到了嘉靖年间，募兵的骑兵与步兵以及车兵开始拥有正式的编制——营哨制。
一般是五人为一伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营。每营兵员3000人。这是南方明军的营哨编制，北方稍有变动，但大体相当，戚继光的蓟镇陆军编制，十二人为一队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营，人数也在3000人左右。这是明朝中后期的主要军队编制形式。
明朝后期，卫所军和营哨军的分工也开始划分，卫所军主要负责驻守，治安，训练新兵和屯田。
而营哨军则主要负责机动作战。
因此，卫所军成了正兵，而营哨则是机动的奇兵。
到了万历时代，为了契合这种分工，卫所军若想参战，则必须编入营哨建制，同时，卫所的军官只负责士兵训练和日常管理，不负责指挥作战，而营哨军官除了要负责士兵的训练，还要负责指挥。
编入营哨的卫所军官的编制也要遵守营哨的编制，因此明朝中后期的主要作战部队都是营哨军。
无论是募兵，征兵，还是卫所制度，并无优劣先进落后之分，而是应对不同的情况而采取不同的管理措施。各有各的优势和缺陷，卫所制的优点是在生产力遭到破坏，社会产出弱时，卫所制度可以有效的节省军费开支，能够保证军队自给自足，并减轻百姓的负担。但缺陷是，一方面，卫所军除了要作战还要分出部分兵员去从事屯田任务保证军粮补给，于是，卫所军中区分了守军和屯军，其中守军是作战力量，屯军负责团体。
相比募兵，同数量的卫所兵能够提供的作战力量有限，另一方面，由于卫所军世袭，一旦和平时间较长，军队中容易老少掺杂，战斗力容易下降。
如果军官侵占了国家供给军队的屯田，士兵则会沦为军事长官的私人农奴，这样导致守军数量更少，战斗力也就很难保证。
卫所制度的设计，和唐朝的府兵制度类似。用于在社会生产没有恢复时，作为维持大量武装需求的制度。
而募兵的优点是，招募士兵的兵员可以有更多的选择余地，不一定非得从军户中招募，如果招募很多优秀的兵员，经过训练，选拔，可以形成一支精锐的力量。
募兵的来源多来与民籍，损失后可以很快补充。
另外，募兵不用像卫所军那样需要从事屯田任务，因此募兵可以算是脱产士兵，这就决定，募兵可以在同数额下，动员比卫所军更多的战斗兵员，同时薪水较高，能够让士兵作战积极性更高。
但是优点明显的同时，缺点也很明显，由于脱离生产，那么粮食，军饷就都需要国家财政直接负责，因此，相比卫所军，募兵为主的营哨军的维护成本更高。一旦国家财政赤字或破产，则很难保证募兵的工资。另外相比卫所军，也不稳定，由于是来自民籍，因此他们没有卫所军的军籍，于是，在不需要的时候，就可以随时谁地裁撤，无法保证稳定维持。
更关键的是，募兵能否堪用，完全在于募兵之人和负责将领，如果训练满足，则可以成为骨干力量，如果训练差，则战斗力非常低下。
由于兵源不固定，招募的兵员也是良莠不齐。如果负责招兵的人筛选能力差，那么招募的低素质兵员比例也会增加，这样，军队更容易哗变和溃散。
在韦宝看来，卫所军有固定编制，募兵没有固定编制属于临时工，肯定是卫所军要有优越感的多。
至于谁的战斗力更强？韦宝觉得还是卫所军！至少卫所军都是世代的军户，不是民户，就是靠军事吃饭的，多多少少都有点概念，都会点傍身的功夫。募兵大都为临时招募，农民有多大战斗力？全指望临时训练，显然很不靠谱。
韦宝一行人回到金山里的时候是半下午，暖阳当空，韦宝看着零零落落的房屋组成的金山里，忽然有种久违了的感觉。
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