长崎自开港以来，一直遭到同行做南蛮贸易（日本与西班牙、葡萄牙、暹罗、安南等国商人之间实行的贸易）的松浦氏嫉恨以外，主要还有长崎附近信仰佛教的谏早领主西乡纯尧及其弟深堀纯贤，曾数次出兵侵攻长崎附近的教会，都被大村纯忠击退。
后又屡用计谋，想要离间大村纯忠和有马义贞兄弟，乃至于暗杀大村纯忠，但都没有得逞。最后大村纯忠终因不堪其扰，遂向罗马教廷派来日本的巡察使亚历山德罗·瓦利格纳诺请求将长崎以及附近的茂木完全献给教会。
其目的在于利用教会的力量维护长崎的安全，而大村纯忠既能确保当地的税收收入，也可在必要时前往避难。瓦利格纳诺在经过将近一年的深思熟虑之后答应大村纯忠的请求。
义军一举攻下大村氏居城，马不停蹄一路南下攻城略地，大村氏在各地的领主镇守的小城根本难以抵挡义军来势汹汹的攻势，纷纷跟着主公大村喜前逃走。
谏早领主西乡纯尧及其弟深堀纯贤领兵近四百余人抗拒，遭到义军席卷杀来，犹如螳臂当车的谏早领主西乡纯尧兄弟及其族人被义军悉数杀死，收编其残兵。
与此同时，作为偏师的陈阿信主战营第一队一路水陆并进南下攻城略地，直抵长崎，义军在陈阿信指挥下攻杀大村氏长崎奉行，并未急于进攻西夷弗朗机人控制的长崎港，倒是缴获了大村氏在长崎的大小战船十余艘。
陈瀚拿下谏早城后屯军于此，而岛原高来郡的有马晴信接到堂弟大村喜前的使者求援后，立即带着一千大军北上救援大村氏，还未赶到谏早城就得知义军已经攻破谏早城，西乡氏被灭族。
“忒带（撤退）”二十来岁身穿鬼头狮面盔甲的有马晴信得知义军兵力众多，来势汹汹，有马军在有马晴信指挥下朝着南面山地有利地形撤退上去。
义军五百先锋倭人营已经出现在有马晴信大军阵前不远处的北面，更有三百浪人营出现在有马军东面，退回岛原的路几乎已经被封堵了，唯有翻越云仙岳北麓崇山峻岭回到岛原居城。
有马晴信当即下令道：“结阵，巩固大阵。”
义军大队人马在后赶来列阵西面，黄阿有统率着千余浪人营、倭人营及主战营第二队六百人，近一千五百大军，按照都督陈瀚的军令进军岛原城，但是令双方都没想到的是会在云仙岳北麓发生遭遇战。
有马军占据有利地形，义军先锋突然遭遇有马军，先是封堵住了有马军的退路等待大军赶来。
黄阿有在马上看着依山结阵的有马军大感头疼，有马晴信经历冲田畷之战，有以少击多的作战经验，黄阿有不敢轻易迎战，将大军集结在东面山岭上死死挡住有马军归路。
有马晴信见对方不来攻，深感失策，当即下令数百大军出阵挑战，黄阿有也不甘示弱，立即命浪人营出战，双方在山间谷地上展开对攻，战场上硝烟弥漫，枪声大作，铅弹箭矢横飞。
“驼子你给（冲锋）”有马晴信借着硝烟弥漫掩护下令有马军全军攻下山去
黄阿有听着山下喊杀声大作，反应明显慢了一拍，见手下浪人营开始溃败了，慌忙下令道：“全军进攻，给我杀。”
义军主战营在黄阿有带着冲杀下山来，火铳手在前开枪射杀追着浪人营冲杀赶来的有马军，弓箭手在后放箭，倭人营护卫左右两翼，义军在黄阿有指挥下从容有序阻挡着有马军来势汹汹的攻势。
崩溃的浪人营将士慌不择路被射杀了十几人后纷纷从义军大阵左右两翼绕道撤退回阵，义军渐渐巩固好阵势，与有马军开始对攻。
“杀给给”有马晴信鸟叫着下令
黄阿有也下令道：“放”
双方枪林箭雨朝着对方互射，有马军铁炮轻足射速明显落后于义军火铳手两三倍，义军的定量装弹药节省了不少时间，三段击接连不断射杀有马军铁炮轻足、弓轻足，有马军伤亡开始明显增多。
战争的天平开始向义军一方倾斜，有马军士气逐渐低落，阵中的铁炮轻足在双方互射拼消耗中死伤殆尽，就连弓轻足也死伤惨重，有马军阵势有些混乱。
义军在黄阿有稳扎稳打下开始稳步向前推进，不断射杀有马军。有马晴信见势不妙，一声令下：“驼子你给（冲锋）”
有马晴信亲率有马军直冲义军右翼，黄阿有指挥着义军迎战从右翼杀来的有马军，岂料有马晴信虚晃一枪，趁机夺路而逃，朝着岛原城逃去。
“忒带（撤退）”有马晴信在马上高呼下令
有马军损失惨重跟着主公狼狈不堪落荒而逃，义军在后蜂拥追杀而去，一路衔尾直追不放。
黄阿有一直追着有马晴信到岛原城下，在城下町大肆劫掠一番方才收兵，扎营在岛原城北五十里。黄阿有派人向主公陈瀚禀报岛原战况，言明自己兵力不多，不敢贸然攻城，扎营岛原城北五十里，待大军赶来再攻城。
此时的陈瀚正在计划拿下长崎港，一番深思熟路后亲率大军赶去长崎港，同时命木山六郎带着三百义军水师弃船赶来。
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