天京事变后，太平天国内人心开始涣散，军事形势逆转，清军陆续在各战场得胜，太平天国的控制区大为缩小，即使后来太平军攻下江浙一带，形势上一直处于下风。
北王韦昌辉死后，翼王石达开执政，天王洪秀全开始重用其兄弟以牵制石达开，石达开带领大军出走，更令太平天国雪上加霜。
太平天国初期由军师主政的政制，在天京事变及翼王出走后已名存实亡。后期的太平天国，天王虽然掌握了实权，然而当时的政府架构颇为混乱，加速了太平天国的灭亡。
在天京事变中，东王杨秀清、北王韦昌辉先后被杀，翼王石达开出走败亡。天京事变严重地削弱了太平天国的领导和军事力量，成为太平天国由盛转衰的分水岭，天京事变并未损伤太平天国的实力，主要表现在军事力量上。但是，精神和思想层面的损失才是最严重的，天京事变的恶果不是军事兵力的锐减和战斗力的下降，也不是土地的丧失，而是神话宗教体系的崩溃。
当天京事变的消息传到了我的耳中，我异常欣喜彻夜未眠，立刻下令：“调江北、江南两个大营共计三万六千余人收缩包围圈，将太平军围在江浙一带使其不能动弹，在下令湘淮两军清除一切太平天国余孽，以打为主，招降为辅。在亲自去天京城中劝降洪秀全。使其与我大清国联合，共抗外敌。”这个时候的英国和法国加俄国看到了太平天国这个情况，也对他们失去了耐心，本来想着让太平天国搅乱清朝内部，自己好趁虚而入。这下好了清朝内部还没搅乱，自己倒先出大问题了。所以英法俄三国立刻下令撤销一切对太平军的援助，调往国内，太平军现在是雪上加霜了。
我再煽风点火，下了一道《招降太平军之刍议》，以招降太平军为主，他们不过来我也有办法。“如有不想加入清军者，发放白银四十五两发回原籍，子孙后代均可参加科举，入朝为官。加入清军者，赏银六十两，加封三级，将军以上赠府一座，金银细软无数，但仅需一点，每年上贡贡品即可。”这个已经是对做到了仁至义尽了，还没有哪个叛军我给这个待遇。当这个刍议一发，顿时引起了太平军军内的注意，随后，太平军内部反战思潮蔓延，最后衍生为逃跑加入清军大营，并且我们还把他们放回去，让他们去做宣传。找引来更多的人。连洪秀全自己也震惊了，一个晚上跑了两三万人，全部跑到了江北、江南大营里去了。我们也十分欢迎他们来这里，毕竟是一支虎狼之师，好好训练将来打英国和法国应该是绰绰有余的。打沙皇俄国的话，还是交给八旗和乌里雅苏台吧，就不勉强他们了。
说个题外话——其实，洪秀全只是个“精神领袖”。
天国亡于洪秀全。但追溯起来，洪并不是天国的创造者。《李秀成自述》里说：“南王冯云山在家读书，其人才干明白，前六人之中，谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也。”换言之，“开国者”，冯云山也。冯云山囊空如洗进入紫荆山，三年后，当地信徒已达2000余人。期间，被冯云山终日念叨的“教主”洪秀全，始终神龙见首不见尾。直到金田起事前夕，洪一直都未曾在教众面前露面。李秀成说“谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也”，实为天国高层共识。长期以来，洪只是一尊宗教偶像。起事后，战争成为太平军日常事务。军事领袖地位上升，宗教领袖地位下降，是必然之事。来自广东的洪秀全和冯云山不得不在领导班子排序上向广西本土实力派杨秀清和萧朝贵们妥协。结果是：教主洪秀全仍居一把手，冯云山则由二把手退居四把手，杨秀清、萧朝贵分别上升为二、三把手。但一把手洪秀全实际上从未掌握实权，杨秀清总揽了军政大权。日后出师北伐，檄文《奉天讨胡檄》上，居然也只用了杨秀清和萧朝贵的名义，见不到洪秀全的名字。换言之，洪只是“虚君”。
但是，洪秀全并不甘心只做“精神领袖”；杨秀清们也不可能让洪真的拥有“精神领袖”的实质号召力。冲突，于是不可避免。
杨秀清与洪秀全之间的意识形态路线斗争:“金田起事之后，冯云山承认了杨秀清搞的天父下凡的把戏——杨在春天以“上帝附体”方式发言，从此取得了天父代言人的地位，平时位次洪秀全，但当“天父附体”时则超越洪秀全，所说的话具有至高无上的权威。杨的把戏同样是实用性的，与宗教无关。实用派、实力派宗教领袖冯云山的过早战死，改变了太平军中教权与军权之间的比重—偶像派宗教领袖洪秀全在失去冯云山的支持之后，面对军事领袖杨秀清和萧朝贵一而再再而三的“天父下凡”把戏，毫无还手之力，发展至极端，杨秀清甚至敢借“天父下凡”当众打洪秀全的屁股。
杨、萧等人实无真的宗教信仰，当年冯云山运动他们入伙，即丝毫不曾提及宗教。因此，太平军内部，在宗教领袖洪秀全和军事领袖杨秀清等人之间出现路线之争，也就成了理所当然的事情。
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