长生首先施展别天神，想要强行更改大蛇丸的意志，以此达到不战而屈人之兵的目的，不料大蛇丸此刻不仅成为十尾人柱力，还拥有一双轮回眼，实力早已达到六道层次，凭借长生眼那点瞳力施展出来的别天神，根本无法影响到大蛇丸。
别天神失败后，大蛇丸命令柱间、斑、日向天忍等人联合围剿长生，长生将封印术与刀术相结合，一刀一个将众人统统封印。
长生紧接着施展刀之领域，欲瞬息之间斩杀大蛇丸，不料大蛇丸凭借轮回眼的瞳力看清了长生的出刀轨迹，用求道玉凝聚成天之矛，阻挡下长生的刀之领域。
两人一个挥刀一个挥矛，轰轰烈烈搏杀在一起，每一击的威力都足以翻江倒海，一时间战场上天崩地裂日月无光，一派末世降临的景象。
长生被逼无奈，将当初本体封印在左眼里的残余长生眼的瞳力，统统发挥，施展出金轮转生爆，再将刀之领域与金轮转生爆相结合，斩出旷古绝世的一刀，将大蛇丸腰斩当场，剜掉他的轮回眼。
大蛇丸临死之际将封印在月球中的大筒木辉夜释放出来，无限月读启动，月光笼罩而下，神树疯狂生长，忍界所有被月光照耀到的人统统被绑成木乃伊吊在神树上，陷入无限月读世界。
长生将从大蛇丸那里剜来的两颗轮回眼戴上，从而避免了被拖进无限月读世界的下场。
大筒木辉夜随即对长生展开追杀，长生刚与大蛇丸生死大战了一场，几近于油尽灯枯，凭借轮回眼的瞳力，将刀术与引力相结合，在辉夜的杀招之下勉强自保逃亡，生死关头时，六道仙人现身，以自身魂飞魄散作为代价，暂时将辉夜困住。
六道仙人的残余意识向长生表达了他的悔恨愧疚，长生要的哪里是他的道歉，让六道仙人赶紧将自己的本体从异空间放出来，如果把他拥有一只长生眼瞳力的本体放出来，还是有可能击败辉夜的。
可是，六道仙人当年封印长生本体的手段太狠了，狠到就算他如今想把长生本体放出来也无能为力。
眼看辉夜即将挣扎六道仙人的困阻，长生决定自谋生路，不顾一切飞到月球上面，月球因为辉夜解封的缘故，生活在上面近一千年的大筒木分家成员统统都感到绝望恐惧，长生将他们供奉在神殿中的巨型转生眼夺走，与自身的轮回眼融合形成新的长生眼。
长生运用长生眼的瞳力进入不可视世界当中，寻找到封印着他本体的那片异空间，再施展金轮转生爆，与本体里应外合，一举击溃封印着本体的那颗小六道地爆天星。
长生本体脱困，与化身合二为一，拥有两颗完整的长生眼，一步迈出空间破碎瞬间来到忍界当中，与辉夜展开世纪性大决战。
辉夜将长生拖入异空间中战斗，最终仍是不敌拥有两颗完整长生眼的长生，被长生彻底斩杀。
两颗长生眼凑齐之后，长生还觉醒出一个复活忍术，长生凭借长生眼中无穷无尽的生机力量，施展超轮回天生之术，将所有死在这场战争中的人们复活，包括自来也、纲手、旗木朔茂、迈特戴、宗镇等人。
辉夜死后，神树再次分化为十只尾兽，长生将八只尾兽连同外道魔像，统统封印到九喇嘛体内，九喇嘛自此长出第十根尾巴，成为真正意义上的十尾。
此外长生还打通人间与冥界的通道，让死去的亡灵（诸如柱间、扉间、日向天忍、猿飞佐助）都能自由往返人间与冥界两界之间，活着的人与死去的人自此心意相通不再有遗憾。
这一场惊世变故发生过后，长生蒙面侠的身份彻底暴露，为世人所知，世人都将长生奉为比肩六道仙人的伟大存在。
……
此后几年过去，自来也在忍校中发现了波风水门这个好苗子，将他收做自己的亲传弟子，水门一年一年的张大，渐渐到了适婚的年纪，自来也又做起媒人生意，本着肥水不流外人田的想法，将玖辛奈介绍给水门，没想到两人一拍即合相互看中。
又过了几年，水门入赘到涡之国，正式与玖辛奈成婚，成婚当年，玖辛奈诞下一子，将其取名为旋涡鸣人，水门成为涡潮村的第四代涡影。
同年，宇智波镜的孙子宇智波富岳也与宇智波美琴成婚，生下次子，宇智波富岳因为仰慕日斩他爹的威名，便将自己的次子取名为宇智波佐助，据说日斩得知此事后气的吹胡子瞪眼，要来找宇智波富岳算账，想了想又觉得自己以大欺小很没有面子，此事就这样算了。
出乎所有人预料，长生居然亲自收徒，将漩涡鸣人和宇智波佐助收做自己的亲传弟子，自来也得知后十分吃味，心想自己身为长生的养子，都没那福气当长生弟子，漩涡鸣人和宇智波佐助两个小崽子刚一出生就有这种待遇，让自来也感到心理不平衡，郁闷了好长一段时间。
长生从小开始教导鸣人和佐助，鸣人和佐助一边相互竞争一边成长，转眼十七年过去。
在这期间，宗镇退位，自来也继任木叶的四代目火影，旗木朔茂继任云隐村的五代目雷影，加藤断继任岩隐村的三代目土影，夕阳真红继任雾隐村的四代目水影。
值得一提的是，旗木朔茂的儿子旗木卡卡西，由于过于崇拜蒙面侠的缘故，也学着蒙面侠在自己脸上蒙了一块布，每时每刻都不拆下面纱。
长寿从涡之国大名宝座上退下，膝下无子的他，让妹妹的儿子长门继任涡之国大名。
十七年过后，经过长生的悉心教导，鸣人和佐助的实力都已成长到超影层次，但由于他们多年前从忍校毕业后都没有参加中忍考试的缘故，他们两人在木叶的忍者档案里，都还只是下忍身份。
这一年，学有所成的鸣人与佐助都来参加这一届中忍考试。
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