朱温在抵御秦宗权时，郓州朱瑄、兖州朱瑾都领兵来救援，到秦宗权被击败，朱温因为朱瑄、朱瑾与自己同姓，又对自己出过力，都送给厚礼让他们回去。朱瑄、朱瑾因为朱温的军士们勇敢强悍，偷偷地在曹州和濮州的边界上悬赏重金布帛来招诱他们，军士们为了财货之利而离开的人很多，朱温立即传送檄文去谴责他们，朱瑄的回话很无礼，朱温与他们的矛盾便因此产生了。
朱温亲征郓州，先派遣朱友裕在斗门屯驻军队，朱友裕驻扎在衢南，这天晚上，朱瑄率领一万步兵、骑兵在斗门击败朱友裕，朱友裕向南方撤退。朱温于早晨援救斗门，不知道朱友裕已经撤走，先到斗门的人都被郓州兵所杀，朱温追赶郓州兵，没有追上，于是在村落间暂时停驻军队。这时朱瑄还在同州，朱温率领军队返回郓州，遭到朱瑄部队的攻击，朱温驾马向南奔逃，摆脱了敌军的追击。
朱温亲自率领大军从郓州东路向北到达鱼山，朱瑄侦察到后，同样领兵直奔鱼山，两军在此地相遇，立即展开激战。朱瑄兵败，被杀死一万多人，残兵拥挤着进入清河城，朱温在鱼山下收聚敌尸筑起高大的坟墓以记战功，驻军几天后返回。朱温派朱友恭率领军队攻伐兖州，挖成堑壕围住兖城。不久，朱瑄从郓州率领步卒骑兵运送支援的粮食想进入兖州，朱友恭埋下伏兵击败了他们，在高吴将他们的军粮全部夺过来，趁机俘虏了蕃将安福顺、安福庆。朱瑄派部将贺瑰、柳存以及蕃将何怀宝等一万多人袭击曹州，想解除兖州的围困，朱温闻讯后，从兖州带领军队策马飞奔到钜野南边，击败了他们，活捉贺瑰、柳存、何怀宝及残余三千多人。
朱温率领洹水的军队大举攻伐郓州，在济水旁边安营扎寨，庞师古命令诸将撤下各种树木搭起桥梁。庞师古率领中军先渡过济水，呐喊声震撼郓城，朱瑄听到后，弃城夜逃。葛从周追到中都北面，抓住了朱瑄和他的妻子儿女献上，立即被诛杀在汴桥下面。郓州平定，朱温进入郓城，任命朱友裕为郓州兵马留后。这时朱温听说朱瑾与史俨儿在丰、沛一带搜括军粮，只留下康怀英据守兖州，朱温因而乘胜派遣葛从周带领大军袭击兖州。康怀英听说郓城失守，接着又有葛从周大军来临，就出城投降，朱瑾、史俨儿便逃奔淮南。郓州、兖州平定，以葛存周任兖州留后。
宦官刘季述等幽禁唐昭宗，立太子李裕为帝。与朱温关系密切的宰相崔胤与护驾都头孙德昭等杀刘季述，昭宗复位，改年号为天复，进封朱温为东平王。此后，崔胤想借朱温之手杀宦官，而韩全诲等宦官则以凤翔李茂贞、邠宁王行瑜等为外援。
崔胤矫诏令朱温带兵赴京师，朱温乘机率兵七万由河中攻取同州、华州，兵临长安近郊。韩全诲等劫持昭宗到凤翔投靠李茂贞，朱温追到凤翔城下，要求迎还昭宗，韩全诲矫诏令朱温返镇。朱温在一度返回河中之后再次围攻凤翔，多次击败李茂贞，前来救助李茂贞的鄜坊节度使李周彝，也被拦截而归降朱温，凤翔镇被围日久，城中食尽，冻饿死者不可胜计。
李茂贞被围无奈，杀韩全诲等二十人，与朱温议和，朱温挟昭宗回长安，昭宗从此成了他的傀儡。昭宗也深知自己的境遇，他对朱温说：“宗庙社稷是卿再造，朕与戚属是卿再生。”因此他对朱温唯命是从。不久，朱温杀第五可范等宦官七百多人，唐代中期以来长期专权的宦官势力受到了彻底的打击。朱温则被任命为守太尉、兼中书令、宣武等军节度使、诸道兵马副元帅，进爵为梁王，并加赐“回天再造竭忠守正功臣”的荣誉头衔和御制《杨柳词》5首。
朱温商议将唐昭宗接到洛阳，担心唐室大臣反对，于是命令养子朱友谅假托昭宗诏令，诛杀了丞相崔胤、京兆尹郑元规等人，再上奏表坚决请求昭宗到洛阳，昭宗不得已听从了。朱温便下令长安百姓按籍迁移，拆毁长安宫室、房屋，将木料顺渭水漂下，在洛阳营建宫室。唐昭宗到达洛阳时，唐廷的六军侍卫之士，已经散亡殆尽，昭宗身边卫士及宫中之人均为朱温派来的人。从长安至洛阳途中，昭宗身边尚有小黄门及打球、内园小儿二百多人，对于这些人朱温也不放心，命人灌醉后全部坑杀。然后换上年貌、身高相当的二百人顶替，昭宗初不能辨，后来才有所察觉，在这种情况下，昭宗已经成为真正意义上的孤家寡人，随时可能成为朱温的俎上之肉。
朱温强迫昭宗迁都洛阳后，河东李克用、凤翔李茂贞、西川王建、襄阳赵匡凝等地方实力派组成了联盟，以兴复唐室讨伐朱温为名，倡议天下共伐之。朱温决定举兵西讨，又担心昭宗会有所举动，于是决定杀死昭宗，另立新君。他指示左龙武统军朱友恭、右龙武统军氏叔琮及蒋玄晖等人，乘夜暗之际，以入宫奏事为名，率兵进入内宫，杀昭宗后宫河东夫人裴贞一，闯入昭宗所在的何皇后椒兰殿，昭宗身穿单衣绕殿柱而逃，被追上杀死，年仅三十八岁。保护昭宗的昭仪李渐荣也被杀，蒋玄晖本来还要杀何皇后，经其苦苦哀求，才因朱温只下令杀昭宗而免其一死。
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