早期的藏族移民称锡金为“哲孟雄”（藏文译音），意为“产米地”或“稻米之谷”，尼泊尔人移居此地后称“新地方”。最早居住在锡金这块土地上的是雷布查人，他们自称绒巴人，亦称隆人，属蒙古人种南亚类型。7世纪，松赞干布统一了西藏建立起吐蕃王朝，将喜马拉雅山南麓的锡金纳于吐蕃王朝的领地。此后，在1200余年中，锡金始终是西藏的一部分。
大约在10世纪以前，藏传佛教康巴地域产生了宁玛派，该派的僧侣喜欢戴小红帽，人们习惯称其为“红教”。宁玛派的僧侣一般分为两类，一类是“阿巴”（念咒的人）另一类是重视学习佛教经典的人。在藏传佛教的历史上许多教派看不起宁玛派，尤其是宁玛派念咒的人。他们认为“阿巴”不学佛教经典理论，只会作法念咒混迹社会。也许是宁玛派受到了歧视，西藏康巴地域信仰“红教”的菩提亚人陆续迁移到锡金。由此“红教”随着菩提亚人的迁入在锡金落户。迁移到锡金的菩提亚人与原居民雷布查人能够相融合，是因为他们有许多相同之处，都属于蒙古人种南亚类，汉藏语系藏缅语族。他们一夫一妻制、一妻多夫制的买卖婚姻观也相同，此时的锡金已形成了原始部落。
民间传说将锡金王室的祖先追溯到吐蕃国王耻松选簪的后裔，于13世纪时，一位名叫池本苏的王子说他有大力气，曾经双手举起了西藏萨迦寺的四大柱，平定了在“哈”地方横行霸道的巨人们。他的子孙们迁居到首府甘多克地方，建立了王国。又说，吐蕃王室的一个后裔早在西康东部密那一纳顿保存着一个王国，它在1723年左右才被清朝军队消灭，这就是锡金王室的根据地。其实，这些传说都找不出任何文献作其证明。
锡金的真实历史应当从由西藏传来的佛教开始。公元1595年，在西藏东南雅鲁藏布江中流的工布谷地，出生了一位半神半人的人物，他名叫拉总成布，在青少年时代他到过几个寺院去留学，最后于1648年才来到拉萨。在这里他会见了当时西藏的宗教领袖第五世达赖喇嘛罗卜藏甲错。在会见后，他获得了达赖喇嘛的赏识和尊敬。次年，达赖赴东北盛京，谒见了顺治皇帝。在他返回西藏后，深深感到拉总成布以前告诉他的预言的灵验，遂又一次召见他，厚赐财宝，任以官职，以示感谢。但拉总成布一一谢绝，再行起程旅行各地。他向西南行，经扎什伦布，萨迦等寺后，转向南方至离尼泊尔边境不远的扎尔，在那里他修建了一座寺庙。
不久，他企图从锡金北部高山康拉昂玛进入境内。据传说，他用神智感化了该山山神罔成佐纳，使其引路，而得飞渡该山天险，到达锡金境内的诺布冈。在这里，很快又来了两个不同教派的西藏喇嘛：一个是宁玛巴派甘托克巴宗的“大魂”，他来自锡金的“西隘”；一个是宁玛巴派那达克巴宗的“大智”，他来自锡金的“南门”。于是，三个西藏喇嘛举行会议，要选举一位锡金国王。因三人争持不下，拉总成布遂建议应当遵循莲花生大师的预言，在东方找一位名叫朋错（译言“至善”）之人充任国王。三人行至甘托克附近时果然发现一个名叫朋错的牧羊人，三人遂奉他为国王，并以“圣主”呼之。时在公元1641年，锡金王室的创始人就是这位牧羊人。他在那时只有三十八岁，很快就变成了一位信奉佛教的君主，一脉相承。
1642年，菩提亚族的蓬楚格·纳穆加尔（Phuntsog Namgyal）建立纳穆加尔王朝，自称法王，锡金成为世袭君主国。蓬楚格·纳穆加尔是来自西藏康巴地区的菩提亚人贵族，在宁玛派传教士莲华生的支持下降服了锡金土着雷布查人势力。锡金国王第三世名查不多尔·纳木佳勒在位时，国土一度被不丹国王第巴·那库泽达尔占领（1700年—1706年），国王逃西藏。其后，西藏派兵驱逐不丹人，护送国王回国。这位国王修建巴特玛羊则寺，并仿照藏文字母创立雷布查（ Lepcha）字体以方便本地居民使用。
第四世国王名却玛，娶拉萨一贵族女为妻，后因夫妻不睦，遂化装为乞丐，弃王位外逃，剃度为僧。
第六世国王丹津·纳木佳勒（1780年—1790年在位）统治时代。1788年，尼锡战争爆发，尼泊尔的廓尔喀军队入侵锡金，攻占锡金当时的首都拉达孜，锡金国王越境逃亡到西藏，在热日宗的春丕谷避难，廓尔喀军队继续向西藏推进，一度占领整个后藏并洗劫班禅喇嘛的驻锡地扎什伦布寺，结果达赖与班禅向大清帝国请求援军。乾隆皇帝先后两次用兵，最后由福康安和海兰察统率清军于1791年将廓尔喀人全部逐出西藏，并越境追击至尼泊尔王国首都加德满都城郊。廓尔喀军队在挫败清军前锋获得小胜后请降，从此成为中国的藩属。清军击退廓尔喀后锡金本欲收复其失土，但这时尼锡战争中假意援助锡金的不丹军队突然攻击锡金，导致本来就已经被廓尔喀人打得溃不成军的锡金腹背受敌，结果锡金在提斯塔河谷地以西的大片领土仍然沦于尼泊尔之手，而提斯塔河谷地以东的领土则被不丹占领，锡金只保有提斯塔河上游的领土，比锡金邦大不了多少的区域。
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