“你……”朱由校顿时大怒，脸上的每一块肌肉都绷紧了，愤愤的咬牙切齿，拍着御案吼道：“孙承宗，你竟敢威胁朕！”
孙承宗不敢奉旨，如果奉诏，下的官员们不敢对皇帝口诛笔伐，对他还不人人喊打，文人别的本事没有，动笔杆子骂人可是一流的，绝对能把你的祖宗十八代骂一遍还不带脏字，甚至将你的名声彻底败坏，遗臭万年。把名声看的比生命还贵的孙承宗不敢做，也不能做。今抗旨不遵，传出去还能留下好名声，至少文人们的笔下能写上：忠谏苦劝，宁死不奉诏！
把名声看的比生命贵，这是明朝文饶通病，孙承宗也不例外。
孙承宗一辞官，徐光启和侯光远也跟着请辞，这官不好做，真的太难做了，他们谁也不想以后成为文人笔下的『奸』臣、逆臣。
朱由校气的不出话来，他也无话可，虽然痛恨三人抗旨不遵但也不愿治他们的罪，更不愿让他们离开朝廷，现在是朝廷改制的关键时期，他需要这几个能臣。朱由校拿他们没办法，就这么愣愣的对立僵持。
程化祥外出办完事回来复旨，刚到门口就看到里面气氛不对，没敢进去，转身离开，这一瞬间被朱由校看到，没好气的喊道：“程化祥，进来！”
程化祥一怔，心中暗暗叫苦，低着头转回来，“老臣前来复旨。”
“去，”朱由校拿起御案上的奏表扔给程化祥，怒『色』道：“传旨军机枢密处和兵部、吏部，命各省督抚，此报表上缴纳不足税银五成者的州县官员就地罢免，县丞接任，命其正月补齐一并上缴！旨到不得延误，违者重惩！命各地总兵派兵监督，抗旨者就地处斩！”
程化祥大惊失『色』，原来皇帝是因为这个暴怒，三位大臣也是因为这事跪在地上，经验老道的程化祥也看的明白，这三人一定是不肯奉诏才让皇帝绕过内阁传旨。
朱由校见程化祥没有行动，吼了一声，“你愣在那干什么？！还不去传旨！”
“是。”程化祥赶紧拾起报表跑出去，孙承宗三人傻眼了，皇帝绕过内阁，看样子是铁了心要这么做了。
朱由校看了一眼跪在他面前的这三人，不去理会，离开西暖阁去了东阁。
皇帝走了，他们三人跪在这也没意思，互相叹息的对望几眼，慢慢起身离开皇宫。三人互相哀叹，感觉到了中兴之臣不好当，太得罪人了，皇帝年轻气盛，这么做不怕引起下官员的一致反对？别忘了，明朝文官集团的力量很强的。
此旨一传，迅速炸开了整个京城，震动了下，十八省总兵没文人那一套儒酸，一接到圣旨，直接派兵到县衙撵人。县官们无奈，不走官兵们明晃晃的大刀可不认人，只得含泪离开县衙丢了官。督、抚们也是无可奈何，上奏的奏折得到的回复就是催缴税，正月再不缴齐，督抚也一并撤职。没办法，只能总督压巡抚，巡抚压知府、知府压州县，纷纷下令催缴税收，他们可不想丢官，能干到督抚很不容易了，谁不珍惜。新上任的县官大多是原县丞，他们亲眼见到上任县官被赶出县衙，因此刚接任县官第一件事就是催缴税收，不给的，不管是不是土地豪绅，以前哥们长哥们短的，就是亲大爷也不给面子，少一个子都拉到衙门打板子。在强大的压力下，新上任的官员无不卖命的收税，他们不想白白得到的官丢了。
虽然官场上怨声四起，但确实奏效，达官显贵们原以为会引起不的政治地震，但却像平静的湖水激起的涟漪一样，只要都反对抗税，皇帝就会让步，谁知动真格的了。原因是全国各地的县丞们谁不想升官，但有上司在他们就没有升迁的希望，何况县丞升任的情况不多，大部分都是吏部下派的官员。这下可好，全国县官来了个大换血，而且都是由县丞继任，这对他们来是前年难得一遇的机遇，谁不拼命的催缴税收保住自己的官位？！
《大明税制章程》重在以商业为主，田赋次之，而且全部征收白银，不再征收实物，按照朱由校的设想，八百多万顷的田地税银应该在八百万两以上，江南商业发达，外加盐铁税、船舶贸易税，总数不应低于一千万两，一年之征，应得税也在二千万两以上，可实际上交库银与实际相差这么大，明地方官员抵触朝廷制度。朱由校痛恶官员阳奉阴违，以身试法。
还有一件事，江南的盐税，这是朱由校牵挂很久的问题，也是他重点整治的税务，刚登基的时候派耿直正派的袁应泰任南京总督整治盐课，一年多的时间竟然没有任何进展，盐税和往年一样，一年上交国库一百万两银子，为此，朱由校下旨痛斥袁应泰为政不察，无所作为。
启三年，正月刚过，各地催缴的税银陆续抵达京师，入缴户部。这本来是一年中最轻松的时候，对户部来可成了最忙的时刻，二月二过后，全部统计清楚，共入库一千八百多万两，加上原入库的五百万两税银，启二年的全国税收共计二千三百多万两！
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