对于文科常科考试，清政府于1901年8月颁布上谕，命自第二年起在乡试会试中废止八股文，首场改试中国政治史事论五篇，第二场改试各国政治艺学策五道，第三场改试《四书》义二篇，《五经》义一篇;其他考试均依此例。
1903年3月，袁世凯、张之洞联衔上奏，说科举阻碍新教育制度的实行，请求将科举中额按年递减。
据此，清政府下令自丙午（1906年）科起，每科递减乡会试中额三分之一，三科减尽。
至1905年9月，袁世凯、张之洞又上奏说:“科举一日不废，士人皆有侥幸得第之心……学堂决无大兴之望”，请求从次年丙午科开始，将所有乡会试、各省岁考、科考一律停止。
这一建议得到清政府的批准，于是实行一千数百年的科举制度至此被彻底废除。
原来作为科举制度一部分的各种官学和书院，也先后被废除。
1901年9月，清政府令“各省所有书院，于省城均改设大学堂，各府及直隶州均改设中学堂，各州县均改设小学堂”。
1905年又下令裁撤国子监，设立学部主管全国教育行政，原来隶属于国子监的算学改隶钦天监，称钦天监算学，八旗官学也被并入新学堂。
可以看到，有清一代，不断有人对当时实行的科举制度提出批评，至清末维新变法，人们对于它的抨击更是尖锐。
从今天的观点看，清代科举制度可以说存在以下弊病:
其一，考试内容陈旧，引导知识分子穷毕生精力从事无用之学。
清代科举考试内容以《四书》为主，即使在当时也存在空疏无用的弊端。
清末维新派曾批评说，有人甚至中了进士都不知道汉武帝、范仲淹是谁。
在这种考试制度下，士子往往以毕生精力读经，而对各种有裨实用的知识无心关注，无暇学习。
顾炎武曾说明代士子平日只读八股文稿，其他书籍一概不读，“有一好学者欲通旁经而涉古书，则父师交相谯呵”，认为没有出息。许多士子皓首穷经，最终老死科场。
到了列强环伺，近代自然科学和社会科学日新月异的19世纪末20世纪初，科举制度下的学习内容就更加显得陈旧，更加不能适应时代的要求。
其二，士人受到严酷的精神摧残，人格破损萎缩。
在清代科举制度下，读书、参试、做官是士人谋求社会地位、经济收入的惟一途径，因此，在各级考试中中式几乎成为他们的第二生命。
为此，科举士人往往数十年寒窗，皓首穷经，付出毕生的心血精力以求取功名，但最终金榜题名者少，名落孙山者多，许多人老死科场。
乾隆四十九年会试，在参试的举人中有年届90岁者一人，80岁以上者20人，70岁以上者5人，结果没有一人中式。
在年复一年的各级考试中，士子须忍受各种凌辱、辛苦和精神折磨。
参考士子入场须经过搜身，考场中要忍饥受冻;出场后提心吊胆，坐卧不安;及到榜发，中式者甚至如《儒林外史》中的范进，欣喜而至于痴迷癫狂，名落孙山者则沮丧颓废，失魂落魄，痛不欲生。
其三，使得士人成为一个寄生阶层、特权阶层和封建政权的附属物。
近代维新派思想家严复曾批评科举制度“滋游手”。
他说，由于“士”不能直接创造物质财富，所以选士“必务精而最忌广，广则无所事事而为游手之民”。
然而在科举制度下，却养了一大群科举士人，致使朝廷无法安置，他们自己也“无以自存”，必然导致国家“为乱为贫为弱”。
严复还说明，在西方国家读书识字是国民所必具的基本素质，而且“四民并重，从未尝以士为独尊”。
然而在中国，“以文字一门专属之士”，使得士成为凌驾于农工商之上的特权阶层。
事实也正是如此，科举士人在清代免纳差徭，有特殊的司法地位。
他们见官不下拜，举人、进士甚至可以拿自己的名片到官府要求拘押他人。
生员穿戴象征自己身份的衣冠，荣耀乡里，包揽词讼，欺压良善的事情时有发生。
封建统治者有意识地用科举功名笼络士人，钳制其思想，用一条无形的绳索将他们同封建王朝的命运连在一起。
使得他们只能在为皇帝卖命的过程中谋求个人的荣华富贵或实现自己的政治抱负，而不致成为封建王朝政治上的异己力量。
科举制度建立之初，唐太宗李世民看到进士们从考场缀行而出时，掩饰不住内心的喜悦，说“天下英雄入吾彀中矣!”
清代国家选官进士、举贡、吏员三途并用，此外还有军功、捐纳等途径，但惟有进士、举贡为正途，科举制度对于士人的笼络束缚作用也就更加严重。
在清代近270年的历史上，举人、进士反叛朝廷者几乎没有。
成为统治者附庸的科举士人，很难正常履行知识分子批评政治、维护社会公正的职能。
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