另外，总兵祁秉忠，辽东将领张承基、柴国柱等部驻守辽阳，作为机动增援部队；总兵李光荣率兵一部驻广宁，保障后方交通。副总兵窦承武驻前屯监视蒙古各部；以管屯都司王绍勋总管运输粮草辎重。
杨镐本人则坐镇沈阳，居中指挥。
时杨镐奏上“擒奴赏格”经兵部尚书黄嘉善复奏，明神宗批准，颁示天下。
赏格规定：擒斩努尔哈赤者赏银两，升都指挥使；擒斩其八大贝勒者赏银2000两，升指挥使；李永芳、佟养性等叛将，若能俘献努尔哈赤，可以免死。又诏令叶赫贝勒金台石、布扬古若能擒斩努尔哈赤，将给与建州敕书并封龙虎将军、散阶正二品。若擒斩其余努尔哈赤的十二亲属伯叔弟侄，及其中军、前锋、领兵大头目、亲信领兵中外用事小头目等，一律重赏并且封授世职。
原拟1619年（明万历四十七年，后金天命四年）农历二月二十一日出边进击，但因天降大雪，改为同月二十五日。同时，限令明军四路兵马于农历三月初二会攻赫图阿拉。
后金方面努尔哈赤在攻破抚顺、清河之后，鉴于同明军交战路途遥远，需要在与明辽东都司交界处设一前进基地，以备牧马歇兵，于是在吉林崖筑城屯兵，加强防御设施，派兵守卫，以扼制明军西来之路。
四路明军出动之前，作战企图即为后金侦知。
努尔哈赤探知明军行动后，认为明军南北二路道路险阻，路途遥远，不能即至，宜先败其中路之兵，于是决定采取“凭你几路来，我只一路去”的集中兵力、逐路击破的作战方针，将6万兵力集结于都城附近，准备迎战。
1619年（明万历四十七年，后金天命四年）农历二月二十九日，后金军发现明朝刘綎军先头部队自宽甸北上，杜松率领明军主力已出抚顺关东进，但进展过速，孤立突出。
努尔哈赤接到奏报以后，决定以原在赫图阿拉南驻防的500兵马迟滞刘綎，乘其他几路明军进展迟缓之机，集中八旗兵力，迎击杜松军。
努尔哈赤说：“大明军队确实来攻打我们了，我们南方已有驻兵五百人，就用这些军队抵御南方的敌军吧。这是明军声东击西的战术，他们故意让南方的军队先让我们知道，这是要引诱我们的军队开向南方，他们的主力大军一定会从西边抚顺关的方向来进攻的。我们要先打他从西边来的军队。”
努尔哈赤命令诸王贝勒和大臣领城中兵出发向西迎敌。
军队正行进的时候，哨探又来向努尔哈赤报告说：“东南方向从清河城那条路上又有明军队兵来了。”
努尔哈赤说：“清河城方向这一路虽然有军队，但这条路地形狭隘险峻，他们不可能很快赶到，就让他们自己来吧，我们先到抚顺关迎击西面的敌军。”
1619年（明万历四十七年，后金天命四年）三月初一，杜松军突出冒进，已进至萨尔浒，分兵为二，以主力驻萨尔浒附近，自率万人进攻吉林崖。
努尔哈赤看到杜松军孤军深入，兵力分散，一面派兵增援吉林崖，一面亲率六旗兵4万5千人进攻萨尔浒的杜松军。
次日，两军交战，将过中午，天色阴晦，咫尺难辨，杜松军点燃火炬照明以便进行炮击，后金军利用杜松军点燃的火炬，由暗击明，集矢而射，杀伤甚众。
此时，努尔哈赤乘着大雾，越过堑壕，拔掉栅寨，攻占杜军营垒，杜军主力被击溃，伤亡甚众。
后金驻吉林崖的守军在援军的配合下，也打败了进攻之敌，明军西路军主将总兵杜松、保定总兵王宣、原任总兵赵梦麟，都在战斗中阵亡。明西路军全军覆没。
明军主力被歼后，南北两路明军形孤势单，处境不利。
1619年（明万历四十七年，后金天命四年）三月初一的夜里，明朝北路军由马林率领进至尚间崖（在萨尔浒东北），得知杜松军战败，不敢前进，将军队分驻三处就地防御。
马林为保存实力，环营挖掘三层堑壕，将火器部队列于壕外，骑兵继后。又命部将潘宗颜、龚念遂各率万人，分屯大营数里之外，以成犄角之势，并环列战车以阻挡敌骑兵驰突。
努尔哈赤在歼灭杜松军后，即将八旗主力转锋北上，去尚间崖方向迎击马林军。
1619年（明万历四十七年，后金天命四年）三月初二早晨，马林军队刚要拨起扎营的器物准备向南进军，发现努尔哈赤率领的军队到了，就率军队重回宿营地重新扎营布列战阵，阵列方形，营地四面昨夜挖有三道壕沟，壕沟外排列大炮，放炮的兵皆徒步站立炮后，大炮的外层，又密密排列一层骑兵，骑兵的前面再排列火枪队，其余众兵都下马，进入三层壕内的营中列阵。
后金军先派一部骑兵横冲明将龚念遂营阵，接着以步兵正面冲击，攻破明军车阵，击败龚军。到中午12点的时候，努尔哈赤赶到了马林所扎大营的地方。
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