炮台上的守军比较顽固，给突击队造成了一定损失，两杆重型火绳枪被打响造成一死一重伤，盾牌和胸甲合在一起都没有能够扛住重型火绳枪的铅弹。两个小火药库被点燃，只是把点火的人给烧成了重伤，这年头的黑火药除非密闭起来，否则被点燃只会燃烧不会爆炸。
到后夜两点钟，城堡里的战斗基本结束，最下层有一个金库，里面是西班牙总督存放的金块金条和银币宝石。还有一个地牢，关了一百多人，有反抗的土着首领还有明国人和日本人、荷兰人、葡萄牙人、英国人。问明情况后除了日本人和英国人其他的囚犯都被释放。
突击队员们休息了一下，天亮后打出赤旗，用炮台上的重炮给下方的西班牙王城来了一轮。
港湾里的船企图逃跑，远望号直接把跑的最快的一条小船轰得四分五裂，其他的全部乖乖降帆停船。
大炮轰到第三轮的时候西班牙的两个神父打着白旗前来谈判，条件还挺嚣张，方老哥直接让人用20mm燃烧火箭弹给大教堂来了两轮。看到在石头屋顶上熊熊燃烧的烈火，西班牙人怂了，同意无条件投降。
城里的1547个西班牙人在总督孔查Diego fajardo chacon的带领下列队交出了他们的武器，被关进城堡的地牢。
这时候的马尼拉城在黎牙实比的规划和建设下，西靠马尼拉湾、北临帕西格河（或作巴冷河）。城市中心有一座主广场（Plaza de las Armas），城市布局为网格状。主广场周围是最重要的建筑，有最高法院、税务机构（Aduana）、总督府（1863年被毁）、市政厅（Cabildo）、皇家财库（Real Hacienda）、军械库、大教堂。总督府仿照西班牙殖民城市风格，两个庭院均设有凉廊。这里不仅住着总督及其家人，还住着部分官员以及负责总督安全的火绳枪手。马尼拉市内有大量的木制房屋，1583年大火后为石制建筑所取代。1645年的大地震摧毁了部分建筑，现在还没有完全修复。
马尼拉的华人全部被西班牙人要求聚居在巴里安（Parian，Parián，意为“市场”;华侨俗称“涧内”，也作“八连”）区，不允许持有武器，还要负担高额赋税，如果历史不发生改变的话，他们将在5年后即1662年被再次杀光。
相邻的比农多区（Binondo）则是基督徒华人的区域，他们的待遇比八连区的华人好很多，屠杀时杀的少一点。
对于日本人，马尼拉当局也将其局限在特定区域，即1585年建立的狄洛（Dilao）区，由于日本人与中国人都进行丝绸贸易，故而也邻近华人区。
……
西班牙人的总督府和皇家财库存放了大量金银珠宝和丝绸、瓷器、香料、红木、铜块、锡块、稻米，慢慢的往船上装吧，远望号靠上了码头，挨着她的是西班牙大帆船。远望号上的蒸汽吊杆把成箱的宝物装船，速度比人力搬运自然高很多。
城里的大教堂里有大量的金银珠宝圣器，还有好多乌木、象牙、犀牛角、砗榘、贝壳的雕刻，全部打包。大教堂里还有荷兰人倒卖来的管风琴和彩色玻璃画，这个不好运就算了。
港口里有5条明国船、3条英国船、2条葡萄牙船、9条大小不等的西班牙船。
英国船收了他们1/10的税，扣留船长和大副，其他船只象征性收了点费用，就随便他们干啥了。
西班牙船全部没收，留下3条状态最好的，清理消毒后留用，其他的现场拍卖，最后半卖半送的被明国广东海商买走3条，英国人2条，最后一条最小最差的没人要，直接拆了当柴火。
……
方老大方伯龙带着陈子龙、夏完淳去了八连区，和这里的族老、侨领还有西班牙人任命的甲必丹（kapitein，captain）见面，介绍了消灭西班牙人的情况，把大部分缴获的轻武器都送给了他们。
同时劝说他们离开马尼拉，因为东海集团现在没有占领马尼拉的计划（主要是没有合适的人选和足够的人力），西班牙人多半会卷土重来并且进行报复。但是这些人多半无动于衷，认为只要卖力干活，努力交税就不会被杀，被杀的人肯定是哪里没有做好。
罢了，装睡的人永远叫不醒，这种一心求死的人方老哥见到过太多。在清军围城之前死活不进城也不逃跑，告知清军要屠城还非要留下当顺民，只能由他们去了。陈子龙、夏完淳两位还不死心，留下劝说了三天，然而除了白费唾沫之外没有任何用处。面对这些油盐不进的人们，最后只能流着眼泪离开。
方老哥和虎勇带着军队去了隔壁的狄洛（Dilao）区，把这里的日本精英和青壮武士全部解除武装抓走，反抗的直接杀。这些日本的切支丹在东南亚可没少干坏事，方老哥不太认同蒙雁塔和小武那种“不能为没犯过的错误而施加惩罚” 的观点，预先惩罚也没什么不对吧。
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