由于李氏朝鲜党争激烈在加上中敌离间计！导致朝鲜全罗道左水使：李舜臣，被诬通敌而撤职！继任者朝鲜庆尚道右水使：元均，无能抵抗不了幕府倭军造成第一回合的〖漆川梁海战〗，竟让朝鲜主力水师2万被幕府倭军熊野水师左渡守：藤堂高虎，给打败朝鲜水师全军覆没。
迫使李氏朝鲜宣祖郡王再次向大明帝国求援，而明神宗则封明南直隶兵部尚书：邢玠，为蓟辽总督与明都察院右佥都御史：杨镐、明延绥卫总兵：麻贵，率四万明军入李氏朝鲜。
此时明蓟辽总督：邢玠，当机立断斩杀了奸臣通事：沈惟敬，又上奏朝廷揭发明兵部尚书：石星，通倭罪证把石星抓去诏狱，随后明军出征在稷山、青山接连大胜，明蓟辽总督还派明南岛副总兵：陈璘，前后夹击斩杀倭军5千人获得小胜，但倭军闭城不出坚守待援被明军围困十日却不能克！倭军则以诈降为缓兵之计拖住明军。
另一边明播州宣慰使又攻占了江津县、南川县、合江县侵略到湖广承宣布政司地区！
同时明神宗授封安南黎世宗：黎惟潭为（安南都统使）使得安南政权又从莫氏转入黎氏，另外佟努尔哈赤还与叶赫女真西城贝勒：纳拉·布杨古、东城贝勒：纳拉·金台吉，联姻椎牛刑马为盟，逐步孤立了哈达女真部和辉发女真部。
为了隐瞒朝廷自己势力扩大的消息，佟努尔哈赤第四次入京城去朝贡大明，而这次舒尔哈齐也前来他第二次入京朝贡，也更助长了他的野心到达京城之后受到朝廷隆重接待，并赏了许多的金银绸缎，明神宗还授封舒尔哈齐为明建州右卫指挥使，来做为一种战略对策尽力拉拢和收买效忠大明帝国之人。
此事佟努尔哈赤看在眼里恨在心里，两者间的矛盾瞬间激化，使得明建州右卫指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，非常感激大明恩宠他决定誓死扞卫大明帝国，除了积极与大明发展密切关系之外，他还通过政治联姻加强与其它女真部落的联系来扩大他个人实力。
明万历二十六年公元1598年4月30日，漠南蒙古泰宁部：孛儿只斤·炒花，联合察哈尔土蛮部攻入沈阳中卫抢掠八日，为此明辽东总兵：李如松，率领三千辽东骑兵冲锋时被明辽东参将：李平胡，泄露信息给土蛮部结果明辽东总兵中伏战死！两支漠南蒙古军队被后续明军打退，朝廷追封李如松为（宁远伯兼太子太保）。
11月明军兵分四路，中路是明御倭总兵：董一元、东路是明备倭大将军：麻贵、西路是明御倭副总兵：刘綎、水路是明广东都指挥佥事：陈璘，分道向釜山进军，其中明广东都指挥佥事与朝鲜全罗道左水使：李舜臣，配合在海上使用（龟船）打败倭军精锐主力：小西行长，手下的幕府第一队。
之后丰臣秀吉病死幕府倭军大乱，而倭军第二队：加藤清正，迅速撤兵回国，接着朝鲜全罗道左水使：李舜臣、明武靖营参将：邓子龙，在〖露梁海战〗中抗击倭军牺牲（万历朝鲜战役结束）。
而南方明四川巡抚：谭希思，在綦江、合江设防拦截杨应龙叛军，同时又是佟努尔哈赤第五次来京城朝贡大明天子，以麻痹朝廷与辽东都司的怀疑方便继续攻打其余女真部落。
明万历二十七年公元1599年佟努尔哈赤以背盟为由灭掉哈达女真部擒杀哈达贝勒：纳拉·猛骨孛罗，并采用蒙文为建州女真语配上字母，由于海西女真各部的衰弱！佟努尔哈赤还主动发兵进攻东海女真渥集部。
同时杨应龙捣毁了重庆府和城嘟府并抓住明蜀恭亲王：朱奉铨，来威胁明军说道“我只是为了扩张地盘，希望尔等回去转告朝廷能够再次赦免我。”
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