当我听到了新疆被那些浩罕国的亡命之徒给占了的时候，十分的气愤。中华疆土光耀四方，怎么可以未经我中国之允许而妄然进攻我们的新疆地区，难道他们不晓得他国领土不容侵犯，或者叫中华领土不容侵犯，让他们滚回去。但是，朝中就分为了两派，一派认为要打另外一种叫和，当然和的一派就以李鸿章等人为代表，因为他们觉得中国上下这么多的领土，丢了一百多万也没什么关系，但是，左宗棠等人力争：“倘若新疆地区一丢，西北门户一旦打开，则干扰青海、甘肃以及广大的西南的地区，此乃国之耻辱，新疆乃为我中国旧土，臣觉不允许新疆地区上驻扎这外洋的一兵一卒。”，而且，这个时候也是海防和塞防的力争，曾国藩认为要搞好塞防，拱卫京畿要地。而李鸿章认为，国家需自强，海军必然要屹立于世界民族之林中。
而这个浩罕国入侵中国的新疆其实在戊辰年以前就开始了，新疆的维吾尔、回族等各族民族发动了起义，后因领导者自身蜕变或封建主窃取领导权等故，出现了伊犁、库车、乌鲁木齐、喀什噶尔、和田等五个割据政权。其中，喀什噶尔的封建主金相印和司迪克向浩罕汗国请求迎回张格尔之子布素鲁克，而浩罕汗国派该国军官阿古柏同布素鲁克于1月侵入南疆，随后，阿古柏得意忘形，阿古柏驱逐司迪克，强占喀什噶尔新城，又攻占英吉沙尔。同年，一支7000人的浩罕败兵投奔阿古柏，进一步加强了其力量，年底，阿古柏诱杀哈比布拉，吞并了以和田为中心的割据政权。，阿古柏消灭了以库车为中心的政权，势力到达喀喇沙尔和库尔勒一带，成立“哲德沙尔汗国”，自立为汗。阿古柏又侵入北疆，侵占了乌鲁木齐和吐鲁番等地，至此，南疆全部和北疆的部分地区都被阿古柏侵占。而且，这个时候的阿古柏在俄罗斯沙皇帝国的怂恿下，在新疆站立了脚跟，俄罗斯沙皇帝国开始不将新疆叫新疆了，而叫它为东土尔斯坦共和国。
阿古柏侵占新疆期间，对内进行残酷的经济掠夺、恐怖的特务统治，不仅使普通民众受到沉重压迫，也加剧了浩罕贵族同新疆土着上层分子的矛盾，在新疆出现了期盼清廷和兄弟民族支援的民情，也有人长途跋涉至北京向清廷呈报情况，而英俄的介入，进一步使新疆问题严重化。
结果沙皇俄国开始了不做人，沙俄借口塔札别克为伊犁当地的割据势力接纳，出兵强占中国伊犁地区，以免前一年入侵北疆的阿古柏在伊犁“建立亲英的统治”，同时也为沙俄侵入全疆夺取重要桥头堡。，沙俄承认阿古柏政权，同阿古柏签订通商条约，攫取侵略权益。同年，一支伪装成商队的俄军企图偷袭乌鲁木齐，后在徐学功所部民团的阻击下撤退。伊犁地区多好的一块风水宝地被阿古柏这个浩罕国的首领给占了，很是不甘。
而后，英国人开始了蠢蠢欲动。自从两次鸦片战争把它打在了地上，可是这十年间又打算开始觊觎我中华的南疆地区，锡克戍卫府的将军直接把部队派到了中英西南边界附近，临阵以待。倘若英国人胆敢跨界进攻，他们立马杀进印度境内，把英国人狠狠地痛打一顿。英国在征服印度后，觊觎喀喇昆仑山以北的中国南疆地区，英印当局多次派人进入南疆活动，而阿古柏因对沙俄怀有疑惧，也希望得到英国的庇护。英国茀赛斯使团同阿古柏签订正式条约，英国在阿古柏统治区通商、驻使并取得诸多特权。
但是对于进攻新疆的这种大规模会战，左公还是很忧愁的，陕甘的困局也是一个大问题。沙俄攻占伊犁，进一步意欲代为“收复”乌鲁木齐，这引起朝廷警惕。朝廷命景廉、成禄等率军力图尽快收复乌鲁木齐等地，令刘铭传率淮军出关，令左宗棠“妥筹兼顾”，从陕甘局势看，左宗棠原计划先平定河湟马占鳌等部，再“一意西指”，但伊犁和乌鲁木齐的紧急局面使他决心提前打通入疆道路。1月，徐占彪奉左宗棠令进兵肃州。马文禄依托坚城固守。11月13日，清军攻占肃州，终于为清廷出兵新疆打通了道路。初，他进一步调派张曜所部\"嵩武军\"抵达玉门关，同年张曜部行抵哈密。索性，左宗棠大人开始了自己的挑选将领，结果，一个个的很怕死
从出关将领看，刘铭传称病求退，所部经曹克忠接管后军心不稳，最后取消了出关计划。成禄身为乌鲁木齐提督，却驻兵于远离前线的奇台，搜刮民财、诬民为盗（并曾纵兵残杀二百多人）、截粮截款、以戏班侍妾自娱，经左宗棠参奏后，被判处斩监侯。至于景廉，则缺乏足够的兵力。尽管如此，朝廷因其传统的用人政策，在边疆要员上多用“丰镐旧家”（主要指满族权贵），仍寄希望于景廉等人，8月命景廉督办新疆军务，金顺帮办，而左宗棠仅负责转运粮饷，且还要受到袁保恒的牵制，这为西征人为地增加了困难。同时，朝廷又陷入海防、塞防之争中。
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