一五四五年舍尔沙在战争中被炸死。一五五五年，胡马雍重征印度平原，占领德里和阿格拉，恢复了莫卧儿帝国在印度的统治。在流亡伊朗期间，他进一步受到伊朗文化的影响，由逊尼派信徒改奉什叶派，并带回了对莫卧儿帝国有深远影响的伊朗文化。在伊朗的帮助下，一五五六年，阿克巴继位，实行了进步的内政改革，采取宽容的宗教政策，扩大了莫卧儿帝国统治印度的社会、政治基础。他建立中央集权制，开疆拓土，统一了次大陆广大地区，推动了印度社会经济的向前发展。将全国划分为若干伊克塔（省），下设四十七个萨卡尔（行政区），萨卡尔又划分为帕尔加纳，各设阿明（法官）、希克达尔（税务官）、司库、文书等地方官吏。为了防止任何腐败行为，规定按时向官员支付薪俸，官员每隔二至三年调动一次。但是之后不久自图书馆失足而死。
一五五六年，胡马雍重登帝位六个月后逝世。二月，在巴伊拉姆汗的帮助下，年仅十三岁的阿克巴继承了帝位。阿克巴幼时未受到良好的教育，他在将军巴伊拉姆汗的辅佐下，开始治理莫卧儿帝国。他刚继位时，莫卧儿帝国的领土很小，首都德里被阿富汗贵族希姆占领。希姆聚集起十万军队想一举消灭莫卧儿人。而阿克巴的军队总共只有两万人。一些大臣劝阿克巴退出印度，回喀布尔休养生息。但巴伊拉姆汗将军力排众议，提议调动一切力量与希姆决战。阿克巴采纳了这建议。决战的地点，是德里以北的帕尼帕特，三十年前阿克巴的祖父巴布尔取得重大胜利的地方。
阿克巴十八岁时，他夺回大权，命令他的舅父到圣地麦加退隐。阿克巴终于自己独立执政了。阿克巴摆脱左右羁绊后，便开始扩张领土的征讨，他对不同的地区采用不同的政策。对表示愿意归顺的地区，他仍让原来的头领管理土地，并对他的子孙委以重任。
一五六七年，阿克巴攻打梅瓦尔，用了四个月的时间攻下，屠杀了三万人，并把作为王国象征的大铜鼓和母神座上的大烛台拆下，当做自己的战利品。阿克巴用武力和怀柔的手段，十五年的时间里统一了北印度。他又用十六年时间把版图扩大到遥远的西北地方。最后，他又用了三年的时间，平定了南方的几个王国，从而建立了一个强大的莫卧儿帝国。为了巩固自己的政权，他对自己国家的内务进行改革整顿。他命令官员重新丈量土地，将帝国分为一百八十二个税区，严格分别等级征税；他还废除将战俘卖为奴隶的习俗；下令取消人头税、香客税（对朝圣的印度教徒征服的税）、田赋附加税，遇到天灾人祸，则一律免交田赋；阿克巴统一了全国度量衡，有力地促进了工商业的发展。阿克巴信仰***教，而印度长期流行的是印度教，因此印度教和***教之间经常发生矛盾冲突，这极大地影响了国家的安定团结。为了协调印度教和***教教徒们的关系，阿克巴采取了一系列的措施，他宣布各教派平等，他选用印度教人士做高级官员。阿克巴自己还在宫廷中采纳印度教惯例。阿克巴出于自己“宽容大度的个性”和自己“对宗教思想的追求”，他还创立了一个没有上帝、没有先知、没有教务的“圣教”。
一六○五年十月，阿克巴去世。他去世后，他的后代统治印度的五十多年是莫卧儿帝国兴盛、封建经济发展的时期。阿克巴为莫卧儿帝国的繁荣发展打下坚实的基础，他是莫卧儿帝国功勋显赫的最着名的人物之一。
阿克巴去世后，莫卧儿帝国先后由贾汉吉尔和沙贾汗统治。贾汗吉国王时期，锡克教第五代祖师阿尔琼把教区改为行政机构，向信徒征收赋税。这一举动在莫卧儿帝国内引起震动，它显然具有分庭抗礼的意味。阿尔琼还在阿姆利则建立金店，作为锡克教圣地和行政管理中心。锡克教圣典《阿底格兰特》也成书于这个时期。锡克教过去一直标榜为和平静修的团体，祖师只关心传教，从不干预政治。阿尔琼却卷入了莫卧儿皇室的纷争，庇护叛乱的王子，从而遭到贾汗吉国王的嫉恨，一六○六年引来杀身之祸。以此为发端，锡克教和平发展时期结束。
一六三三年，沙贾汗击败并兼并了艾哈迈德讷格尔王国。然而，这次胜利却激起几股力量的反抗，这些力量将加速莫卧儿帝国的灭亡。沙贾汗于一六三八年重新占领坎大哈，但于一六四九年再次失去了它。在一次徒劳无功地攻占撒马尔罕的尝试中，他损失了五千人。他只在南方取得了胜利，在那里，他首先追击一位因被怀疑叛国而于一六二九年逃到艾哈迈德讷格尔王国的将军。沙贾汗在布尔汉布尔指挥军事行动。
一六五七年，沙贾汗病重，他的四个儿子开始争夺皇位。沙贾汗宠爱他的长子达拉·什克，但他的第三子奥朗则布在诸王子中最有能力，他和达拉·什克特别仇视对方。沙贾汗恢复了健康，但那时他的儿子们之间的冲突已经到了没有回头路的地步，因此他无法阻止家族内部的战争。一六五八年，奥朗则宣布获胜，废黜了他的父亲。
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