光绪十四年（1888年）春，抵大沽。七月，邓率舰从丁汝昌镇压台湾吕家望起义。返回后，以总兵记名简放，加提督衔。八月，北洋舰队正式成军，分左、右、中、后四军，邓世昌授中军中营副将，仍充“致远”管带。同年底回国。因接舰有功，升副将，获加总兵衔，兼任“致远”舰管带。邓世昌与此舰相终始。同年，台湾后山生番，时出滋扰，官军往剿失利。福建提督孙开华统军查办，李鸿章电檄邓世昌，随同北洋提督丁汝昌前往台湾助剿。世昌逐驾“致远”舰赴台湾埤（pí）南一带。惟时陆军苦战累月，虽迭有擒斩，终有山深篝（gōu）密，难以深入。及世昌驾舰驶至于附海之处，发炮轰攻，乃得水陆并进，痛加剿洗，折毁碉寨，将吕家望、大庄等番社老巢攻克，由是生番悉平。奉旨着以总兵记名简放，并加提督衔。邓世昌17年后“第二次”回广州家乡探亲，这次未能见到他的父亲，因为老人家已在几年前去世了。当时，他接到丧报，但军务在身，不能回家奔丧。这次回到家中，他哭昏在灵前，醒后挥泪写祭文，将未能见父亲一面视为“终身大戚”。
1889年（光绪十五年）2月20日，李鸿章奏北洋海军新设中军中营副将，请以邓世昌借补，任“致远”舰管带。
1891年（光绪十七年）李鸿章来威海检阅北洋海军，这是《北洋海军章程》制定后的首次大检阅。邓世昌平时训练部队，绝对不允许搞花架子。敌舰的距离须临机测定，且在敌我双方高速运动中。以邓世昌训练得力，奏准赏获“葛尔萨巴图鲁”勇号，并赐给三代一品封典。
1892年（光绪十八年），邓世昌“第三次”，也是最后一次回广州家乡探亲。
邓世昌殉国牺牲后举国震动，光绪帝垂泪撰联“此日漫挥天下泪，有公足壮海军威”，并赐予邓世昌“壮节公”谥号，追封“太子少保”，入祀京师昭忠祠，御笔亲撰祭文、碑文各一篇。李鸿章在《奏请优恤大东沟海军阵亡各员折》中为其表功，说：“……而邓世昌、刘步蟾等之功亦不可没者也”。清廷还赐给邓母一块用1.5公斤黄金制成的“教子有方”大匾，拨给邓家白银10万两以示抚恤。邓家用此款在原籍广东番禺为邓世昌修了衣冠冢，建起邓氏宗祠。威海卫百姓感其忠烈，也于1899年在成山上为邓世昌塑像建祠，以志永久敬仰。
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