当然，这么做也无可厚非，因为土司辖区多为少数民族，存在一些落后的习俗，例如有的地方还允许同族婚姻。
而清统治者要求各改土归流地区不论民族，一律强制剃发留辫，禁止火葬，要求服饰、语言等学习汉俗，强迫土民汉化，这类措施虽然有利于统治，但是推行起来却并不容易。
所以在当时很难被各族人民接受，激起了强烈的抵抗。
但是需要说明，这些强制汉化措施，虽然不被各族人民所接受，但是其中一些相对于原土民落后习俗是有进步意义的。
因此改土归流后，清政府为缓和民族矛盾和阶级矛盾，实行休养生息政策，力保改流能顺利进行。
而各级流官素质高低、能力大小决定着改流归流地区的安定团结，雍正帝一开始就认识到各级官吏对改流地区的重要性，他要求文武官员需“清正自恃”，不能因为自身“小利”而耽误了改流大计，他非常重视新任流官的选拔，要求吏治清明，有大局意识，能很好的保证流官少数民族地区的统治。
鄂尔泰就很好的奉行了任人唯贤的原则，从优选择流官官吏，要求官吏对待土民要宽大为怀，慢慢的让土民“知尊知亲”。
但是在这过程中，有些官吏未能很好的履行中央统治政策，反而激起了民怨，雍正五年，镇沅府署府事刘洪度，急于丈量土地，立法过严，致使“冤愤难堪，激发思变”，土民聚众放火，烧毁了知府衙门，杀死了刘洪度，后辛亏鄂尔泰调兵平定骚，才没有酿成大祸。
但这件事给雍正帝和鄂尔泰触动很大，雍正帝在鄂尔泰的奏折中告诫到要重视官吏的考察和监督，及时发现官吏的不当措施，马上撤换或是治罪，避免事态的进一步恶化。
由于雍正帝对官吏的治理得当，在雍正一朝广大改土归流地区没有出现大规模的反抗斗争，较好的巩固了清政府的统治地位，创造了一段时间内的安定社会状况。
当然，在大规模的改土归流过程中，爆发局部战争是在所难免的，这一定程度上影响了当地的生产建设，在善后措施中，清政府着重恢复生产，建设民生工程，一方面可以起到巩固统治的作用，另一方面可以有效的行使国家职能，加大对改流地区的开发，这其中主要包括开垦荒地、建设学校和义学。
民以食为天，清政府鼓励土民开垦荒地，各县府都出台一些鼓励政策，例如保靖县对垦荒百亩以上者，重奖。
同时，清政府重视对土民农耕技术的帮助，鼓励内地农民帮助少数民族开垦荒地，把内地的先进种植技术带到少数民族地区。
经过清政府一系列的政策支持，大量荒地被开垦，例如镇沅府一年内新增开垦土地就达四百多公顷，这极大的调动了土民的劳动积极性，也增加了土民收入。
清政府注重对多灾害的河流进行治理，兴修水利，对一些重要水利工程拨专款治理，保证了农业的稳定。
原土司辖区，土官为了愚民，严格控制上学人数，不但学校设置有限，而且上学只是土司贵族子弟的特权，各族人民几乎没有读书的权力。
在改土归流之后，清政府打破土司教育资源垄断，增设学校，规定名额，同时放宽入学标准，在某些学校专设少数民族子弟名额，推行儒学，鼓励通过科举考试进入仕途。
清政府在各地设置义学，义学作为学校的一种补充形式，充实到清政府教育体系内，使更多的少数民族子弟有机会接受汉文化。
这种少数民族子弟经过学校教育，通过科举考试走上仕途，既熟悉当地少数民族情况，又经过封建思想熏陶的官员，逐渐补充到流官行列，成为清政府在改土归流地区维护统治的政治人才，有效的巩固了统治根基。
可以说，清雍正帝在西南少数民族聚居地区实行的大规模改土归流，范围之广大、影响之深远，是空前的。
它废除了土司统治变为中央直接派流官管理，对这些地区的政治、经济、文化产生了深远影响。
同时在政治方面，清政府进一步加强了中央集权。
改土归流的实施剪除了大土司，极大的削弱了西南土司割据势力，打破原来土司“骄横恣纵、割据一方”的普遍现状，增强了中央政府对西南地图的直接控制，一定程度上打破自我封闭和瓦解了地方割据，有利于统一多民族国家的巩固和发展。
要知道在实施改土归流以前，土司割据势力在西南地区根深蒂固、错综复杂，使中央的政令难以得到有效的执行，极大地影响了中央对这一地区的有效管理；而土司之间势力大小不一，经常发生叛乱、武装冲突及兼并战争，这不仅危机黎民百姓生命安全，也不利于社会治安的稳定，同时也限制了当地经济发展。
经过清大规模改土归流之后，土司割据势力遭受到沉重打击，像是雍正八年，清在对思明府改流时，缴获军器2万多件，使“三省边防皆定”，这有利于消除这一地区动乱的根源。
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