贵由对他们俩的这种态度十分满意，便下令将帖木格赐死，封地由他的后人继承。
在处理完帖木格之后，贵由终于亲政了，但这不是因为他妈愿意放权给他，而是因为乃马真后死了。
作为一个妻子，她不守妇道，与外人通奸；作为一个母亲，她不能平等爱护自己的孩子，反而偏帮偏向；作为一个君主，她排挤忠良，宠信小人，让奸佞身居高位；作为一个国后，她擅权弄政，祸乱朝纲，未能给天下人做出榜样。
如果她再多活几年，指不定还会将这偌大的蒙古帝国祸害成什么样，死了也好。但乃马真后没想到的是，她一手扶持上位的儿子，在亲征后做的第一件事就是推翻了她之前做出的大部分决定。
眼见着乃马真后已死，阔端便趁机向贵由上奏，指控乃马真后的近侍法玛提对他下了巫术，这才导致他身体久病不愈。
贵由也早就对这个拉着他妈给他爸戴绿帽子的娘们不满了，正好借着这个由头，将法玛提入狱问罪，并且令执法官严刑拷打，而后将其处死。
在法玛提被捕入狱的同时，奥都剌合蛮也感觉到了事情不妙，想要学习镇海等人逃走，但他却无处可去，因为没有任何一个人愿意收留这个将朝廷搞得乌烟瘴气的佞臣。
奥都剌合蛮于是便主动上书，请求告老还乡，而且表示愿意将所得的大部分钱财都交予国库，自己只留下一点养老钱就好。
但贵由岂能放过这个给自己亲爹戴了绿帽子的家伙，在法玛提死后没几天，就将他也逮捕入狱；奥都剌合蛮自知难逃一死，在狱中上书请求放过自己的家人，贵由也没把事情做绝，只是处死了他自己，同时将他这么多年来攒下的家财尽皆充公。
在处理完这两个人之后，贵由又下旨将镇海与牙老瓦赤二人请了回来，镇海依旧任命为右丞相，牙老瓦赤也继续主持中原地区的政务与赋税。
与此同时，他还将牙老瓦赤的儿子麻速忽从拔都那里要了回来，仍然让他管理突厥与河中地区的政务；阿儿浑继续治理阿塞拜疆及波斯地区；又命令他的亲信额勒只到格鲁吉亚地区担任达鲁花赤，接替暂代此职位的拜住，（在此之前这个地区的实际控制人是大将绰儿马罕，但绰儿马罕于1241年突逝，所以由他的部下拜住暂代）并将此地的所有军马都划拨到了他的麾下，这一举动看似正常，其实却蕴含着深意，因为熟悉地理的人都知道，格鲁吉亚的位置紧挨着俄罗斯，也就是如今的金帐汗国，再联想到贵由与拔都之间的关系，此中含义不言而喻。
除此之外，为了保证法度的统一，贵由又下诏将诸王私自发出的令牌尽皆收回，并且否认了乃马真后曾答应他们支持自己登基时的条件，不允许他们私自颁布赦令，不准随意更改法律，不得自行征收赋税。
但为了安抚住这些支持他登基的诸王，他又将国库大开，肆意将国家财物分发给这些宗亲贵胄，导致国库的储备在短短几个月内就被搬空了大半，但贵由却丝毫不以为意，反而下令各地加征赋税，以满足日常的支出。
在做完了这些事情之后，贵由总算能短暂地休息一下了，因为他本来身体就不是很好，短时间内如此操劳身体也受不了。
于是贵由开始学习他爹窝阔台，开始了左手美女、右手美酒的快乐生活，朝中的大事小情都交给了镇海去打理。
还没等他快乐几天，棘手的事情又来了，而且这件事镇海管不了，必须由他出面。这件事的来源是一个烦人的家伙，同时也是他的表兄也速蒙哥，虽然他和大名鼎鼎的蒙哥有着一样的名字，但他却没有蒙哥的能耐，可以说是个窝囊废。（也速蒙哥，察合台第五子）
但或许是窝囊废之间有共同语言，贵由和也速蒙哥的关系特别好，而这次也速蒙哥来找他求救，则是为了察合台汗国的汗位。
原因是这样的，察合台与1241年去世，但因他最喜爱的长子木阿秃干早亡，其余的儿子又难堪大任，于是在这之前他便准备从自己的孙子里找一个继承者，本来这个人选是木阿秃干的二儿子不里，但因为他在西征期间打仗打的一塌糊涂，而且性格暴躁又爱喝酒误事，于是便将汗位传给了木阿秃干的四儿子哈剌旭烈。
按理说，有着察合台的遗命，哈剌旭烈的即位没有任何问题，可偏偏这个也速蒙哥心里不情愿，他平时自视甚高，觉得自己才华横溢，只不过是自己的亲爹察合台没有识人之明，才导致自己明珠蒙尘。
在看到了汗位被自己的侄子继承之后，他的心里更加不平衡，但仅凭自己的部众又打不过哈剌旭烈，于是便想起来了他的铁哥们贵由，希望他能出面替自己讨回汗位。
自己的铁哥们有难，那必须得帮啊！
更何况帮了也速蒙哥就是在变相壮大自己的势力，以后一旦想教训拔都，这可是个强大的助力。
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