再去收复新疆之前，左宗棠大人就把自己的军队的一些枪械器具都好好的改善了一下。一方面由在上海的采运局委员胡光墉采办并转运西北，另一方面也通过在陕甘的就地生产加以补给。左宗棠先后创办西安机器局和兰州制造局（亦称“甘肃制造局”），为西征军修造枪炮。为了对付阿古柏军的洋枪洋炮，并由广州、浙江调来专家和熟练工人，在兰州造出大量武器，还仿造了德国的螺丝炮和后膛七响枪，改造了中国的劈山炮和广东无壳抬枪。这也可能表明着我们的国家可以制造自己的武器装备了，虽然还有一些方面仍是需要仿造，但是在很多的方面我们可是快要赶上西方的先进的方面，我们还是很是厉害的。
紧接着4月7日，左宗棠大人就已经从兰州地区转移到了肃州准备发起进攻。当时，我们的军队已经有一部分驻扎在了哈密、阿里坤、古城和塔尔巴哈台一带，与阿古柏的军队对峙，当时在肃州誓师的时候，左宗棠大人发出了如此豪言壮语：““朝烹雄狐，夕腌封狼”。并且准备一鼓作气将新疆“划为郡县，垦土字甿”，表明了左宗棠大人准备与阿古柏这帮叛军死磕到底。
肃州战役其实很是艰难，因为在这个时候虽然陕甘回民叛乱已经被我们镇压的差不多了，并且发动西北的百姓组成了护卫队每天每时每刻都在巡逻，还是有一小股叛军仍然盘踞在陕甘一带，我已经命令新一代的陕西巡抚抓紧时间围剿，不要给左宗棠大人的西征大军徒增负担。当清军占领了肃州，也就代表着盘踞在陕甘的大部分回民起义军已经都被我们干掉了，那为什么要在这里把已经平定了的陕甘回民再拿出来写一写呢？因为这跟收复新疆还是有一点关联的，所以拿出来给大家见个面，也就没什么了。4月底，左宗棠命总理行营营务、湘军统领刘锦棠率马步25营分批入疆，经哈密前往巴里坤。至此，清军出关总兵力有80余营，约六七万人。清军按先北后南的方针，决定首先收复南北疆的交通要冲乌鲁木齐。左宗棠命道员刘锦棠总理行营营务，率湘军25营主攻乌鲁木齐；提督徐占彪和张曜各率所部驻守巴里坤至哈密一线，防敌北窜东逃。随后，阿古柏用了大约整整四万的兵力，让马人得等人分守乌鲁木齐、昌吉、呼图壁、玛纳斯、古牧地等北疆要地，阻止清军南下；一部兵力守胜金台、辟展一线，防清军从天山南麓进攻；主力2.7万人部署在达坂城、吐鲁番和托克逊，阿古柏本人在托克逊督战。其总兵力约4万人。
紧接着就是古牧地之战，这也是自从清军入疆以来的第一场大仗。这个时候，不得不提到一个很是厉害的大营，它也算是我们大清国在新疆的一支虎狼之师，也是我们的西北精锐，在戊辰年以前，新疆就有了叛乱，可是一时间无力西顾，导致新疆整体性陷落，大量难民逃往巴里坤避难，而巴里坤也是清军在新疆最后也是最重要的据点，一旦陷落，将彻底中断内地与新疆的联系，后果不堪设想。叛军也知道巴里坤的重要性，遂集中数万精锐猛攻巴里坤大营，当时巴里坤城内的清军不过4、5千人，人数不及叛军的十分之一，又深陷重围，形势非常微妙。幸而有清军名将何琯临危受命，挫败了叛军的进攻，保全了巴里坤，守住了清军在新疆的最后一道防线，而且当左宗棠大人的西征军到达了新疆巴里坤以后，他们依旧奉命请愿，想当先锋队，并且战斗力十分可观。他们在新疆奋战了整整十二年，保卫了我国新疆领土的最后一道防线，支撑到了西征军的到来，他们的使命也到此就结束了。
古牧地其实是一个比较小的地方，但这个小地方也是聚集了阿古柏的六千人的部队，所以左宗棠大人告诉刘锦棠总督：“安集延虐使其众，官军抚之以仁，安集延贪取于民，官军矫之以宽大。”而这个政策深受新疆当地的各民族喜欢，也就是这条政策顿时就将阿古柏费心费力建立起的民族排斥的阵线一拳击垮掉了，因为他不知道中华民族永远是血脉相连，荣辱与共。注意团结金顺并与其会商进攻部署；利用乌鲁木齐南山徐学功、玛纳斯孔才等地方团练的力量，共同反对阿古柏；安排善征惯战的乌鲁木齐领队大臣锡伦派出马队，与金顺的马队合成1000骑，辅以两营步兵，以备机动作战，截击敌军。这是左宗棠大人给刘锦棠总督的一种建议，但事实证明这是正确的。
当阿古柏听说了清军来到了新疆附近，他十分的不屑，有人告诉他不能大意：“将军，虽然我们占领了新疆全境，但是左宗棠这个人不可小觑，是不是在古牧地增加兵力。”但是阿古柏刚愎自用，狂妄自大。因为他被亚历山大二世洗脑了，他派西伯利亚总督去跟阿古柏讲，清军的武器现在还停留在火绳枪和土炮的时代，也就是当年杨遇春带着手持大刀长矛的清军干掉了张格尔叛乱，所以阿古柏认为他这么先进的武器一定可以将清军所有人全部歼灭，这六千人就是他雄距于古牧地的原因，当清军来到了古牧地附近，发现周围仅仅只有一座城，而且水源短缺，一口井只能让数百人喝，但是他们的大部队陆陆续续有数万人之多，一口井根本解决不了燃眉之急，而且加上新疆的天气变化多端，白天热晚上冷，降温十分厉害，有些来自南方的将士根本没体会过这么冷的新疆天气，有的人甚至直接冻死在了当天晚上，枪支上都结满了霜，很是寒冷。但是他们依旧等着一个进攻的好机会，打算一举攻破古牧地，紧接着解放新疆全境，第一个解放乌鲁木齐。
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