董卓死后，王允在如何安排和处理他的旧部时，反复无常，态度极不慎重，而这正是王允最后走向灭亡的最重要和最直接的原因。他先是想全部赦免董卓的部下，吕布也多次相劝，可继而王允又对群臣解释说：“本来，他们是没有罪的，只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从董卓差遣，犯了错误。现在如果给他们突然加上恶逆的罪名，而且特定赦免他们，恐怕反而使他们猜疑恐惧，心理承受不了，所以，赦免他们无罪不是使他们安心的上上之策，还不如让他们承受惩罚。”吕布又想把董卓的财物赏赐公卿、将校，王允又不准。王允平日却看不起吕布，以剑客对待他。吕布也认为自己有功劳，自吹自擂，既不得意，渐渐与王允不和了。 [9]
凉州兵是董卓的嫡系部队，战斗力强，而且对董卓最忠心。董卓死后，如何处置凉州兵，是关系王允本人和东汉政权的大事。王允企图削夺凉州兵将领的兵权，取缔全部凉州兵，并且计划利用关东兵去控制他们。可是后来有人对王允说：“凉州兵素来害怕袁绍，畏惧关东兵，而今，如果派关东兵去解散他们，凉州兵人人都会担心性命不保，这样，很容易引起兵变和混乱。还不如任命皇甫嵩（字义真）为将军，去担任凉州兵的统帅，并让他长期留在那儿，以便安抚军心。”王允坚决反对：“这样绝对不行，关东兵是反董卓的义兵，与我们是同一条路线，现在董卓已死，如果继续把他们屯驻在险恶之地，虽然安抚了凉州兵，但是关东兵将领会疑心我们不重视他们。” [10]
身死人手
百姓听到王允想解散凉州兵的风声后，便到处传言，说王允要杀掉所有凉州人，一时之间，整个凉州人心惶惶，一片惊慌。身在关中的凉州兵将领全都拥兵自守，并且互相传告：“丁彦思、蔡邕只不过受了董卓的一点厚遇而已，王允便不分青红皂白地把他杀了。对于我们，不仅没有丝毫赦免的意思，反而想剥夺我们的兵权，置我们于死地。今天夺了兵权，明天我们也要变成鱼肉了。” [11]
当初，董卓的女婿中郎将牛辅屯在陕县，又令手下校尉李傕、郭汜、张济率领步骑数万出兵关东，击破朱儁。 [40]李傕等人在得知董卓被杀后，迁怒于并州人，把军中的数百名并州人全部处死。等他们回到陕县后，发现牛辅已死，决定散伙，于是先派人前往长安请求大赦。王允认为诛杀董卓后已经大赦过了，这一年内不能再赦，因此不许。陕县诸将恐慌，武威人贾诩建议反攻长安，李傕深以为然，又对诸将说道：“朝廷不肯赦免，我们当被处死，那还不如与他们拼死一战。如果攻打长安，事成则可以得到天下；不成，则抢夺三辅的妇女财物，西行陇上，回到故乡作贼，起码还能多活几年。”诸将赞同李傕的方案，于是共结盟，率领数千兵马，西攻长安。 [41-42]
王允听说李傕起兵后，令凉州大人胡轸、杨整修前往东边劝解，两人表面前去，实际却召兵而回。王允又派董卓旧部将领徐荣与胡轸在新丰迎击李傕、郭汜。结果徐荣战死，胡轸率众投降。李傕沿途收集部队，到达长安时已有十多万人，又与董卓的旧部樊稠、李蒙等人会合，一同攻打长安，围城八日。 [43]
六月一日，吕布军中的蜀兵反叛，引李傕军入城，汉军崩溃，吕布战败出逃，在青锁门停住，招呼王允一同逃走。王允断然拒绝，对吕布说：“如果天子祖先在天有灵，能赐福社稷，保佑我们的国家平安无事，我就心满意足了。如果这一愿不能实现，我愿意献出自己的生命，以死来报效朝廷。皇上年纪幼小，少不更事，只能靠我们来辅助他。国家遭受如此灾难，如果弃下皇上，只顾自己逃命，我实在是不忍心。况且，我身为宰相，不仅不能使国家平安无事，反而导致逆贼的反叛，我的责任重大啊！请你出城以后，多多鼓励关东豪杰，要常常念及皇上！”说完，便扶着汉献帝逃到宣平城楼。 [11] [43-44]
王允问李傕等人：“臣子不能作威作福，你们却纵兵胡为，是想要干什么？”李傕回答：“董卓忠于陛下，而无故被吕布杀害。臣等为董卓报仇，不敢作逆。等事情结束后，我们自会前往廷尉处受罚。”（一说是汉献帝问李傕 [45]，另一说王允问后李傕并未回复 [43]）于是大赦天下，拜李傕为扬武将军，郭汜为扬烈将军，樊稠等人皆为中郎将。李傕等人围住门楼，共表请王允出来，又问：“太师何罪？”王允无奈，只得下楼。 [12] [43-44]
起先，王允提拔同郡人宋翼为左冯翊、王宏为右扶风。当时三辅地区兵多粮广，李傕等想杀掉王允，害怕二郡为患。于是先征召宋翼、王宏。等二人都到长安后，李傕于是逮捕王允及宋翼、王宏，把他们都处以极刑。王允时年五十六岁，他的长子侍中王盖、次子王景、王定及宗族十余人都被杀害，只有兄子王晨、王凌翻墙逃脱，回到乡里。 [13] [46]
王允死后，“天子感恸，百姓丧气”。 [14]王允的尸体被陈于市头 [49]，没有人敢靠近。王允的故吏平陵令赵戬主动弃官，为王允收尸下葬。 [50]
迁都许县后，汉献帝思念王允的忠贞气节，便改用隆重的殡礼重新安葬王允，还特意派虎贲中郎将“奉策吊祭，赐东园秘器，赐以本官受绶，送还本郡”。后来，又封王允的孙子王黑为安乐亭侯，食邑三百户。
王允的坎坷一生中，另有一件事情也值得提及：即他对汉代图书、档案等文化典籍的收集和保护。董卓迁都长安时，王允特意把兰台、石室两个藏书馆所藏的图书和档案全部收集整理，用箱子运往长安。“诸藏典策文章，宽共部散，其缣帛图书，大则连为惟盖，小乃制为滕囊。”后来，王允收集了汉朝其他书籍，一律上奏珍藏，“经籍具存，王允有力焉”。 [14]
人物评价
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