲开敌人的追踪，避免被人察觉，一般的武者即便从他们身边路过，往往也压根就发现不了他们的存在。
至于精神上的修炼，那就是明显出自佛门东密的修行方法。
原本的忍者是为军事行动服务而诞生的军种，类似于后世强化版的侦查特种兵，他们所执行的大多是一去不回的高风险任务，可以说每一次战斗都是生死攸关的恶斗，既然是以性命相博的死斗，培养出来的忍者以及忍者本身当然希望能发挥自己全部的实力和潜力为生存而战，这时就需要一种能够激励自己的精神依托和让身体充分展现机能的催化剂，而东密的教义和修行方法正好满足了这种需求，因此东密的修行法门受到了所有忍者的推崇和修习，并在之后完整融入忍道当中，发展出各种流派的忍术。
密宗认为人的身体有许多奥秘和潜能，只要通过密宗法门的不懈努力就能使修行者发挥全部潜力，让身体与宇宙沟通达到天人和一的境界。另外，东密对于人体念力的开发，向来有着自己独特的传承，在密教界一直以显着快捷着称，忍者通过东密秘法的修习，锤炼自己的意志，精神变得无比纯粹和坚韧，体内的潜能将得到最大限度的开发，可以完全除去心灵的迷惑和恐惧，全神贯注的投入战斗。
因此，无论是哪种流派的忍术，都尤其强调精神上的修炼，并将其整个的训练体系，建立在超乎想象的精神修炼核心之上，如此训练出来的忍者，才能拥有在独自一人在敌人的巢穴中完成任务，要克服对死亡、孤独、黑暗乃至于饥饿、寒冷、伤病等诸多困难的精神依仗和身体催化剂，从而迸发出强大的精神和身体力量，换而言之，忍术之所以无坚不摧，变幻莫测的真正原因就在这精神训练之上。
黑流派忍术作为东瀛忍术流派中唯一能和忍者发源地的伊贺派相抗衡的大型忍宗流派，其精神训练的方法自然是深得东密修行法门的精髓，且还融入了东瀛本土的文化与武道精髓，更显得精密奥妙，而其最核心的修行法门，正是密宗界大名鼎鼎的“三密加持”与“九会曼荼罗真言”。
“三密加持”是密宗修行的一个重要组成部分，包括身密（手结印契）、语密（口诵真言）以及意密（心观尊佛）。
身密的主要修行就是“结手印”与“跏跌坐”。
密宗理论认为双手十指对外与法界佛性相通，对内与五脏六腑相通，所以修习密法时，结成“手印”，便可与法界中已经成就的诸佛菩萨的身密互相感召，产生加持的效力，增加自身速成效果，甚至最终自身也如同获得了佛的神通。简单的说，“结手印”的修行就是通过两手十指相互交叉结成不同的形状，并配合想象意念形成的修法。
而“跏跌坐”指的是修行精神念法时的坐势，东密的坐势与手印一样种类繁多并且各具意义，不过被黑流派忍术继承并发扬光大的坐势就只有“吉祥坐”与“降魔坐”两种，黑流派的弟子日常精神集中时就采用其中一种。
语密又称真言，是通过修习者口诵一串咒文使其心中产生造化物并促使他们异变，利用这种特殊的音符震动身体中的气脉，将心集中于一点上形成超乎寻常的潜能并启发神通与高度的智慧。黑流派忍术继承到的“九会曼陀罗真言”就是密宗数量种类繁多的真言中的一种，也就是最广为人知“临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前”的九字真言。
至于意密，这是三密加持中最重要的一个环节，在整个黑流派忍术修持过程中，身密和语密都要依靠意密才能发挥作用。意密通过“观想”引发意识潜能而达到超然物外的境界。在这一神秘的境界下，结手印与诵真言的过程能令个人的精神更加的集中和凝练，从而忘却了自身的诸多感官，感应到冥冥之中的伟大存在，与灵台之中悄然修成独特的念力。
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