朱由检在政治上的第二个问题是虐杀大臣。其中，有一年八月，一口气连斩熊文灿、祖宽等三十六名大臣。其中，名将祖宽在剿匪时立过大功，一杀了之。
“援剿之兵，惟祖大乐、祖宽所统辽丁为最劲，杀贼亦最多”。
崇祯这一生到底杀了多少大臣，已不可考证。因为，李自成入京后，一顿搜刮加一场大火，很多档案被烧毁。
已知的，朱由检一共杀了七个兵部尚书（加街的不算），总督级别的十一人，巡抚十二人。在朝堂上，朱由检动辄就是严旨申斥、革职查办、斩首弃市。
天子一怒，流血千里。若是杀人能解决问题，那天下还有什么难事。该杀的，不该杀的，他都杀了。
卢象升、孙传庭是后来大臣中，少有的肯为他卖命的人。
结果，卢象升阵亡八十多天后，其遗体才被安放入棺。卢象升的家人二次请求朝廷抚恤，朱由检不肯。和卢象升一样，孙传庭死后没有被封赠谥号，也没有被厚葬。
这就是为什么后来朝廷开武举，无人来报名。为什么后来再无人肯勤王。为什么后来朝堂上再无人敢提议。大家是真怕了。
毫无疑问，朱由检杀大臣数量之多，先无古人，后无来者。天下纵有英雄豪杰，亦寒心之！
朱由检实在是苛刻寡恩，不知奖惩为何物。
第三个是整治腐败的问题。当时的腐败已经触目惊心。
向农民加派辽饷九厘，可能地方小吏实际上收的是二十厘。户部发出百万军饷，几经转手，真正发到士兵们手中的可能只有一半。
韩一良曾给他上过《劝廉惩贪疏》。朱由检看完，也曾跃跃欲试。结果是提议人韩一良反被革职。一场整顿贪腐的计划成了一场笑话。
到了后来，朱由检常常让百官捐助。吃人家的嘴软，拿人家的手短。此风屡开，与卖官无异，还能如何治腐。
诚然，以当时的形势，就算明君在世，治腐也难。但做总比不做强。杀两个巨贪之官，起码能风清一时。而朱由检身边巨贪的大僚多得是。
朱家王朝还是太厚爱宗室，而又太薄大臣。一个十岁的辅国将军，对国家无片瓦之功，然其年俸已达800石。而朝堂之上，一个五十多岁的户部尚书的年俸也就732石。
天下辅国将军何其多，然户部尚书仅一人也。
如此奇葩的俸禄制度，纵然酷刑以待，又如何能堵住贪腐之风。
混到正二品的海瑞尚不能养家糊口，底层的小吏该怎么办？底层的士卒又怎么肯舍命杀敌？
仓廪实则知礼节，衣食足则知荣辱。
就身边的家奴，皇帝也视为自出。一个宫中大太监的四岁孙子，居然能够凭借军功封侯。倘若你是其中一名守边将领，心里该会如何去想？
赏罚不明，百事不成。
第四个是外交问题。朱由检先是与林丹汗交恶，断送了两方再合作的可能。接下来又停了朵颜三十六部的抚赏，硬是把蒙古诸部推到皇太极的面前，帮助其成为蒙古共主。
最后最后，朱由检一直战和不定，多次拒绝皇太极提出的议和，强行两线作战。能够团结的力量全部推开，有利于形势的外交举措一件不干。
第五个问题是诿过、甩锅。关于剿匪，杨鹤提出招抚为主，剿灭为辅，朱由检是同意的。最后因为朝廷只发了十万两白银招抚，导致抚局失败。愤怒的朱由检将杨鹤流放千里。
关于议和，陈新甲奉君王之命，把事谈成了。只因提前事泄，朱由检将陈新甲斩首弃市。
所有事情都是朱由检拍板定的，稍有不顺便推责给手下。敢情是谁去干谁死的节奏。
第六个问题是气量太小，疑心太重。朱由检刚上台，先是疑心宦官集团，血洗了阉党。接着怀疑派去节制武将的督师、总督，杀了一个又一个，换了一批又一批。
又怀疑文官集团结党，制约他的权力，换人如走马观花。最后怀疑武将集团，大量派出宦官去军中制衡。
“败一方即戮一将，隳一城即杀一吏。”
气量太小，重罚而轻赏。畸形的疑心病和肺狭窄，最终导致君臣离心离德，渐行渐远。
第七是死要面子，忌惮言官。朱由检是严重受到程朱理学影响的人。他这一生都不求实际，被理学道理所绑架。
他潜意识里，就认为“君要臣死，臣不得不死”，所以一有不顺，便杀大臣泄怒。和大清议和，向南京迁都，这两件事，朱由检内心里是想的。但又和他长期接受的教育相违背。
朱由检特别希望大臣们主动提出来这两件事。这样，他就不受道德的谴责。今他失望的是，言官们纷纷指责，说的话特别难听。特别是光时亨对南下迁都之事极力反对。
李明睿曾问道，“唐再迁而再复，宋一迁而南渡，诸君何所疑而讳言迁乎！”
而在多次廷议上，光时亨这样反驳的，“如宗庙社稷何！如十二陵寝何！……从来国家退一步则失一步，封疆守一日则存一日，是以先帝千秋大烈……奉太子往南，诸臣意欲何为？将欲为唐肃宗灵武故事乎？”
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