2001-02赛季，湖人在西决碰到挑战，但最终抢七战胜拥有主场优势的国王，再度杀进总决赛。新泽西篮网完全不是湖人的对手，被横扫出局。
湖人完成三连冠，禅师第三次达成此成就。奥尼尔则是和乔丹一样，连续三年拿到了FMVP。
2002-03赛季，奥尼尔拒绝在夏天进行脚趾手术，导致赛季只上场67场比赛。当时科比打出场均30分的数据，但还是被圣安东尼奥马刺在西部半决赛淘汰，连冠终结。这个赛季开始，科比和奥尼尔的矛盾开始出现。
2003-04赛季，老将加里·佩顿和卡尔·马龙加盟湖人，组成号称全联盟最强的梦幻阵容，再度杀回总决赛。但总决赛中不敌平民活塞，1-4输掉系列赛。
科比和奥尼尔的矛盾激化，球队只能留下一人。最终老巴斯拍板留下科比，将奥尼尔交易到热火，换来了拉马尔·奥多姆、布莱恩·格兰特和卡隆·巴特勒，开始重建。
禅师杰克逊不愿陪球队重建，黯然卸任湖人主教练。
奥尼尔加盟热火的第一年，便和韦德帮助球队打进东决，但由于韦德意外受伤，没能打进总决赛。随后的赛季，奥尼尔和韦德带队进入总决赛，并在0-2落后的情况下逆转，收获热火队史首冠。
第四次冠军是奥尼尔最后的辉煌，此后数年间，他辗转了太阳、骑士、凯尔特人三支球队，均未能再获总冠军。
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