1477年(成化十三年)由于寻甸土府土司统治势力的衰落，土官为保其统治而发动叛乱，加上土司家族长期为争夺土司职位而仇杀，导致土官统治的灭亡，明朝借机将寻甸土府改为流官知府。
1481年(成化十七年)因广西土知府昂贵有罪革职，改为流官知府。
1553年(嘉靖二十二年)元江土司那氏族人争夺土司职位，被明军镇压而在元江第一次设流官知府。
1567年(隆庆元年)在平定武定土知府凤继祖的叛乱后，改为流官知府，但又象征性地保留了土司的地位。
1597年(万历二十五年)顺宁土知府猛廷瑞与其兄争夺土司职位，被诬告为反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改为流官知府，并改大侯土州为云州流官州，隶属顺宁府。
明代在广西改流较早，从洪武年间就开始了。
据统计整个明朝在广西地区改土归流共16处。
1368年(洪武元年)将忻成土司改为流官知县;1505年(弘治十八年)上思州黄姓土司“叛服无常”，被明军讨平后改设流官知州。
嘉靖年间因思恩土府土官岑濬屡出兵侵掠邻境，明朝出兵征讨，杀了岑濬，改设流官知府。
明朝的改土归流主要在贵州、四川、云南、广西4省进行，其它地区的改流并不突出。
明代的改土归流总的说是不彻底的，并曾遭到土司的强烈反抗，因而出现了许多反复，在许多改设流官的府、州、县中，流官政权很不巩固，有的土司地区设流官后，因为各种原因而出现了复流为土的现象。
这是因为明代土司制度还处在全盛时期，一方面土司制度对明王朝的统治还能起到一定的作用。
另一方面土司势力还比较强大，可以利用群众的力量起来反抗改流。
同时明代改流的土司地区，大部分处于地主经济兴起的时期，还未能彻底战胜领主经济，就是说土司统治的社会基础还没有受到根本的破坏，明王朝也没有力量对改流地区进行完全的控制，决定了明代改土归流的不彻底性和反复性，改土归流就只有在条件完全成熟的清朝才能彻底进行。
因此改土归流贯是通于整个清朝的事情，可以说在整个清朝的统治过程都在进行，大体可以分为3个阶段:
首先是初期阶段，初期阶段是从清初到1725年(雍正三年)。
清朝初期，清军进入南方土司地区时即对有条件改流的土司趁军事胜利改流。
1659年(顺治十六年)吴三桂在镇压了云南元江傣族土知府那嵩的抗清活动后，将元江改设流官知府。
1664年(康熙三年)贵州水西宣慰使安坤起而抗清，被讨平后，吴三桂奏分其地为4府:以大方城为大定府，以利城为平远府，以乌撒为威宁府，以水西为黔西府，水西地区第一次改流。
1665年(康熙四年)云南新兴州(今云南省玉溪)土司王耀祖和宁州土官禄昌贤联络嶍峨、石屏、蒙自、陆良、弥渡、维摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吴三桂镇压后，废除了这些地区的土官，改新兴、宁州为流官知府，在教化、王弄山、维摩等原土司地区设立开化府，委派流官管理。
1723年(雍正元年)将云南丽江土府改流。
1724年、1725年又将云南威远、姚安等地改为流官知府。
在广西，清朝于1663年(康熙二年)将镇安土府改置流官通判。
1719年(熙五十八年)废思明土司黄氏，改设流官。
这是清朝改土归流的初期阶段。
其次是进阶阶段，1726年(雍正四年)鄂尔泰任巡抚云南兼云贵总督事后，向清政府提出了全面改土归流的计划，开始了大规模的改土归流活动，改流进入大规模时期。
在这一阶段清政府根据不同地区、不同情况和土司的不同表现，采取了区别对待的不同策略进行改土归流。
(1)边远地区与内地的区别，认为在内地的土司可改流，虽在边远地区但实际和内地一样的也可改流，边远地区则暂时保留土司统治，即先改内地条件成熟的地区，后改边远地区。
(2)在云南改流是以澜沧江东西为分界线，澜沧江以东必须改流，澜沧江以西的土司暂予保留。
(3)奉法与不法的区别，清朝对罪大恶极违抗朝命的土司首先改流，对守法的能抚绥其民的与流官州县循良相同的土司则不改流，只使其向化。
清朝在改土归流的高潮时期按照剿抚相兼兵威并举和3种不同区别的策略，采用以下几种方式改流:
首先自然是武力改流，清政府认为世代拥有土地、人民、武装的土司，要他们“去封号、徼兵械、纳土称臣，解甲归田，帖然受命改流，是不可能的事。
故鄂尔泰受命之日，即移兵攻贵州广顺州之长寨，终于古州，首尾用兵凡五六载”。
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