历史上的莫卧儿帝国帖木儿帝国崩溃后，其皇室后裔巴布尔率军入侵南亚次大陆建立莫卧儿帝国，帝国在其子胡马雍时期曾一度衰落，后在第三代皇帝阿克巴时期进入全盛时期，这一时期莫卧儿帝国内部实行文化融合和宗教宽容政策，但这一政策在第四代皇帝贾汗吉尔时期因叛乱而被抛弃。到了第五代皇帝沙贾汗时，莫卧儿帝国空前强大，但由于沙贾汗大兴土木和赋税繁重而发生内部纠纷，一六五七年沙贾汗被其子奥朗则布推翻。奥朗则布时期的莫卧儿帝国领土达到最庞大的时候，但沙贾汗时期遗留下来的一系列问题导致莫卧儿帝国衰落。
莫卧儿帝国衰落后，大英帝国、法兰西殖民帝国、荷兰殖民帝国和葡萄牙殖民帝国等殖民帝国在印度争夺殖民地，最终英国胜利，使莫卧儿皇帝成为傀儡。一八五八年，英国的维多利亚女王被授予印度女皇称号，成立英属印度，莫卧儿王朝灭亡。
建立帝国之初，帖木儿帝国灭亡后，巴布尔自从被驱逐河中之后，翻山越岭进入阿富汗，夺取喀布尔，在喀布尔建立了一个小王朝，他率领伊斯迈尔借给他的军队匆忙赶回河中，胜利地进入了撒马尔罕城。继撒马尔罕之后，布哈拉又向他敞开了大门，而蒙古乌兹别克人退到塔什干。巴布尔又去占领塔什干，成为塔什干和中亚的统治者。以伊朗人在呼罗珊的胜利为支柱，帖木儿王朝在河中的复辟似乎是完成了。但是，巴布尔开始碰到了意想不到的困难。他曾求助过的、并接受其宗主权的波斯人是十叶派穆斯林。布哈拉和撒马尔罕居民信奉的是逊尼派，他们斥责他与异端邪说者谈判，并与他断绝关系，他们的宗教热情比他们对帖木儿朝诸王的忠诚更加强烈。由于受到这些宗教骚乱的鼓动，乌兹别克人又卷土重来。波斯将军纳吉姆·沙尼和巴布尔在布哈拉以北的加贾湾发生的一场大战中与他们交锋，这次被他们打败了，纳吉姆被杀。巴布尔放弃了对河中的所有企图，退回到他的喀布尔王国，七年以后，他从喀布尔出发，前往征服印度。于是，布哈拉、撒马尔罕和整个河中地区又转到蒙古乌兹别克人手中。
巴布尔曾尝试在中亚扩展自己的疆土，受挫后就把目光投向南方人心涣散、四分五裂的德里苏丹国。恰在这时巴布尔有了一个方便的借口：旁遮普省总督邀请他出兵把他从其领主苏丹的手中“解救”出来。于是，他向南方进行了“圣战”。
印度的德里苏丹国遭受严重的打击，名存实亡，北部印度陷于分裂状态。一五一0年时，蒙古贵族巴布尔就已经统治着印度北部。一五二五年，巴布尔南下进攻印度，次年攻占德里，屡败印度诸侯联军，征服北印度大部分地区，建立莫卧儿帝国。可见莫卧儿帝国最初是外族在印度建立的政权。从此，印度的不同教派，分散的村社走上了民族统一的道路，成为当时世界上最富有、最强大的国家之一。巴布尔开始转战于整个印度次大陆，在很短的时间里，就占领了大半个印度半岛。他采用“以印治印”的手法，把印度半岛北部尚未征服的地盘划分给每一个印度的封建主，不管他们采用什么方法，只要管理那就是他们的领地。不久，印度北部就基本统一了。
一五二七年春天，巴布尔与拉那·桑伽两军交火。经过十分激烈的拼杀，拉那·桑伽身受重伤，身上又添十三处伤，全身受伤总数突破百块大关。尽管如此，拉其普特人最终还是被巴布尔打败了。
一五二八年，马茂德召集十万阿富汗联军于比哈尔，准备与巴布尔争一雌雄。在恒河与哥拉河交汇处，两军摆开战场。巴布尔亲自指挥蒙古人在强大炮火掩护下强渡哥桥拉河，分兵夹击敌军。两军相遇勇者胜，阿富汗人全线崩溃，马茂德逃亡孟加拉。这一仗成了巴布尔一生中征战之绝笔。
一五30年十二月二十六日，巴布尔英年早逝，年仅四十八岁。着有《巴布尔回忆录》。巴布尔在一生的征战中，占领了东起哥桥拉河，西至阿姆河，南起瓜廖尔，北至喜马拉雅山脉的大片领土。
一五30年，巴布尔因病去世后，其子胡马雍继承皇位。企图以察合台的突厥人、蒙古人、波斯人、阿富汗人和印度人组成的混合军队，征服全印度，以实现父亲的遗愿。其三位异母兄弟卡姆兰、欣达勒和阿斯卡里出兵攻击他，与他争夺王位。分散在各地的许多阿富汗贵族纷纷起兵反叛。
一五三九年，起兵谋反的东部阿富汗王公舍尔沙，在乔沙战役中胡马雍全军覆没，本人逃走。舍尔沙占领德里，建立了苏尔王朝。不但把领土扩展到孟加拉、比哈尔和马拉佤邦，而且在政治、社会和经济上多有建树。他实行开明政治，对印度教采取宽容政策；它建立了有效力的君主集权制，执法公正；他改革税制，计田优劣征收，发行银卢比；兴修道路，设立驿站，联系首都阿拉格与孟加拉、拉齐普坦等地的“大干道”当代仍是印度的主要干道之一。他的田赋改革是以后阿克巴改革的蓝本。
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