朱由检便将力挽狂澜的希望寄托在明朝最后的劲旅——孙传庭统率的秦兵，任命他为督师，出潼关消灭李自成。孙传庭进军河南，起初连传捷报，而皇太极的死讯也在此时传入北京，明廷洋溢着国势转危为安、中兴指日可待的幻觉。然而孙传庭先是兵败于汝州，接着战死于潼关，李自成长驱入关占领西安，进而迅速控制了陕西全境。朱由检先后派余应桂、李化熙代替孙传庭，但都无兵无饷、一筹莫展，尽管如此，内阁首辅陈演、吏部尚书李遇知等仍安慰朱由检说“贼入关中，必恋子女玉帛，犹虎入陷阱”“欲据此为家”，完全误判了形势。
朱由检到皇极殿接受朝贺之际，发现只有锦衣卫指挥使骆养性在场，朱由检便下令鸣钟开门，很久都没人来，朱由检准备先祭拜太庙再接受朝贺，又发现马匹没准备好，便依然等着受朝贺，随后文武百官陆续赶来，站朝班时互相乱入，十分狼狈。
雄踞西安的李自成也在这一天建国号大顺，年号永昌，随后挥师东征山西，直捣北京。在岌岌可危的局面下，迁都南京之议浮上水面。据说在清军第六次入塞时，朱由检就与周延儒商量过南迁，但被皇嫂懿安太后（张皇后）阻止。左中允李明睿在德政殿接受朱由检召见时，力劝南迁，朱由检亦表赞成，他希望由重臣来牵头，不过阁臣中无一提议，兵部收到李自成下的战书，约定决战于北京城下。
朱由检召见阁臣，流泪说道：“朕非亡国之君，事事乃亡国之象。祖宗栉风沐雨之天下，一朝失之，何面目见于地下？朕愿督师，以决一战，即身死沙场，亦所不顾，但死不瞑目。”内阁首辅陈演、次辅魏藻德等纷纷请求代帝出征，朱由检都不同意，最后同意由山西籍的阁臣李建泰督师。朱由检行告庙礼，在正阳门举行隆重的推毂仪式，亲自为李建泰饯行。
李建泰未至山西，山西省城太原陷落，李自成颁布讨明檄文，内称“君非甚暗，孤立而炀蔽恒多；臣尽行私，比党而公忠绝少”，要求朱由检君臣马上投降，可保荣华富贵。李自成在宁武遭遇周遇吉的顽强抵抗，最终还是将其击败，从此入京之路畅通无阻。在此期间，朱由检想调辽东总兵吴三桂率关宁劲旅来京勤王，但因不愿放弃宁远以及饷银不足等问题而作罢。
明廷内部围绕南迁的争议也公开化，李明睿上疏疾呼南迁，遭到兵科给事中光时亨的强烈反对，斥为“邪说”，内阁首辅陈演亦不赞成，左都御史李邦华则提议太子和诸王先南迁。朱由检见南迁争议很大，便表态拒绝南迁，声明：“国君死社稷，义之正也。朕志决矣！”出征在外的李建泰也上疏请求南迁，并愿奉太子先行，朱由检召见群臣议论，依然分歧很大，光时亨甚至说太子先行是模仿唐肃宗即位灵武的故事，但在谈到战守之策时，诸臣集体沉默。朱由检先是重申“国君死社稷”，再看到诸臣集体沉默后，拂袖而起，斥责：“朕非亡国之君，诸臣尽为亡国之臣！”
朱由检封辽东总兵吴三桂为平西伯、平贼将军左良玉为宁南伯、蓟镇总兵唐通为定西伯、凤庐总兵黄得功为靖南伯，其余总兵也都有升迁。与此同时，朱由检决定放弃宁远，征辽东总兵吴三桂、蓟辽总督王永吉率兵入卫，又征调唐通、刘泽清率兵入卫，结果刘泽清不奉诏，在劫掠临清后南奔；吴三桂手下虽有五千精兵，但因为要内徙关外军民，拖慢了速度，只有唐通的两千勤王军及时赶到，被派去守居庸关。
居庸关破，唐通投降，李自成的先锋抵达京郊，陷昌平，焚皇陵。这一天，朱由检一边从容喝茶，一边在中左门以“安人心、剿寇、生财足用”为题考选滋阳知县黄国琦等33名地方官。接到这个消息，脸色骤变，起身入宫，朱由检上朝询问守城之策，君臣对泣，束手无策，甚至有人提出起用“逆案”中人，朱由检挥泪用手指在桌案上写下一行字（“文武官个个可杀，百姓不可杀”，一说“文臣个个可杀”），让东厂太监王之心看过后就抹去。
当天，李自成的军队开始攻城，守城的三大营多为老弱病残，毫无战斗力，一触即溃。朱由检情绪失控，他“仰天长号，绕殿环走，拊胸顿足，叹息通宵”，大呼：“内外文武诸臣误我！误我！”最后一次召见阁臣，说：“不如大家在奉先殿完事（自杀）”。李自成派已经投降的太监杜勋、申芝秀到北京城内，与朱由检交涉，开出的条件一说是“割地讲和”，让李自成在西北割据称王，犒饷银百万两，可协助平定其他起义军及辽东清军，但不朝觐；另一说是要朱由检“逊位”。总之，朱由检没有答应。
当天上午风雨交加，午时雨停，李自成下令继续攻城，一群回回人打开了广宁门，外城陷落。朱由检得知外城陷落的消息后，欲召总督京营的襄城伯李国祯率三大营护驾，太监报告这些兵已经溃散，劝他快逃。朱由检带着太监登上紫禁城后的煤山眺望，发现北京城已经被重重围困，难以脱身，便下山回到乾清宫。朱由检召妹夫巩永固、刘文炳带家丁护驾，两人回复按祖制不得拥有家丁。
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